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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttcaagtcctgattcgtaaaattttatgagctctgtgacctgtggatactacgtaagtaatcatgatcaattaaagtaacgaaagtgtgctcccttgcagATTCTCAAACTCTCAGCTGTTGATTATATCAGATCGTTTGATCCTTCAACTCAT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G18420.3
intron # 3
splice site 3'
intron type U2


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atactacgtaagtaatcatgatcaattaaagtaacgaaagtgtgctcccttgcagATTCTCAAACTCTCAGCTGTTGATTATATCAGATCGTTTGATCCTTCAACTCAT
                            aagtaac  putative branch site (score: 2)
                                          tgctccctt  putative PPT
                    atcaattaaagtaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttcaagtcctgattcgtaaaattttatgagctctgtgacctgtggatactacgtaagtaatcatgatcaattaaagtaacgaaagtgtgctcccttgcagATTCTCAAACTCTCAGCTGTTGATTATATCAGATCGTTTGATCCTTCAACTCAT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGTT