1 5' 3' |
...tggtttggtcttggtctagttacagtcttaaagaacgtattattgtgaatatatctctcctaaggtttagatttgaaccaatgaacatgtgtgtgtaaagATGGAAAGGAGGAGGTGTTCAAGGAGAGAAGAGAGATAGACGATGAGACCAAAACGTTGACGTTAAGAGGACTTGAGGGTCACGTGATGGAGCAGCTCAA
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT4G23680.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CGAACATGACTCTCACGGGTCTATCAGAAGTTGGAACTACACATGGG ATGGAAAGGAGGAGGTGTTCAAGGAGAEST: gi|125297029|gb|EL311114.1|EL311114
genomic: CGAACATGACTCTCACGGGTCTATCAGGAGTTGGAACTACACATGGGgtatacaatt ... gtgtgtaaagATGGAAAGGAGGAGGTGTTCAAGGAGA
EST: ACTCTCACGGGTCTATCAGGAGTTGGAACTACACTATGGG ATGGAAAGGAGGAGGTGTTCAAGGAGAGAAGAGAGATAGACGATGAGACCEST: gi|124762144|gb|EH852274.1|EH852274
genomic: ACTCTCACGGGTCTATCAGGAGTTGGAACTACAC-ATGGGgtatacaatt ... gtgtgtaaagATGGAAAGGAGGAGGTGTTCAAGGAGAGAAGAGAGATAGACGATGAGACC
EST: TCTATCAGGAGTTGGAACTACACATGGG ATGGAAAGGAGGAGGTGTTCAAGGAGAGAAGAGAGATAGACGATGAGACCAEST: gi|124921804|gb|EL000155.1|EL000155
genomic: TCTATCAGGAGTTGGAACTACACATGGGgtatacaatt ... gtgtgtaaagATGGAAAGGAGGAGGTGTTCAAGGAGAGAAGAGAGATAGACGATGAGACCA
EST: TATCAGGAGTTGGAACTACACATGGG ATGGAAAGGAGGAGGTGTTCAAGGAGAGAAGAGAGGTAGACGATGAGACCAEST: gi|164223544|gb|ES095580.1|ES095580
genomic: TATCAGGAGTTGGAACTACACATGGGgtatacaatt ... gtgtgtaaagATGGAAAGGAGGAGGTGTTCAAGGAGAGAAGAGAGATAGACGATGAGACCA
EST: TGGAACTACACATGGG ATGGAAAGGAGGAGGTGTTCAAGGAGAGAAGAGAGATAGACGATGAGACCAEST: gi|124757975|gb|EH848105.1|EH848105
genomic: TGGAACTACACATGGGgtatacaatt ... gtgtgtaaagATGGAAAGGAGGAGGTGTTCAAGGAGAGAAGAGAGATAGACGATGAGACCA
EST: TCTATCAGGAGTTGGAACTACACATGGG ATGGAAAGGAGGAGGTGTTCAAGGTAGAGAAGAGAGATAGACGAATGAGAC
genomic: TCTATCAGGAGTTGGAACTACACATGGGgtatacaatt ... gtgtgtaaagATGGAAAGGAGGAGGTGTTCAAGG-AGAGAAGAGAGATAGACGA-TGAGAC
tgaatatatctctcctaaggtttagatttgaaccaatgaacatgtgtgtgtaaagATGGAAAGGAGGAGGTGTTCAAGGAGAGAAGAGAGATAGACGATGAGACCAAAACGTTGACGTTAAGAGGACTTGAGGGTCACGTGATGGAGCAGCTCAA
tttagattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tggtttggtcttggtctagttacagtcttaaagaacgtattattgtgaatatatctctcctaaggtttagatttgaaccaatgaacatgtgtgtgtaaagATGGAAAGGAGGAGGTGTTCAAGGAGAGAAGAGAGATAGACGATGAGACCAAAACGTTGACGTTAAGAGGACTTGAGGGTCACGTGATGGAGCAGCTCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
-ggtttgg
- - - - - - - - - - - - - - taaagaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggtttag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaccaat