1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...accggcttggcgatcacaaagcccgccaccaaatgtcgcacatgctagtgcttggtgcaaccagcctcaagccacccttactcgcttgtgctgcccgcagCTGCAGCCGGTGGGCTGCCGCCCATCGAGAACGAGCCGGCGTACTGCATCTGCAACAAGCCGTCGGCGGGGCAGATGGTGGGCTGCGACAACCCCGAGTG
species | Chlamydomonas reinhardtii |
transcript | EDP04619 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
tagtgcttggtgcaaccagcctcaagccacccttactcgcttgtgctgcccgcagCTGCAGCCGGTGGGCTGCCGCCCATCGAGAACGAGCCGGCGTACTGCATCTGCAACAAGCCGTCGGCGGGGCAGATGGTGGGCTGCGACAACCCCGAGTG
cccttac putative branch site (score: 3)
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| accggcttggcgatcacaaagcccgccaccaaatgtcgcacatgctagtgcttggtgcaaccagcctcaagccacccttactcgcttgtgctgcccgcagCTGCAGCCGGTGGGCTGCCGCCCATCGAGAACGAGCCGGCGTACTGCATCTGCAACAAGCCGTCGGCGGGGCAGATGGTGGGCTGCGACAACCCCGAGTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - -acaaagc
- - - - - - - - - - - - -ccaccaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -acatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgcttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcaacca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctcaagc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcttgtg