Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacttttaagaatcattgatttatctaccatttgctttcttgatctgagttttgtgattgatgtttttgtttgtttatgaagGGAGATGATCGGTGGCTACAAATGGCTGCAGATATGGTTGATAAGAAGAATAAGTGTGACTATGCGGCTTTACTCTTCTATGCATCATGGTGTCCTTTCT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G08930.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|152035038|gb|BP842778.2|BP842778
EST:     TAGGGTTTCGAGATAAGTCAGCCTTGCATCGTCCTGGTTTTGTCACTGAG                         GGAGATGATCGGTGGCTACAAATGGCTGCAGATATGGTTGATAAGAAGAAT
genomic: TAGGGTTTCGAGATAAGTCAGCCTTGCATCGTCCTGGTTTTGTCACTGAGgtacttttaa ... gtttatgaagGGAGATGATCGGTGGCTACAAATGGCTGCAGATATGGTTGATAAGAAGAAT
EST: gi|19874831|gb|AU235662.1|AU235662
EST:     TAGGGTTTCGAGATAAGTCAGCCTTGCATCGTCCTGGTTTTGTCACTGAG                         GGAGATGATCGGTGGCTACAAATGGCTGCAGATATGGTTGATAAGAAGAAT
genomic: TAGGGTTTCGAGATAAGTCAGCCTTGCATCGTCCTGGTTTTGTCACTGAGgtacttttaa ... gtttatgaagGGAGATGATCGGTGGCTACAAATGGCTGCAGATATGGTTGATAAGAAGAAT
EST: gi|125186697|gb|EL201651.1|EL201651
EST:     TAGGGTTTCGAGATAAGTCAGCCTTGCATCGTCCTGGTTTTGTCACTGAG                         GGAGATGATCGGTGGCTACAAATGGCTGCAGATATG
genomic: TAGGGTTTCGAGATAAGTCAGCCTTGCATCGTCCTGGTTTTGTCACTGAGgtacttttaa ... gtttatgaagGGAGATGATCGGTGGCTACAAATGGCTGCAGATATG
EST: gi|125062553|gb|EL130857.1|EL130857
EST:     GAGATAAGTCAGCCTTGCATCGTCCTGGTTTTGTCACTGAG                         GGAGATGATCGGTAGCTACAAATGG
genomic: GAGATAAGTCAGCCTTGCATCGTCCTGGTTTTGTCACTGAGgtacttttaa ... gtttatgaagGGAGATGATCGGTGGCTACAAATGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ccatttgctttcttgatctgagttttgtgattgatgtttttgtttgtttatgaagGGAGATGATCGGTGGCTACAAATGGCTGCAGATATGGTTGATAAGAAGAATAAGTGTGACTATGCGGCTTTACTCTTCTATGCATCATGGTGTCCTTTCT
                            gattgat  putative branch site (score: 4)
                                          tttgttt  putative PPT
                                    tttttgtttgtttat  TA-rich tract