1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
gtaatttcttcttattcccttgtaagactcataattgagtatagctaaatatgaagcacatgctctgtactaagcgatacctccatttggggttgaatcttttatagGTGATCTGTGACCACTTGAGCTTGGGAGTGAAGACCGGTTTACCGTATATCTACCACAGCAAAGCGAGCAACCCTTTTGTTAACCTGAAGAAGGAATACA
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT5G15650.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGGTCGTTACGACGATATGTGGGCTGGTTGGTGCATCAAG GTGATCTGTGACCACTTGAGCTEST: gi|164237601|gb|ES002549.1|ES002549
genomic: TGGTCGTTACGACGATATGTGGGCTGGTTGGTGCATCAAGgtaatttctt ... tcttttatagGTGATCTGTGACCACTTGAGCT
EST: CGATATGTGGGCTGGTTGGTGCATCAAG GTGATCTGTGACCACTTGAGCTTGGGAGTGAAGACCGGTTTACCGTATATCEST: gi|124812700|gb|EH897566.1|EH897566
genomic: CGATATGTGGGCTGGTTGGTGCATCAAGgtaatttctt ... tcttttatagGTGATCTGTGACCACTTGAGCTTGGGAGTGAAGACCGGTTTACCGTATATC
EST: TGGTTGGTGCATCAAG GTGATCTGTGACCACTTGAGCTTGGGAGTGAAGACCGGTTTACCGTATATC
genomic: TGGTTGGTGCATCAAGgtaatttctt ... tcttttatagGTGATCTGTGACCACTTGAGCTTGGGAGTGAAGACCGGTTTACCGTATATC
gaagcacatgctctgtactaagcgatacctccatttggggttgaatcttttatagGTGATCTGTGACCACTTGAGCTTGGGAGTGAAGACCGGTTTACCGTATATCTACCACAGCAAAGCGAGCAACCCTTTTGTTAACCTGAAGAAGGAATACA
tcttttat CT-rich tract
ttgaatcttttata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaatttcttcttattcccttgtaagactcataattgagtatagctaaatatgaagcacatgctctgtactaagcgatacctccatttggggttgaatcttttatagGTGATCTGTGACCACTTGAGCTTGGGAGTGAAGACCGGTTTACCGTATATCTACCACAGCAAAGCGAGCAACCCTTTTGTTAACCTGAAGAAGGAATACA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA