1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gttatctctttatacctttaattctatttgatttaattttcaagatcgtatgtcacttggactttaaacaatgaatttcttctgcacagaagGATCAAGCAGTCGCACAGGCGAAAGAGACTTTCAGTCTTTGACCGTTGAGAAGCTCCGCGCCATGCTCAAGGAGAAGGGCCTTCCAACAAAAGGAAGAAA
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT5G63460.2 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCTGGACGACAGAAGCTCAGCTAAAAGAGCTGCTAATGCATCTAGACAAG AEST: gi|86086211|gb|DR381970.1|DR381970
genomic: TCTGGACGACAGAAGCTCAGCTAAAAGAGCTGCTAATGCATCTAGACAAGgttatctctt ... tgcacagaag-
EST: TCTGGACGACAGAAGCTCAGCTAAAAGAGCTGCTAATGCATCTAGACAAG AEST: gi|86086211|gb|DR381970.1|DR381970
genomic: TCTGGACGACAGAAGCTCAGCTAAAAGAGCTGCTAATGCATCTAGACAAGgttatctctt ... tgcacagaag-
EST: TCTGGACGACAGAAGCTCAGCTAAAAGAGCTGCTAATGCATCTAGACAAG A
genomic: TCTGGACGACAGAAGCTCAGCTAAAAGAGCTGCTAATGCATCTAGACAAGgttatctctt ... tgcacagaag-
tttcaagatcgtatgtcacttggactttaaacaatgaatttcttctgcacagaagGATCAAGCAGTCGCACAGGCGAAAGAGACTTTCAGTCTTTGACCGTTGAGAAGCTCCGCGCCATGCTCAAGGAGAAGGGCCTTCCAACAAAAGGAAGAAA
tttcttctgc CT-rich tract
tttaaacaatgaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttatctctttatacctttaattctatttgatttaattttcaagatcgtatgtcacttggactttaaacaatgaatttcttctgcacagaagGATCAAGCAGTCGCACAGGCGAAAGAGACTTTCAGTCTTTGACCGTTGAGAAGCTCCGCGCCATGCTCAAGGAGAAGGGCCTTCCAACAAAAGGAAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA