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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgcgtgcgggaatcagcgtgtatccacaccaagggctgcgcgtgtcagcaccagggtcatctgcggtgctgccgtgacagcatgggagggcaggattggcatggcgcgtccaagcagcacgcgggtgtaggggatgcagcgggagtccttgcaaggaccgtcacgcgtaacctgcaatgtttgcttcgatacccccagGGTGACAACGACCCGGTTGATGTTGTGGAGATCGGTGCTGCCGCTGCTAAGCGCGGCGGTGTGTACAAGGTCAAGCCCGTGGGCGTGCTGGCCATGATCG

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDP06356
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|161821684|gb|FC108159.1|FC108159
EST:     CCCAGACCTGGGAGGACCCCGGCCACACCGACGCCACCCTGGGCGCCGCG                         GGTGACAACGACCCGGTTGATGTTGTGGAGATCGGTGCTGCCGCTGCCAAG
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EST: gi|10775227|gb|AV631907.1|AV631907
EST:     CCCAGACCTGGGAGGACCCCGGCCACACCGACGCCACCCTGGGCGCCGCG                         GGTGACAACGACCCGGTTGA
genomic: CCCAGACCTGGGAGGACCCCGGCCACACCGACGCCACCCTGGGCGCCGCGgtgcgtgcgg ... atacccccagGGTGACAACGACCCGGTTGA
EST: gi|34982091|gb|CF556008.1|CF556008
EST:     CCCAGACCTGGGAGGACCCCGGTCACACCGACGTCACCCTGAGCGCCGCG                         GGTGACAACGACCCGGTTGATGTTGAGGAGACCGGTGCTGCCGCTGCTAAG
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EST: gi|7426863|gb|AW661036.1|AW661036
EST:     CCCAGACCTGGGAGGACCCCGGCCACACCGACGCCACCCTGGGCGCCGCG                         GGTGACAACGACCCGGNTGATG
genomic: CCCAGACCTGGGAGGACCCCGGCCACACCGACGCCACCCTGGGCGCCGCGgtgcgtgcgg ... atacccccagGGTGACAACGACCCGGTTGATG
EST: gi|14226089|gb|BG844905.1|BG844905
EST:     GCCACACCGACGCCACCCTGGGCGCCGCG                         GGTGACAACGACCCGGTTGATGTTGTGGAGATCGGTGCTGCCGCTGCTAAG
genomic: GCCACACCGACGCCACCCTGGGCGCCGCGgtgcgtgcgg ... atacccccagGGTGACAACGACCCGGTTGATGTTGTGGAGATCGGTGCTGCCGCTGCTAAG
EST: gi|49459240|gb|BP087153.1|BP087153
EST:     CCCAGACCTGGGAGGACCC-GGCCACACCGACGCCACCCTGGGCGCCGTG                         GGTGA-AACGACC-GGTTGATGTTG
genomic: CCCAGACCTGGGAGGACCCCGGCCACACCGACGCCACCCTGGGCGCCGCGgtgcgtgcgg ... atacccccagGGTGACAACGACCCGGTTGATGTTG
EST: gi|15372960|gb|BI532386.1|BI532386
EST:     CCCAGACCTGGGAGGACCCCGGCCACACCGACGCCACCCTGGGCGCCGCG                         GGTGACAACGACCCGGTTGATGTTGTGGAGATCGGCGCTGCCGCTGCTA
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EST: gi|10778299|gb|AV634979.1|AV634979
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genomic: CCCAGACCTGGGAGGACCCCGGCCACACCGACGCCACCCTGGGCGCCGCGgtgcgtgcgg ... atacccccagGGTGACAACGACCCGGTTGATGTTGTGGAGATCGGT
EST: gi|10772274|gb|AV623097.1|AV623097
EST:     CCCAGACCTGGGAGGACCCCGGCCACACCGACGCCAACCTGGGCGCCGCG                         GGTGACAACGACCCGGTTGATG
genomic: CCCAGACCTGGGAGGACCCCGGCCACACCGACGCCACCCTGGGCGCCGCGgtgcgtgcgg ... atacccccagGGTGACAACGACCCGGTTGATG
EST: gi|14238197|gb|BG857013.1|BG857013
EST:     CCCAGACCTGGGAGGACCCCGGCCACACCGACGCCACCCTGGGCGCCGCG                         GGTGACAACGACCCGGTTGATGTTGTGGAGATCGGTGCTGCCGCTGCTAAG
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genomic: CCCAGACCTGGGAGGACCCCGGCCACACCGACGCCACCCTGGGCGCCGCGgtgcgtgcgg ... atacccccagGGTGACAACGACCCGGTTGAT
EST: gi|23363704|gb|BU651524.1|BU651524
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EST: gi|10777257|gb|AV633937.1|AV633937
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genomic: CCCAGACCTGGGAGGACCCCGGCCACACCGACGCCACCCTGGGCGCCGCGgtgcgtgcgg ... atacccccagGGTGACAACGACCCGGTTGATGTT
EST: gi|10770879|gb|AV621702.1|AV621702
EST:     CCCAGACCTGGGAGGACACCGGCCACACCGACGCCACCCTGGGCGCCGCG                         GGTGACAACGACCCGGTTGAT
genomic: CCCAGACCTGGGAGGACCCCGGCCACACCGACGCCACCCTGGGCGCCGCGgtgcgtgcgg ... atacccccagGGTGACAACGACCCGGTTGAT
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EST:     CCCAGACCTGGGAGGACCCCGGNCACACCGACGCCACCCTGGGCGCCGCG                         GGTGACAACGACCCGGTTGATGTTGTGGAGATCGGTG
genomic: CCCAGACCTGGGAGGACCCCGGCCACACCGACGCCACCCTGGGCGCCGCGgtgcgtgcgg ... atacccccagGGTGACAACGACCCGGTTGATGTTGTGGAGATCGGTG
EST: gi|6551757|gb|AV397541.1|AV397541
EST:     CCCAGACCTGGGAGGACCCCGGCCACACCGACGCCACCCTGGGCGCCGCG                         GGTGACAACGACCCG
genomic: CCCAGACCTGGGAGGACCCCGGCCACACCGACGCCACCCTGGGCGCCGCGgtgcgtgcgg ... atacccccagGGTGACAACGACCCG
EST: gi|161811068|gb|FC097156.1|FC097156
EST:     CCCAGACCTGGGAGGACCCCGGCCACACCGACGCCACCCTGGGCGCCGCG                         GGTGACAACGACCCGGTTGATGTTGTGGAGATCGGTGCTGCCGCTGCCAAG
genomic: CCCAGACCTGGGAGGACCCCGGCCACACCGACGCCACCCTGGGCGCCGCGgtgcgtgcgg ... atacccccagGGTGACAACGACCCGGTTGATGTTGTGGAGATCGGTGCTGCCGCTGCTAAG
EST: gi|15370785|gb|BI530211.1|BI530211
EST:     CCCAGACCTGGGAGGACCCCGGCCACACCGACGCCACCCTGGGCGCCGCG                         GGTGACAACGACCCGGTTGAT
genomic: CCCAGACCTGGGAGGACCCCGGCCACACCGACGCCACCCTGGGCGCCGCGgtgcgtgcgg ... atacccccagGGTGACAACGACCCGGTTGAT
EST: gi|10127739|gb|BE726443.1|BE726443
EST:     CCCAGACCTGNGAGGACCCCGGCCACACCGACGCCACCCTGNGCGCCGCG                         GGTGACAACGACCCNGTTGATGTTGTGGAGATCGGTGCTGCCGCTGCTAAG
genomic: CCCAGACCTGGGAGGACCCCGGCCACACCGACGCCACCCTGGGCGCCGCGgtgcgtgcgg ... atacccccagGGTGACAACGACCCGGTTGATGTTGTGGAGATCGGTGCTGCCGCTGCTAAG
EST: gi|6545867|gb|AV391651.1|AV391651
EST:     CCCAGACCTGGGAGGACCC-GGCCAC-CCGACGCCACCCTGGGCGC-GCG                         GGTGACAACGACC-GGT-GATGT-GTGGAGATCGGTGCTGC
genomic: CCCAGACCTGGGAGGACCCCGGCCACACCGACGCCACCCTGGGCGCCGCGgtgcgtgcgg ... atacccccagGGTGACAACGACCCGGTTGATGTTGTGGAGATCGGTGCTGC
EST: gi|10126820|gb|BE725524.1|BE725524
EST:     CCCAGACCTGNGAGGACCCCGGCCACACCGACGCCACCCTGGGCGCCGCG                         GGTGACAACGACCCGGTTGATGTTGTGGAGATCGGTGCTGCCGCTGCTAAG
genomic: CCCAGACCTGGGAGGACCCCGGCCACACCGACGCCACCCTGGGCGCCGCGgtgcgtgcgg ... atacccccagGGTGACAACGACCCGGTTGATGTTGTGGAGATCGGTGCTGCCGCTGCTAAG
EST: gi|161803094|gb|FC091865.1|FC091865
EST:     CCCAGACCTGGGAGGACCCCGGCCACACCGACGCCACCCTGGGCGCCGCG                         GGTGACAACGACCCGGTTGATGTTGTGGAGATCGGTGCTGCCGCTGCCAAG
genomic: CCCAGACCTGGGAGGACCCCGGCCACACCGACGCCACCCTGGGCGCCGCGgtgcgtgcgg ... atacccccagGGTGACAACGACCCGGTTGATGTTGTGGAGATCGGTGCTGCCGCTGCTAAG
EST: gi|23363705|gb|BU651525.1|BU651525
EST:     CCCAGACCTGGGAGGACCCCGGCCACACCGACGCCACCCTGGGCGCCGCG                         GGTGACAACGACCCGGTTGATGTTGTGGAGATGGGTGCTGCCGCTGCTAAG
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genomic: CCCAGACCTGGGAGGACCCCGGCCACACCGACGCCACCCTGGGCGCCGCGgtgcgtgcgg ... atacccccagGGTGACAACGACCCGGTT
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EST:     CCCAGACCTGNGAGGACCCCGGCCACACCGACGCCACCCTGNGCGCCGCG                         GGTGACAACGACCCGGTTGATGTTGTGGAGATCGGTGCTGCCGCTGCTAAG
genomic: CCCAGACCTGGGAGGACCCCGGCCACACCGACGCCACCCTGGGCGCCGCGgtgcgtgcgg ... atacccccagGGTGACAACGACCCGGTTGATGTTGTGGAGATCGGTGCTGCCGCTGCTAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agtccttgcaaggaccgtcacgcgtaacctgcaatgtttgcttcgatacccccagGGTGACAACGACCCGGTTGATGTTGTGGAGATCGGTGCTGCCGCTGCTAAGCGCGGCGGTGTGTACAAGGTCAAGCCCGTGGGCGTGCTGGCCATGATCG
                     gcgtaac  putative branch site (score: 3)
                                              taccccc  putative PPT
                                aatgttt  TA-rich tract