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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttcacaaacctcttgcaaaccattaacgaatgccgtcgctctcgtgctgcttatgatccgcagtgcgcacccggccacgccgccgttcgccgccgcccagCCGCCACCCTCGCACGCGCTCTAGCGATGCTGCCGACGTGCCTGCCCCTGCTAGCAGCGCCCGCCGTTAATGGATGCGTAGGGGCTGCTGCATCTGTATC

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDO97257
intron # 11
splice site 3'
intron type U2


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gctgcttatgatccgcagtgcgcacccggccacgccgccgttcgccgccgcccagCCGCCACCCTCGCACGCGCTCTAGCGATGCTGCCGACGTGCCTGCCCCTGCTAGCAGCGCCCGCCGTTAATGGATGCGTAGGGGCTGCTGCATCTGTATC
     ttatgat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttcacaaacctcttgcaaaccattaacgaatgccgtcgctctcgtgctgcttatgatccgcagtgcgcacccggccacgccgccgttcgccgccgcccagCCGCCACCCTCGCACGCGCTCTAGCGATGCTGCCGACGTGCCTGCCCCTGCTAGCAGCGCCCGCCGTTAATGGATGCGTAGGGGCTGCTGCATCTGTATC

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- -acaaacc
- - - - - - - -caaacca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcttat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atccgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcacccg