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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatttaacaaattcttctcataaatctcagtgtacagtttgttctcattctttttttttggaaggagtcttaatctcaacatatatagtttctttgtcgtaaacatttctcttaactataatttaagggtggatcctgttatttatcagGTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGACCTTTGGTCGTTTCACGTCTTCAACAAAGAGCCTTCGTCTTCAAATCAGTTGTGCC

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G25050.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125122813|gb|EL169262.1|EL169262
EST:     CAATTTCACAG                         GTTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGACCTTTGGTCGTTTCAC
genomic: CAATTTCACAGgtaatttaac ... tatttatcagG-TTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGACCTTTGGTCGTTTCAC
EST: gi|125029096|gb|EL101365.1|EL101365
EST:     ACAATTTCACAG                         GTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGACCTTTGGTCGTTTCACG
genomic: ACAATTTCACAGgtaatttaac ... tatttatcagGTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGACCTTTGGTCGTTTCACG
EST: gi|163986396|gb|ES093304.1|ES093304
EST:     TATCAACCACTTCCCTAAGCTTCAAAGCTCCGTCCACCACAATTTCACAG                         GTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTC
genomic: TATCAACCACTTCCCTAAGCTTCAAAGCTCCGTCCACCACAATTTCACAGgtaatttaac ... tatttatcagGTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTC
EST: gi|125286932|gb|EL301017.1|EL301017
EST:     TATCAACCACTTCCCTAAGCTTCAAAGCTCCGTCCACCACAATTTCACAG                         GTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGACCTTTGGT
genomic: TATCAACCACTTCCCTAAGCTTCAAAGCTCCGTCCACCACAATTTCACAGgtaatttaac ... tatttatcagGTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGACCTTTGGT
EST: gi|124855816|gb|EH940253.1|EH940253
EST:     TATCAACCACTTCCCTAAGCTTCAAAGCTCCGTCCACCACAATTTCACAG                         GTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGACCTTTGGTCG
genomic: TATCAACCACTTCCCTAAGCTTCAAAGCTCCGTCCACCACAATTTCACAGgtaatttaac ... tatttatcagGTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGACCTTTGGTCG
EST: gi|125235102|gb|EL249187.1|EL249187
EST:     CCACCACAATTTCACAG                         GTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGACCTTTGGTCGTTTCACG
genomic: CCACCACAATTTCACAGgtaatttaac ... tatttatcagGTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGACCTTTGGTCGTTTCACG
EST: gi|125023126|gb|EL095395.1|EL095395
EST:     TCAACCACTTCCCTAAGCTTCAAAGCTCCGTCCACCACAATTTCACAG                         GTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGACCTTTGGTCGTTTCACG
genomic: TCAACCACTTCCCTAAGCTTCAAAGCTCCGTCCACCACAATTTCACAGgtaatttaac ... tatttatcagGTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGACCTTTGGTCGTTTCACG
EST: gi|124951419|gb|EL026789.1|EL026789
EST:     CTTCCCTAAGCTTCAAAGCTCCGTCCACCACAATTTCACAG                         GTTTTAAGGAAAGCCCCAAGTTCTCAGTCTGTGACCTTTGGTCGTTTCACG
genomic: CTTCCCTAAGCTTCAAAGCTCCGTCCACCACAATTTCACAGgtaatttaac ... tatttatcagGTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGACCTTTGGTCGTTTCACG
EST: gi|124858047|gb|EH942484.1|EH942484
EST:     CTCCGTCCACCACAATTTCACAG                         GTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGACCTTTGGTCGTTTCACG
genomic: CTCCGTCCACCACAATTTCACAGgtaatttaac ... tatttatcagGTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGACCTTTGGTCGTTTCACG
EST: gi|86081858|gb|DR377617.1|DR377617
EST:     TCAAAGCTCCGTCCACCACAATTTCACAG                         GTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGACCTTTGGT-STTTCACG
genomic: TCAAAGCTCCGTCCACCACAATTTCACAGgtaatttaac ... tatttatcagGTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGACCTTTGGTCGTTTCACG
EST: gi|125248020|gb|EL262105.1|EL262105
EST:     TATCAACCACTTCCCTAAGCTTCAAAGCTCCGTCCACCACAATTTCACAG                         GTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGACCTTTGGTCGTTTCACA
genomic: TATCAACCACTTCCCTAAGCTTCAAAGCTCCGTCCACCACAATTTCACAGgtaatttaac ... tatttatcagGTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGACCTTTGGTCGTTTCACG
EST: gi|125221227|gb|EL235312.1|EL235312
EST:     TATCAACCACTTCCCTAAGCTTCAAAGCTCCGTCCACCACAATTTCACAG                         GTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGACCTTTGGTCGTTT
genomic: TATCAACCACTTCCCTAAGCTTCAAAGCTCCGTCCACCACAATTTCACAGgtaatttaac ... tatttatcagGTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGACCTTTGGTCGTTT
EST: gi|116456880|gb|EG499472.1|EG499472
EST:     AACCACTTCCCTAAGCTTCAAAGCTCCGTCCACCGCAATTTCACAG                         GTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGACCTTTGGTCGTTTCACG
genomic: AACCACTTCCCTAAGCTTCAAAGCTCCGTCCACCACAATTTCACAGgtaatttaac ... tatttatcagGTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGACCTTTGGTCGTTTCACG
EST: gi|124805051|gb|EH892508.1|EH892508
EST:     TATCAACCACTTCCCTAAGCTTCAAAGCTCCGTCCACCACAATTTCACAG                         GTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGACCTTTGGTCGTTTC
genomic: TATCAACCACTTCCCTAAGCTTCAAAGCTCCGTCCACCACAATTTCACAGgtaatttaac ... tatttatcagGTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGACCTTTGGTCGTTTC
EST: gi|125208297|gb|EL223251.1|EL223251
EST:     CTCCGTCCACCACAATTTCACAG                         GTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGACCTTTGGTCGTTTCACG
genomic: CTCCGTCCACCACAATTTCACAGgtaatttaac ... tatttatcagGTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGACCTTTGGTCGTTTCACG
EST: gi|125276939|gb|EL291024.1|EL291024
EST:     CCCTAAGCTTCAAAGCTCCGTCCACCACAATTTCACAG                         GTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGACCTTTGGTCGTTTCACG
genomic: CCCTAAGCTTCAAAGCTCCGTCCACCACAATTTCACAGgtaatttaac ... tatttatcagGTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGACCTTTGGTCGTTTCACG
EST: gi|47829114|gb|CK118798.1|CK118798
EST:     TATCAACCACTTCCCTAAGCTTCAAAGCTCCGTCCACCACAATTTCACAG                         GTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGACCTTTGGTCGTTTCACG
genomic: TATCAACCACTTCCCTAAGCTTCAAAGCTCCGTCCACCACAATTTCACAGgtaatttaac ... tatttatcagGTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGACCTTTGGTCGTTTCACG
EST: gi|124750575|gb|EH840705.1|EH840705
EST:     CAACCACTTCCCTAAGCTTCAAAGCTCCGTCCACCACAATTTCACAG                         GTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGACCTTTGGTCGTTTCACG
genomic: CAACCACTTCCCTAAGCTTCAAAGCTCCGTCCACCACAATTTCACAGgtaatttaac ... tatttatcagGTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGACCTTTGGTCGTTTCACG
EST: gi|125025466|gb|EL097735.1|EL097735
EST:     CCCTAAGCTTCAAAGCTCCGTCCACCACAATTTCACAG                         GTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAG
genomic: CCCTAAGCTTCAAAGCTCCGTCCACCACAATTTCACAGgtaatttaac ... tatttatcagGTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAG
EST: gi|124755273|gb|EH845403.1|EH845403
EST:     TATCAACCACTTCCCTAAGCTTCAAAGCTCCGTCCACCACAATTTCACNG                         GTTTTAAGGAAAGCCTC
genomic: TATCAACCACTTCCCTAAGCTTCAAAGCTCCGTCCACCACAATTTCACAGgtaatttaac ... tatttatcagGTTTTAAGGAAAGCCTC
EST: gi|125083317|gb|EL143919.1|EL143919
EST:     TAAGCTTCAAAGCTCCGTCCACCACAATTTCACAG                         GTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGACCTTTGGTCGTTTCACG
genomic: TAAGCTTCAAAGCTCCGTCCACCACAATTTCACAGgtaatttaac ... tatttatcagGTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGACCTTTGGTCGTTTCACG
EST: gi|125021799|gb|EL094068.1|EL094068
EST:     TCAACCACTTCCCTAAGCTTCAAAGCTACCGTACCACCACAATTTCACAG                         GTTTTAAGGAAAGCCTC
genomic: TCAACCACTTCCCTAAGCTTCAAAGCT-CCGT-CCACCACAATTTCACAGgtaatttaac ... tatttatcagGTTTTAAGGAAAGCCTC
EST: gi|125139154|gb|EL178069.1|EL178069
EST:     TATCAACCACTTCCCTAAGCTTCAAAGCTCCGTCCACCACAATTTCACAG                         GTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGACCTTTTGGTCGTTT
genomic: TATCAACCACTTCCCTAAGCTTCAAAGCTCCGTCCACCACAATTTCACAGgtaatttaac ... tatttatcagGTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGACCTTT-GGTCGTTT
EST: gi|86076060|gb|DR371817.1|DR371817
EST:     ATCAACCACTTCCCTAAAGCTTCAAAGCTCCGTCCACCACAATTTCACAG                         GTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGACCTTTGGT-STTTCACG
genomic: ATCAACCACTTCCCT-AAGCTTCAAAGCTCCGTCCACCACAATTTCACAGgtaatttaac ... tatttatcagGTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGACCTTTGGTCGTTTCACG
EST: gi|116474769|gb|EG517361.1|EG517361
EST:     GCTCCGTCCGCCACAATTTCACAG                         GTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGTCCTTTGGTCGTTTCACG
genomic: GCTCCGTCCACCACAATTTCACAGgtaatttaac ... tatttatcagGTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGACCTTTGGTCGTTTCACG
EST: gi|124885119|gb|EH964021.1|EH964021
EST:     CTCCGTCCACCACAATTTCACAG                         GTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGACCTTTGGTCGTTTCACG
genomic: CTCCGTCCACCACAATTTCACAGgtaatttaac ... tatttatcagGTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGACCTTTGGTCGTTTCACG
EST: gi|124987177|gb|EL059649.1|EL059649
EST:     CCACAATTTCACAG                         GTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGAACCTTTGGTCGTTTCAC
genomic: CCACAATTTCACAGgtaatttaac ... tatttatcagGTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGA-CCTTTGGTCGTTTCAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtcgtaaacatttctcttaactataatttaagggtggatcctgttatttatcagGTTTTAAGGAAAGCCTCAAGTTCTCAGTCTGTGACCTTTGGTCGTTTCACGTCTTCAACAAAGAGCCTTCGTCTTCAAATCAGTTGTGCC
               tcttaac  putative branch site (score: 2)
                                       tcctgtt  putative PPT
     taaacatttctcttaa  TA-rich tract