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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gtcaaacctagtcctgccatgctgtgccgtgcccggacctgatctcggcaaacatcctgctcccctcctgctcccctcctcctcccctccttcccgtcagATGGACGACGGCCAGATTGAGGTGTTCAACGCTTACCGCGTACAACAC

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDO97071
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|10785802|gb|AV642474.1|AV642474
EST:     ACCTGCTGCTCACCCCCCGCCGCGAGATGAGCGTGGAGCTGGTGGTGCAG                         ATGGACGACGGCCAGATTGAGGTGTTCAACGCTTACCGTGTACAACAC
genomic: ACCTGCTGCTCACCCCCCGCCGCGAGATGAGCGTGGAGCTGGTGGTGCAGgtgggggcgg ... ttcccgtcagATGGACGACGGCCAGATTGAGGTGTTCAACGCTTACCGCGTACAACAC
EST: gi|49469993|gb|BP097854.1|BP097854
EST:     ACCTGCTGCTCACCCCCCGCCGCGAGATGAGCGTGGAGCTGGTGGTGCAG                         ATGGACGACGGNCAGATTGAGGTGTTCAACGCTTACCGCGTACAACACAAC
genomic: ACCTGCTGCTCACCCCCCGCCGCGAGATGAGCGTGGAGCTGGTGGTGCAGgtgggggcgg ... ttcccgtcagATGGACGACGGCCAGATTGAGGTGTTCAACGCTTACCGCGTACAACACAAC
EST: gi|8933066|gb|BE227827.1|BE227827
EST:     ACCTGCTGCTCACCCCCCGCCGCGAGATGAGCGTGGAGCTGGTGGTGCAG                         ATGGACGACGGCCAGATTGAGGTGTTCAACGCTTACCGCGTACAACAC
genomic: ACCTGCTGCTCACCCCCCGCCGCGAGATGAGCGTGGAGCTGGTGGTGCAGgtgggggcgg ... ttcccgtcagATGGACGACGGCCAGATTGAGGTGTTCAACGCTTACCGCGTACAACAC
EST: gi|9458319|gb|BE452183.1|BE452183
EST:     ACCTGCTGCTCACCCCCCGCCGCGAGATGAGCGTGGAGCTGGTGGTGCAG                         ATGGACGACGGCCAGATTGAGGTGTTCAACGCTTACCGCGTACAACAC
genomic: ACCTGCTGCTCACCCCCCGCCGCGAGATGAGCGTGGAGCTGGTGGTGCAGgtgggggcgg ... ttcccgtcagATGGACGACGGCCAGATTGAGGTGTTCAACGCTTACCGCGTACAACAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cggcaaacatcctgctcccctcctgctcccctcctcctcccctccttcccgtcagATGGACGACGGCCAGATTGAGGTGTTCAACGCTTACCGCGTACAACAC
         tcctgctcccctcctg  CT-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gtcaaacctagtcctgccatgctgtgccgtgcccggacctgatctcggcaaacatcctgctcccctcctgctcccctcctcctcccctccttcccgtcagATGGACGACGGCCAGATTGAGGTGTTCAACGCTTACCGCGTACAACAC

- -aaaccta