Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ggataacctttccatgctgataaactttaatcatgatactaaacatatggatcatgtagcatttgggcaacaatctttttcttttttttttttttttcagGGAAATGGATGTTGGTGGACAAGAGCCTCAATCTTCGGATGGTAAACAGGTTCGATGTTAGTCAGGTCTTCAAATGTATTATCCACTGGGACTGTGGAAC

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G23640.2
intron # 22
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124839341|gb|EH923780.1|EH923780
EST:     TTGGCCAGATTCTGGAGACCAAATATATGAAGGGAACAACCTTCCACATG                         GGAAATGGATGTTGGTGGACAAGAGCCTCAATCTTCGGATGGTAAACAGGT
genomic: TTGGCCAGATTCTGGAGACCAAATATATGAAGGGAACAACCTTCCACATGgtaagtacct ... tttttttcagGGAAATGGATGTTGGTGGACAAGAGCCTCAATCTTCGGATGGTAAACAGGT
EST: gi|125221042|gb|EL235127.1|EL235127
EST:     TTGGCCAGATTCTGGAGACCAAATATATGAAGGGAACAACCTTCCACATG                         GGAAATGGATGTTGGTGGACAAAGAGCCTCAATCTTCGGATGGTAAACAGG
genomic: TTGGCCAGATTCTGGAGACCAAATATATGAAGGGAACAACCTTCCACATGgtaagtacct ... tttttttcagGGAAATGGATGTTGGTGGACAA-GAGCCTCAATCTTCGGATGGTAAACAGG
EST: gi|125207444|gb|EL222398.1|EL222398
EST:     ATTCTGGAGACCAAATATATGAAGGGAACAACCTTCCACATG                         GGAAATGGATGTTGGTGGACAAGAGCCTCAATCTTCGGATGGTAAACAGGT
genomic: ATTCTGGAGACCAAATATATGAAGGGAACAACCTTCCACATGgtaagtacct ... tttttttcagGGAAATGGATGTTGGTGGACAAGAGCCTCAATCTTCGGATGGTAAACAGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatggatcatgtagcatttgggcaacaatctttttcttttttttttttttttcagGGAAATGGATGTTGGTGGACAAGAGCCTCAATCTTCGGATGGTAAACAGGTTCGATGTTAGTCAGGTCTTCAAATGTATTATCCACTGGGACTGTGGAAC
                      caacaatctttttctt  CT-rich tract
                       aacaatctttttcttt  TA-rich tract