1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
GAGAAGGGCAAGCCGCAGCTGCACACCATGCCCATGATGAGCCTGGTGGCGCACGCACTCGACCAGgtgagccaagcggccttgcgcgaggtagttgctgtgacgtgcggttctagttatggtgccctgtgctgaacgcgatctgccaacgtgtggcaacgctgggacgctggctccccggtgcggtgcggactttgaagatcacgtgctgcggtgcatgccatgaccacacggtggtgctatcccgtcccctgcag
species | Chlamydomonas reinhardtii |
transcript | EDP00510 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AGCTGCACACCATGCCCATGATGAGCCTGGTGGCGCACGCACTCGACCAG CCACGCCCACGCGACAAGGTGATTGCTCACATCATGAACTACGTGCATACGEST: gi|22073456|gb|BQ822794.1|BQ822794
genomic: AGCTGCACACCATGCCCATGATGAGCCTGGTGGCGCACGCACTCGACCAGgtgagccaag ... tcccctgcagCCACGCCCACGCGACAAGGTGATTGCTCACATCATGAACTACGTGCATACG
EST: AGCTGCACACCATGCCCATGATGAGCCTGGTGGCGCACGCACTCGACCAG CCACGCCCACGCGACAAGGTGATTGCTCACATCATGAACTACGTGCATACGEST: gi|22063158|gb|BQ815095.1|BQ815095
genomic: AGCTGCACACCATGCCCATGATGAGCCTGGTGGCGCACGCACTCGACCAGgtgagccaag ... tcccctgcagCCACGCCCACGCGACAAGGTGATTGCTCACATCATGAACTACGTGCATACG
EST: ATGCCCATGATGAGCCTGGTGGCGCACGCACTCGACCAG CCACGCCCACGCGACAAGGTGATTGCTCACATCATGAACTACGTGCATACG
genomic: ATGCCCATGATGAGCCTGGTGGCGCACGCACTCGACCAGgtgagccaag ... tcccctgcagCCACGCCCACGCGACAAGGTGATTGCTCACATCATGAACTACGTGCATACG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GAGAAGGGCAAGCCGCAGCTGCACACCATGCCCATGATGAGCCTGGTGGCGCACGCACTCGACCAGgtgagccaagcggccttgcgcgaggtagttgctgtgacgtgcggttctagttatggtgccctgtgctgaacgcgatctgccaacgtgtggcaacgctgggacgctggctccccggtgcggtgcggactttgaagatcacgtgctgcggtgcatgccatgaccacacggtggtgctatcccgtcccctgcag
- - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG