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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGGAGTACTCCCACCGGTGCTTAAACCGGGCGTTGATATTTCACGTGGAGTCAGCTTTGCCGTCGCCGATGCTTCTATTCTCGGAGCGCCGGTTGAATCTgtaagtccgttttcaatatttgttgttttgttttaaagagatagactttagggtttctaggtaaagaaacaatgttaaaaaaagtattagataaatgaaatcattacaaaaaaacgttattttaaaatcttatgaaacactattttttaatgtactaatattaataagttttattttcttgtgtttatatccag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G14210.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116482268|gb|EG524860.1|EG524860
EST:     TCAGCTTTGCCGTCGCCGATGCTTCTATTCTCGGAGCGCCGGTTGAATCT                         ATGACACTAAATCAACAGGTGGTTAAATTCAAAAATATGAAATCGAATTGG
genomic: TCAGCTTTGCCGTCGCCGATGCTTCTATTCTCGGAGCGCCGGTTGAATCTgtaagtccgt ... ttatatccagATGACACTAAATCAACAGGTGGTTAAATTCAAAAATATGAAATCGAATTGG
EST: gi|116434782|gb|EG477374.1|EG477374
EST:     TCAGCTTTGCCGTCGCCGATGCTTCTATTCTCGGAGCGCCGGTTGAATCT                         ATGACACTAAATCAACAGGTGGTTAAATTCAAAAATATGAAATCGAATTGG
genomic: TCAGCTTTGCCGTCGCCGATGCTTCTATTCTCGGAGCGCCGGTTGAATCTgtaagtccgt ... ttatatccagATGACACTAAATCAACAGGTGGTTAAATTCAAAAATATGAAATCGAATTGG
EST: gi|116482264|gb|EG524856.1|EG524856
EST:     TCAGCTTTGCCGTCACCGATGCTTCTATTCTCGGAGCGCCGGTTGAATCT                         ATGACACTAAATCAACAGGTGGTTAAATTCAAAAATATGAAATCGAATTGG
genomic: TCAGCTTTGCCGTCGCCGATGCTTCTATTCTCGGAGCGCCGGTTGAATCTgtaagtccgt ... ttatatccagATGACACTAAATCAACAGGTGGTTAAATTCAAAAATATGAAATCGAATTGG
EST: gi|125274614|gb|EL288699.1|EL288699
EST:     CAGCTTTGCCGTCGCCGATGCTTCTATTCTCGGAGCGCCGGTTGAATACT                         ATGACACTAAATCAACAGGTGGTTAAATTC
genomic: CAGCTTTGCCGTCGCCGATGCTTCTATTCTCGGAGCGCCGGTTGAAT-CTgtaagtccgt ... ttatatccagATGACACTAAATCAACAGGTGGTTAAATTC
EST: gi|116434796|gb|EG477388.1|EG477388
EST:     TCAGCTTTGCCGTCGCCGATGCTTCTATTCTCGGAGCGCCGGTTGAATCT                         ATGACACTAAATCAACAGGTGGTTAAATTCAAAAATATGAAATCGAATTGG
genomic: TCAGCTTTGCCGTCGCCGATGCTTCTATTCTCGGAGCGCCGGTTGAATCTgtaagtccgt ... ttatatccagATGACACTAAATCAACAGGTGGTTAAATTCAAAAATATGAAATCGAATTGG
EST: gi|116434797|gb|EG477389.1|EG477389
EST:     TCAGCTTTGCCGTCGCCGATGCTTCTATTCTCGGAGCGCCGGTTGAATCT                         ATGACACTAAATCAACAGGTGGTTAAATTCAAAAATATGAAATCGAATTGG
genomic: TCAGCTTTGCCGTCGCCGATGCTTCTATTCTCGGAGCGCCGGTTGAATCTgtaagtccgt ... ttatatccagATGACACTAAATCAACAGGTGGTTAAATTCAAAAATATGAAATCGAATTGG
EST: gi|116406283|gb|EG448875.1|EG448875
EST:     TCAGCTTTGCCGTCGCCGATGCTTCTATTCTCGGAGCGCCGGTTGAATCT                         ATGACACTAAATCAACAGGTGGTTAAATTCAAAAATATGAAATCGAATTGG
genomic: TCAGCTTTGCCGTCGCCGATGCTTCTATTCTCGGAGCGCCGGTTGAATCTgtaagtccgt ... ttatatccagATGACACTAAATCAACAGGTGGTTAAATTCAAAAATATGAAATCGAATTGG
EST: gi|116434779|gb|EG477371.1|EG477371
EST:     TCAGCTTTGCCGTCGCCGATGCTTCTATTCTCGGAGCGCCGGTTGAATCT                         ATGACACTAAATCAACAGGTGGTTAAATTCAAAAATATGAAATCGAATTGG
genomic: TCAGCTTTGCCGTCGCCGATGCTTCTATTCTCGGAGCGCCGGTTGAATCTgtaagtccgt ... ttatatccagATGACACTAAATCAACAGGTGGTTAAATTCAAAAATATGAAATCGAATTGG
EST: gi|116477451|gb|EG520043.1|EG520043
EST:     TCAGCTTTGCCGTCGCCGATGCTTCTATTCTCGGAGCGCCGGTTGAATCT                         ATGACACTAAATCAACAGGTGGTTAAATTCAAAAATATGAAATCGAATTGG
genomic: TCAGCTTTGCCGTCGCCGATGCTTCTATTCTCGGAGCGCCGGTTGAATCTgtaagtccgt ... ttatatccagATGACACTAAATCAACAGGTGGTTAAATTCAAAAATATGAAATCGAATTGG
EST: gi|116415707|gb|EG458299.1|EG458299
EST:     TCAGCTTTGCCGTCGCCGATGCTTCTATTCTCGGAGCGCCGGTTGAATCT                         ATGACACTAAATCAACAGGTGGTTAAATTCAAAAATATGAAATCGAATTGG
genomic: TCAGCTTTGCCGTCGCCGATGCTTCTATTCTCGGAGCGCCGGTTGAATCTgtaagtccgt ... ttatatccagATGACACTAAATCAACAGGTGGTTAAATTCAAAAATATGAAATCGAATTGG
EST: gi|116444596|gb|EG487188.1|EG487188
EST:     TCAGCTTTGCCGTCGCCGATGCTTCTATTCTCGGAGCGCCGGTTGAATCT                         ATGACACTAAATCAACAGGTGGTTAAATTCAAAAATATGAAATCGAATTGG
genomic: TCAGCTTTGCCGTCGCCGATGCTTCTATTCTCGGAGCGCCGGTTGAATCTgtaagtccgt ... ttatatccagATGACACTAAATCAACAGGTGGTTAAATTCAAAAATATGAAATCGAATTGG
EST: gi|116482265|gb|EG524857.1|EG524857
EST:     TCAGCTTTGCCGTCACCGATGCTTCTATTCTCGGAGCGCCGGTTGAATCT                         ATGACACTAAATCAACAGGTGGTTAAATTCAAAAATATGAAATCGAATTGG
genomic: TCAGCTTTGCCGTCGCCGATGCTTCTATTCTCGGAGCGCCGGTTGAATCTgtaagtccgt ... ttatatccagATGACACTAAATCAACAGGTGGTTAAATTCAAAAATATGAAATCGAATTGG
EST: gi|116482272|gb|EG524864.1|EG524864
EST:     TCAGCTTTGCCGTCGCCGATGCTTCTATTCTCGGAGCGCCGGTTGAATCT                         ATGACACTAAATCAACAGGTGGTTAAATTCAAAAATATGAAATCGAATTGG
genomic: TCAGCTTTGCCGTCGCCGATGCTTCTATTCTCGGAGCGCCGGTTGAATCTgtaagtccgt ... ttatatccagATGACACTAAATCAACAGGTGGTTAAATTCAAAAATATGAAATCGAATTGG
EST: gi|116482271|gb|EG524863.1|EG524863
EST:     TCAGCTTTGCCGTCGCCGATGCTTCTATTCTCGGAGCGCCGGTTGAATCT                         ATGACACTAAATCAACAGGTGGTTAAATTCAAAAATATGAAATCGAATTGG
genomic: TCAGCTTTGCCGTCGCCGATGCTTCTATTCTCGGAGCGCCGGTTGAATCTgtaagtccgt ... ttatatccagATGACACTAAATCAACAGGTGGTTAAATTCAAAAATATGAAATCGAATTGG
EST: gi|116459232|gb|EG501824.1|EG501824
EST:     TCAGCTTTGCCGTCGCCGATGCTTCTATTCTCGGAGCGCCGGTTGAATCT                         ATGACACTAAATCAACAGGTGGTTAAATTCAAAAATATGAAATCGAATTGG
genomic: TCAGCTTTGCCGTCGCCGATGCTTCTATTCTCGGAGCGCCGGTTGAATCTgtaagtccgt ... ttatatccagATGACACTAAATCAACAGGTGGTTAAATTCAAAAATATGAAATCGAATTGG
EST: gi|116477450|gb|EG520042.1|EG520042
EST:     TCAGCTTTGCCGTCGCCGATGCTTCTATTCTCGGAGCGCCGGTTGAATCT                         ATGACACTAAATCAACAGGTGGTTAAATTCAAAAATATGAAATCGAATTGG
genomic: TCAGCTTTGCCGTCGCCGATGCTTCTATTCTCGGAGCGCCGGTTGAATCTgtaagtccgt ... ttatatccagATGACACTAAATCAACAGGTGGTTAAATTCAAAAATATGAAATCGAATTGG
EST: gi|116434778|gb|EG477370.1|EG477370
EST:     TCAGCTTTGCCGTCGCCGATGCTTCTATTCTCGGAGCGCCGGTTGAATCT                         ATGACACTAAATCAACAGGTGGTTAAATTCAAAAATATGAAATCGAATTGG
genomic: TCAGCTTTGCCGTCGCCGATGCTTCTATTCTCGGAGCGCCGGTTGAATCTgtaagtccgt ... ttatatccagATGACACTAAATCAACAGGTGGTTAAATTCAAAAATATGAAATCGAATTGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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TGGAGTACTCCCACCGGTGCTTAAACCGGGCGTTGATATTTCACGTGGAGTCAGCTTTGCCGTCGCCGATGCTTCTATTCTCGGAGCGCCGGTTGAATCTgtaagtccgttttcaatatttgttgttttgttttaaagagatagactttagggtttctaggtaaagaaacaatgttaaaaaaagtattagataaatgaaatcattacaaaaaaacgttattttaaaatcttatgaaacactattttttaatgtactaatattaataagttttattttcttgtgtttatatccag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT