Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cataggcttaggctagtttgtggcgacctgggctgatggtctcccctcccgagcgacttcttcctaactttcgccatttcgccacctccctgccctgcagTATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGCGAGTAGAACGTGGTCAATCCAGCAGGATACCACGCGCGGGACCACGTGC

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDO97276
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22049326|gb|BQ808732.1|BQ808732
EST:     ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATG                         TATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
genomic: ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATGgtgagtgcgc ... tgccctgcagTATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
EST: gi|23364367|gb|BU652187.1|BU652187
EST:     ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATG                         TATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
genomic: ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATGgtgagtgcgc ... tgccctgcagTATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
EST: gi|22050615|gb|BQ809285.1|BQ809285
EST:     ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATG                         TATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
genomic: ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATGgtgagtgcgc ... tgccctgcagTATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
EST: gi|10127405|gb|BE726109.1|BE726109
EST:     ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATG                         TATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
genomic: ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATGgtgagtgcgc ... tgccctgcagTATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
EST: gi|22049327|gb|BQ808733.1|BQ808733
EST:     ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATG                         TATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
genomic: ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATGgtgagtgcgc ... tgccctgcagTATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
EST: gi|22069472|gb|BQ819049.1|BQ819049
EST:     ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATG                         TATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
genomic: ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATGgtgagtgcgc ... tgccctgcagTATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
EST: gi|16437911|gb|BM003131.1|BM003131
EST:     ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATG                         TATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
genomic: ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATGgtgagtgcgc ... tgccctgcagTATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
EST: gi|10191325|gb|BE761401.1|BE761401
EST:     ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATG                         TATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
genomic: ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATGgtgagtgcgc ... tgccctgcagTATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
EST: gi|22050618|gb|BQ809286.1|BQ809286
EST:     ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATG                         TATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
genomic: ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATGgtgagtgcgc ... tgccctgcagTATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
EST: gi|22074578|gb|BQ823526.1|BQ823526
EST:     ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATG                         TATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
genomic: ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATGgtgagtgcgc ... tgccctgcagTATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
EST: gi|161806580|gb|FC088126.1|FC088126
EST:     ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATG                         TATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
genomic: ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATGgtgagtgcgc ... tgccctgcagTATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
EST: gi|22065539|gb|BQ816408.1|BQ816408
EST:     ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATG                         TATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
genomic: ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATGgtgagtgcgc ... tgccctgcagTATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
EST: gi|22051013|gb|BQ809455.1|BQ809455
EST:     CTTCAACATGAGCGATGAGGATCATTGATGACGACCACGCCAGCCACATG                         TATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCG
genomic: CTTCAACATGAGCGATGAGGATCAT-GATGACGACCACGCCAGCCACATGgtgagtgcgc ... tgccctgcagTATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGC-TATGGAGCCGCTCCCTGGCCG
EST: gi|10127015|gb|BE725719.1|BE725719
EST:     ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATG                         TATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
genomic: ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATGgtgagtgcgc ... tgccctgcagTATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
EST: gi|10769312|gb|AV620137.1|AV620137
EST:     ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATG                         TATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
genomic: ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATGgtgagtgcgc ... tgccctgcagTATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
EST: gi|10773438|gb|AV624261.1|AV624261
EST:     ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATG                         TATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
genomic: ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATGgtgagtgcgc ... tgccctgcagTATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
EST: gi|22050482|gb|BQ809241.1|BQ809241
EST:     ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATG                         TATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
genomic: ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATGgtgagtgcgc ... tgccctgcagTATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
EST: gi|15368211|gb|BI527637.1|BI527637
EST:     ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATG                         TATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
genomic: ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATGgtgagtgcgc ... tgccctgcagTATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
EST: gi|10770323|gb|AV621148.1|AV621148
EST:     ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATG                         TATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
genomic: ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATGgtgagtgcgc ... tgccctgcagTATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
EST: gi|8287504|gb|BE025063.1|BE025063
EST:     ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATG                         TATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
genomic: ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATGgtgagtgcgc ... tgccctgcagTATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
EST: gi|23362120|gb|BU649940.1|BU649940
EST:     ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATG                         TATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
genomic: ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATGgtgagtgcgc ... tgccctgcagTATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
EST: gi|22050481|gb|BQ809240.1|BQ809240
EST:     ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATG                         TATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
genomic: ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATGgtgagtgcgc ... tgccctgcagTATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
EST: gi|14237064|gb|BG855880.1|BG855880
EST:     ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATG                         TATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
genomic: ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATGgtgagtgcgc ... tgccctgcagTATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
EST: gi|8287505|gb|BE025064.1|BE025064
EST:     ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATG                         TATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
genomic: ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATGgtgagtgcgc ... tgccctgcagTATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
EST: gi|49464732|gb|BP092645.1|BP092645
EST:     ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATG                         TATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
genomic: ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATGgtgagtgcgc ... tgccctgcagTATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
EST: gi|161805508|gb|FC093372.1|FC093372
EST:     ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATG                         TATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
genomic: ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATGgtgagtgcgc ... tgccctgcagTATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
EST: gi|161801414|gb|FC091212.1|FC091212
EST:     ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATG                         TATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
genomic: ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATGgtgagtgcgc ... tgccctgcagTATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
EST: gi|23358954|gb|BU646774.1|BU646774
EST:     ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATG                         TATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
genomic: ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATGgtgagtgcgc ... tgccctgcagTATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
EST: gi|14240121|gb|BG858937.1|BG858937
EST:     ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATG                         TATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
genomic: ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATGgtgagtgcgc ... tgccctgcagTATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
EST: gi|161810428|gb|FC099389.1|FC099389
EST:     ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATG                         TATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
genomic: ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATGgtgagtgcgc ... tgccctgcagTATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
EST: gi|49463392|gb|BP091305.1|BP091305
EST:     ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATG                         TATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
genomic: ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATGgtgagtgcgc ... tgccctgcagTATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
EST: gi|15372627|gb|BI532053.1|BI532053
EST:     ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATG                         TATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
genomic: ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATGgtgagtgcgc ... tgccctgcagTATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
EST: gi|10127013|gb|BE725717.1|BE725717
EST:     ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATG                         TATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC
genomic: ACTTCAACATGAGCGATGAGGATCATGATGACGACCACGCCAGCCACATGgtgagtgcgc ... tgccctgcagTATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctcccgagcgacttcttcctaactttcgccatttcgccacctccctgccctgcagTATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGCGAGTAGAACGTGGTCAATCCAGCAGGATACCACGCGCGGGACCACGTGC
                tcctaac  putative branch site (score: 1)
                               tttcgccacctccct  putative PPT
                   taacttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
cataggcttaggctagtttgtggcgacctgggctgatggtctcccctcccgagcgacttcttcctaactttcgccatttcgccacctccctgccctgcagTATGTATCTCACCTGGCCGCTCGTATGGCTATGGAGCCGCTCCCTGGCCGCGAGTAGAACGTGGTCAATCCAGCAGGATACCACGCGCGGGACCACGTGC

- - - - - - - -gtttgtg