1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
...cccgccctcgccacctccttccttaccagcacaatgccgccccaaccccacctcctaacctccctaaccccccaacctccctaacctcaccctccctcagGACCTGCGCGCCGCCTACCGCGACACCTCCTCCAAGCTGCTCAAGAACTCCAGCCGCAACATGGAGCAG
species | Chlamydomonas reinhardtii |
transcript | EDP05878 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
ccccacctcctaacctccctaaccccccaacctccctaacctcaccctccctcagGACCTGCGCGCCGCCTACCGCGACACCTCCTCCAAGCTGCTCAAGAACTCCAGCCGCAACATGGAGCAG
cctccctaacctcacc CT-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cccgccctcgccacctccttccttaccagcacaatgccgccccaaccccacctcctaacctccctaaccccccaacctccctaacctcaccctccctcagGACCTGCGCGCCGCCTACCGCGACACCTCCTCCAAGCTGCTCAAGAACTCCAGCCGCAACATGGAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - gcacaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aacccca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaccccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aacctca