1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' |
GTTATTGCGCCCATGGTGGACGTGGAGGTTCGCGGCGTGCCCGCACTGTCCTACTTTGGCAACGTGGTGTGGAAGGATGTGTACGACCAGATGAACCAGGgtgggtagatgaacaaatgtgctgctttcctttgtgctccctagcacacacgatgtgtgcagtgtgtgggcgagactgggaattatgggaggttgcgtgt...
species | Chlamydomonas reinhardtii |
transcript | EDO97076 |
intron # | 14 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CTACTTTGGCAACGTGGTGTGGAAGGATGTGTACGACCAGATGAACCAGG GCGCCGACCGCAAGTTCTTCCTGCTGGGCGGCAAGGGCGGCGTGGGCAAGAEST: gi|49464285|gb|BP092198.1|BP092198
genomic: CTACTTTGGCAACGTGGTGTGGAAGGATGTGTACGACCAGATGAACCAGGgtgggtagat ... gcccgcacagGCGCCGACCGCAAGTTCTTCCTGCTGGGCGGCAAGGGCGGCGTGGGCAAGA
EST: CTACTTTGGCAACGTGGTGTGGAAGGATGTGTACGACCAGATGAACCAGG GCGCCGACCGCAAGTTCTTCCTGCTGGGCGGCAAGGGCGGCGTGGGCAAGA
genomic: CTACTTTGGCAACGTGGTGTGGAAGGATGTGTACGACCAGATGAACCAGGgtgggtagat ... gcccgcacagGCGCCGACCGCAAGTTCTTCCTGCTGGGCGGCAAGGGCGGCGTGGGCAAGA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTTATTGCGCCCATGGTGGACGTGGAGGTTCGCGGCGTGCCCGCACTGTCCTACTTTGGCAACGTGGTGTGGAAGGATGTGTACGACCAGATGAACCAGGgtgggtagatgaacaaatgtgctgctttcctttgtgctccctagcacacacgatgtgtgcagtgtgtgggcgagactgggaattatgggaggttgcgtgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atgaaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aatgtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cctttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcacaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtgtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtgtgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgggaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tatggga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttgcgtg