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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtcgtaatgggcagttcaatggatagaatgtagctgcggtcttgggtagcaaattgcatgcaagctctgccgacgcctgtgcgtgcgcccaaaacgcttgcagGGCGGAGAGCCGCAACAGCGACAGCTTCGTGGCTGGCGTTGTGGTCGGTGGCGTTGTGTTTGGTGCTCTGGGCTTCCTCTTTGCCCCTCAG

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDO99584
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|15702046|gb|BI726351.1|BI726351
EST:     CAGCAGGTCCGCCCTGCGGTGGCTCGTCCCCGCACCGCGGTGGTCGTTCG                         GGCGGAGAGCCGCAACAGCGACAGCTTCGTGGCTGGCGTTGTGGTCGGTGG
genomic: CAGCAGGTCCGCCCTGCGGTGGCTCGTCCCCGCACCGCGGTGGTCGTTCGgtgagtcgta ... acgcttgcagGGCGGAGAGCCGCAACAGCGACAGCTTCGTGGCTGGCGTTGTGGTCGGTGG
EST: gi|161803556|gb|FC090520.1|FC090520
EST:     CAGCAGGTCCGCCCTGCGGTGGCTCGCCCCCGCACCGCGGTGGTCGTTCG                         GGCGGAGAGCCGCAACAGCGACAGCTTCGTGGCTGGCGTTGTGGTCGGTGG
genomic: CAGCAGGTCCGCCCTGCGGTGGCTCGTCCCCGCACCGCGGTGGTCGTTCGgtgagtcgta ... acgcttgcagGGCGGAGAGCCGCAACAGCGACAGCTTCGTGGCTGGCGTTGTGGTCGGTGG
EST: gi|15693681|gb|BI717986.1|BI717986
EST:     CAGCAGGTCCGCCCTGCGGTGGCTCGTCCCCGCACCGCGGTGGTCGTTCG                         GGCGGAGAGCCGCAACAGCGACAGCTTCGTGGCTGGCGTTGTGGTCGGTGG
genomic: CAGCAGGTCCGCCCTGCGGTGGCTCGTCCCCGCACCGCGGTGGTCGTTCGgtgagtcgta ... acgcttgcagGGCGGAGAGCCGCAACAGCGACAGCTTCGTGGCTGGCGTTGTGGTCGGTGG
EST: gi|8576740|gb|BE129377.1|BE129377
EST:     CAGCAGGTCCGCCCTGCGGTGGCTCGTCCCCGCACCGCGGTGGTCGTTCG                         GGCGGAGAGCCGCAACAGCGACAGCTTCGTGGCTGGCGTTGTGGTCGGTGG
genomic: CAGCAGGTCCGCCCTGCGGTGGCTCGTCCCCGCACCGCGGTGGTCGTTCGgtgagtcgta ... acgcttgcagGGCGGAGAGCCGCAACAGCGACAGCTTCGTGGCTGGCGTTGTGGTCGGTGG
EST: gi|9210742|gb|BE337657.1|BE337657
EST:     CAGCAGGTCCGCCCTGCGGTGGCTCGTCCCCGCACCGCGGTGGTCGTTCG                         GGCGGAGAGCCGCAACAGCGACAGCTTCGTGGCTGGCGTTGTGGTCGGTGG
genomic: CAGCAGGTCCGCCCTGCGGTGGCTCGTCCCCGCACCGCGGTGGTCGTTCGgtgagtcgta ... acgcttgcagGGCGGAGAGCCGCAACAGCGACAGCTTCGTGGCTGGCGTTGTGGTCGGTGG
EST: gi|10777354|gb|AV634034.1|AV634034
EST:     CAGCAGGTCCGCCCTGCGGTGGCTCGTCCCCGCACCGCGGTGGTCGTTCG                         GGCGGAGAGCCGCAACAGCGACAGCTTCGTGGCTGGCGTTGTGGTCGGTGG
genomic: CAGCAGGTCCGCCCTGCGGTGGCTCGTCCCCGCACCGCGGTGGTCGTTCGgtgagtcgta ... acgcttgcagGGCGGAGAGCCGCAACAGCGACAGCTTCGTGGCTGGCGTTGTGGTCGGTGG
EST: gi|14228396|gb|BG847212.1|BG847212
EST:     CAGCAGGTCCGCCCTGCGGTGGCTCGTCCCCGCACCGCGGTGGTCGTTCG                         GGCGGAGAGCCGCAACAGCGACAGCTTCGTGGCTGGCGTTGTGGTCGGTGG
genomic: CAGCAGGTCCGCCCTGCGGTGGCTCGTCCCCGCACCGCGGTGGTCGTTCGgtgagtcgta ... acgcttgcagGGCGGAGAGCCGCAACAGCGACAGCTTCGTGGCTGGCGTTGTGGTCGGTGG
EST: gi|16438220|gb|BM003440.1|BM003440
EST:     CAGCAGGTCCGCCCTGCGGTGGCTCGTCCCCGCACCGCGGTGGTCGTTCG                         GGCGGAGAGCCGCAACAGCGACAGCTTCGTGGCTGGCGTTGTGGTCGGTGG
genomic: CAGCAGGTCCGCCCTGCGGTGGCTCGTCCCCGCACCGCGGTGGTCGTTCGgtgagtcgta ... acgcttgcagGGCGGAGAGCCGCAACAGCGACAGCTTCGTGGCTGGCGTTGTGGTCGGTGG
EST: gi|10126580|gb|BE725284.1|BE725284
EST:     CAGCAGGTCCGCCCTGCGGTGGCTCGTCCCCGCACCGCGGTGGTCGTTCG                         GGCGGAGAGCCGCAACAGCGACAGCTTCGTGGCTGGCGTTGTGGTCGGTGG
genomic: CAGCAGGTCCGCCCTGCGGTGGCTCGTCCCCGCACCGCGGTGGTCGTTCGgtgagtcgta ... acgcttgcagGGCGGAGAGCCGCAACAGCGACAGCTTCGTGGCTGGCGTTGTGGTCGGTGG
EST: gi|8828368|gb|BE212098.1|BE212098
EST:     CAGCAGGTCCGCCCTGCGGTGGCTCGTCCCCGCACCGCGGTGGTCGTTCG                         GGCGGAGAGCCGCAACAGCGACAGCTTCGTGGCTGGCGTTGTGGTCGGTGG
genomic: CAGCAGGTCCGCCCTGCGGTGGCTCGTCCCCGCACCGCGGTGGTCGTTCGgtgagtcgta ... acgcttgcagGGCGGAGAGCCGCAACAGCGACAGCTTCGTGGCTGGCGTTGTGGTCGGTGG
EST: gi|10780475|gb|AV637155.1|AV637155
EST:     GCAGGTCCGCCCTGGCGGTGGCTCGTCCCCGGCACCGCGGTGGTCGTTCG                         GGCGGAGAGCCGCAACAGCGACAGCTTCGTGGCTGGCGTTGTGGTCGGTGG
genomic: GCAGGTCCGCCCT-GCGGTGGCTCGTCCCC-GCACCGCGGTGGTCGTTCGgtgagtcgta ... acgcttgcagGGCGGAGAGCCGCAACAGCGACAGCTTCGTGGCTGGCGTTGTGGTCGGTGG
EST: gi|15369711|gb|BI529137.1|BI529137
EST:     CAGCAGGTCCGCCCTGCGGTGGCTCGTCCCCGCACCGCGGTGGTCGTTCG                         GGCGGAGAGCCGCAACAGCGACAGCTTCGTGGCTGGCGTTGTGGTCGGTGG
genomic: CAGCAGGTCCGCCCTGCGGTGGCTCGTCCCCGCACCGCGGTGGTCGTTCGgtgagtcgta ... acgcttgcagGGCGGAGAGCCGCAACAGCGACAGCTTCGTGGCTGGCGTTGTGGTCGGTGG
EST: gi|14229598|gb|BG848414.1|BG848414
EST:     CAGCAGGTCCGCCCTGCGGTGGCTCGTCCCCGCACCGCGGTGGTCGTTCG                         GGCGGAGAGCCGCAACAGCGACAGCTTCGTGGCTGGCGTTGTGGTCGGTGG
genomic: CAGCAGGTCCGCCCTGCGGTGGCTCGTCCCCGCACCGCGGTGGTCGTTCGgtgagtcgta ... acgcttgcagGGCGGAGAGCCGCAACAGCGACAGCTTCGTGGCTGGCGTTGTGGTCGGTGG
EST: gi|49460696|gb|BP088609.1|BP088609
EST:     CAGCAGGTCCGCCCTGCGGTGGCTCGTCCCCGCACCGCGGTGGTCGTTCG                         GGCGGAGAGCCGCAACAGCGACAGCTTCGTGGCTGGCGTTGTGGTCGGTGG
genomic: CAGCAGGTCCGCCCTGCGGTGGCTCGTCCCCGCACCGCGGTGGTCGTTCGgtgagtcgta ... acgcttgcagGGCGGAGAGCCGCAACAGCGACAGCTTCGTGGCTGGCGTTGTGGTCGGTGG
EST: gi|161822228|gb|FC107676.1|FC107676
EST:     CAGCAGGTCCGCCCTGCGGTGGCTCGCCCCCGCACCGCGGTGGTCGTTCG                         GGCGGAGAGCCGCAACAGCGACAGCTTCGTGGCTGGCGTTGTGGTCGGTGG
genomic: CAGCAGGTCCGCCCTGCGGTGGCTCGTCCCCGCACCGCGGTGGTCGTTCGgtgagtcgta ... acgcttgcagGGCGGAGAGCCGCAACAGCGACAGCTTCGTGGCTGGCGTTGTGGTCGGTGG
EST: gi|14240185|gb|BG859001.1|BG859001
EST:     CAGCAGGTCCGCCCTGCGGTGGCTCGTCCCCGCACCGCGGTGGTCGTTCG                         GGCGGAGAGCCGCAACAGCGACAGCTTCGTGGCTGNGCGTTGTGGTCGGTG
genomic: CAGCAGGTCCGCCCTGCGGTGGCTCGTCCCCGCACCGCGGTGGTCGTTCGgtgagtcgta ... acgcttgcagGGCGGAGAGCCGCAACAGCGACAGCTTCGTGGCTG-GCGTTGTGGTCGGTG