Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagatggaatccgctgctacatgatagtgaatgaatatggtttacttatggttatagtgaatggggatatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtttcagGTAAACATCTCATTGATAGTGAATGATGAAGAGGCAGAGCAATGTGTGAGGGCTCTCCACTCCGCCTTCTTTGAGACCGATCCTTAGTGCAACACAGAGC

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G14060.1
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124974237|gb|EL047810.1|EL047810
EST:     ATGATCTCGCAGGGTGCATCTAAG                         GTAAACATCTCATTGATAGTGAATGATGAAGAGGCAGAGCAATGTGTGAGG
genomic: ATGATCTCGCAGGGTGCATCTAAGgttagatgga ... tgtgtttcagGTAAACATCTCATTGATAGTGAATGATGAAGAGGCAGAGCAATGTGTGAGG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttacttatggttatagtgaatggggatatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtttcagGTAAACATCTCATTGATAGTGAATGATGAAGAGGCAGAGCAATGTGTGAGGGCTCTCCACTCCGCCTTCTTTGAGACCGATCCTTAGTGCAACACAGAGC
           ttatagt  TA-rich tract