1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
TCCTCCAGGCGACCCGAACAAGCTCAGAGGCCGGTCTGGAGCACACCGGTTTGACTTATCTACATGGCCAAGCTCATTAAGAACGTCGGAGCTTCACTAAgtgagtcttccgcagcaaaatttgtgtacgcccgccggagcccggccccgttgctggccccgagcacgcctgcatctaattttaagtttagtcaagttgt...
species | Chlamydomonas reinhardtii |
transcript | EDP04606 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GAACGTCGGAGCTTCACTAA GGGCAAGGACCCACGACGAGGACGACACAATGATGAAGCAGAAAGGAGCGAEST: gi|15695425|gb|BI719730.1|BI719730
genomic: GAACGTCGGAGCTTCACTAAgtgagtcttc ... tctctcgcagGGGCAAGGACCCACGACGAGGACGACACAATGATGAAGCAGAAAGGAGCGA
EST: ATCTACATGGCCAAGCTCATTAAGAACGTCGGAGCTTCACTAA GGGCAAGGACCCACGACGAGGACGACACAATGATGAAGCAGAAAGGAGCGAEST: gi|22073858|gb|BQ823196.1|BQ823196
genomic: ATCTACATGGCCAAGCTCATTAAGAACGTCGGAGCTTCACTAAgtgagtcttc ... tctctcgcagGGGCAAGGACCCACGACGAGGACGACACAATGATGAAGCAGAAAGGAGCGA
EST: GGCCAAGCTCATTAAGAACGTCGGAGCTTCACTAA GGGCAAGGACCCACGACGAGGACGACACAATGATGAAGCAGAAAGGAGCGA
genomic: GGCCAAGCTCATTAAGAACGTCGGAGCTTCACTAAgtgagtcttc ... tctctcgcagGGGCAAGGACCCACGACGAGGACGACACAATGATGAAGCAGAAAGGAGCGA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TCCTCCAGGCGACCCGAACAAGCTCAGAGGCCGGTCTGGAGCACACCGGTTTGACTTATCTACATGGCCAAGCTCATTAAGAACGTCGGAGCTTCACTAAgtgagtcttccgcagcaaaatttgtgtacgcccgccggagcccggccccgttgctggccccgagcacgcctgcatctaattttaagtttagtcaagttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cagcaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tttgtgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcatct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - taagttt