Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCCGTACCTTAGCCCGCATCTCACCGGAGAAAATCTTCTAGTCGGTGCTAATTTTGCCTCCGCAGGAATTGGAATCCTCAACGACACTGGAATTCAATTCgtaagcatatccaatcaattttaaaattcttgcattaaatacgcattcaagtgttgctgatattaatgcacgacacgacaagacgtgtttaccctctcca...

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G04290.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86020683|gb|DR316429.1|DR316429
EST:     TTTTGCCTCCGCAG-AAGTTGGAATCCTCAACGACACTGGAATTCAATTC                         GTAAACATAATTAGAA
genomic: TTTTGCCTCCGCAGGAA-TTGGAATCCTCAACGACACTGGAATTCAATTCgtaagcatat ... gtttttgcagGTAAACATAATTAGAA
EST: gi|125297134|gb|EL311219.1|EL311219
EST:     ATTTTGCCTCCGCAGGAATTGGAATCCTCAACGACACTGGAATTCAATTC                         GTAAACATAATTAGAATTTCTAAACAGATAGGAATACTTCGAACAGTACCA
genomic: ATTTTGCCTCCGCAGGAATTGGAATCCTCAACGACACTGGAATTCAATTCgtaagcatat ... gtttttgcagGTAAACATAATTAGAATTTCTAAACAGAT-GGAATACTTCGAACAGTACCA
EST: gi|86020679|gb|DR316425.1|DR316425
EST:     ATTTTGCCTCCGCAG-AATTGGAATCCTCAACGACACTGGAATTCAATTC                         GTAAACATAATTAGAATTTCTAAACAGATGGAATACTTTCGAACAGTACCA
genomic: ATTTTGCCTCCGCAGGAATTGGAATCCTCAACGACACTGGAATTCAATTCgtaagcatat ... gtttttgcagGTAAACATAATTAGAATTTCTAAACAGATGGAATACTT-CGAACAGTACCA
EST: gi|86020677|gb|DR316423.1|DR316423
EST:     ATTTTGCCTCCGCAG-AATTGGAATCCTCAACGACACTGGAATTCAATTC                         GTAAACATAATTAGAATTTCTAAACAGATGGAATACTTCGGAACAGTACCA
genomic: ATTTTGCCTCCGCAGGAATTGGAATCCTCAACGACACTGGAATTCAATTCgtaagcatat ... gtttttgcagGTAAACATAATTAGAATTTCTAAACAGATGGAATACTTCG-AACAGTACCA
EST: gi|125084233|gb|EL144513.1|EL144513
EST:     ATTTTGCCTCCGCAGGAATTGGAATCCTCAACGACACTGGAATTCAATTC                         GTAAACATAATTAGAATTTCTAAACAGA
genomic: ATTTTGCCTCCGCAGGAATTGGAATCCTCAACGACACTGGAATTCAATTCgtaagcatat ... gtttttgcagGTAAACATAATTAGAATTTCTAAACAGA
EST: gi|86020671|gb|DR316417.1|DR316417
EST:     TTTTGCCTCCGCAG-AATTTGGAATCCTCAACGACACTGGAATTCAATTC                         GTAAACATAATTAGAATTTCTAAACAGATGGAATACTTCGAACAGTACCAG
genomic: TTTTGCCTCCGCAGGAATT-GGAATCCTCAACGACACTGGAATTCAATTCgtaagcatat ... gtttttgcagGTAAACATAATTAGAATTTCTAAACAGATGGAATACTTCGAACAGTACCAG
EST: gi|86020686|gb|DR316432.1|DR316432
EST:     ATTTTGCCTCCGCAG-AATTGGAATCCTCAACGACACTGGAATTCAATTC                         GTRDCACATAATTAGAATTTCTAAACAGATGGAATACTTCGAACAGTWCCA
genomic: ATTTTGCCTCCGCAGGAATTGGAATCCTCAACGACACTGGAATTCAATTCgtaagcatat ... gtttttgcagGTAA-ACATAATTAGAATTTCTAAACAGATGGAATACTTCGAACAGTACCA
EST: gi|86020702|gb|DR316448.1|DR316448
EST:     ATTTTGCCTCCGCA-GAATTGGAATCCTCAACGACACTGGAATTCAATTC                         GTAAACATAATTAGAATTTCTAAACAGATGGAATACTTCGAACAGTACCAG
genomic: ATTTTGCCTCCGCAGGAATTGGAATCCTCAACGACACTGGAATTCAATTCgtaagcatat ... gtttttgcagGTAAACATAATTAGAATTTCTAAACAGATGGAATACTTCGAACAGTACCAG
EST: gi|86020685|gb|DR316431.1|DR316431
EST:     ATTTTGCCTCCGCAGGAATTGGAATCCTCAACGACACTGGAATTCAATTC                         GTAAACATAATTAGAATTTCTAAACAGATGGAATACTTCGAACAGTACCAG
genomic: ATTTTGCCTCCGCAGGAATTGGAATCCTCAACGACACTGGAATTCAATTCgtaagcatat ... gtttttgcagGTAAACATAATTAGAATTTCTAAACAGATGGAATACTTCGAACAGTACCAG
EST: gi|86020699|gb|DR316445.1|DR316445
EST:     ATTTTGCCTCCGCAG-AATTGGAATCCTCAACGACACTGGAATTCAATTC                         GTAAACATAATTAGAATTTCTAAACAGATGGAATACTTCGAACAGTACCAG
genomic: ATTTTGCCTCCGCAGGAATTGGAATCCTCAACGACACTGGAATTCAATTCgtaagcatat ... gtttttgcagGTAAACATAATTAGAATTTCTAAACAGATGGAATACTTCGAACAGTACCAG
EST: gi|86020692|gb|DR316438.1|DR316438
EST:     ATTTTGCCTCCGCAG-AATTGGAATCCTCAACGACACTGGAATTCAATTC                         GTAAACATAATTAGAATTTCTAAACAGATGGAATACTTCGAACAGTACCAG
genomic: ATTTTGCCTCCGCAGGAATTGGAATCCTCAACGACACTGGAATTCAATTCgtaagcatat ... gtttttgcagGTAAACATAATTAGAATTTCTAAACAGATGGAATACTTCGAACAGTACCAG
EST: gi|86020701|gb|DR316447.1|DR316447
EST:     ATTTTGCCTCCGCAG-AATTGGAATCCTCAACGACACTGGAATTCAATTC                         GTAAACATAATTAGAATTTCTAAACAGATGGAATACTTCGAACAGTACCAG
genomic: ATTTTGCCTCCGCAGGAATTGGAATCCTCAACGACACTGGAATTCAATTCgtaagcatat ... gtttttgcagGTAAACATAATTAGAATTTCTAAACAGATGGAATACTTCGAACAGTACCAG
EST: gi|86020690|gb|DR316436.1|DR316436
EST:     ATTTTGCCTCCGCAGGAATTGGAATCCTCAACGACACTGGAATTCAATTC                         GTAAACATAATTAGAATTTCTAAACAGATGGAATACTTCGAACAGTACCAG
genomic: ATTTTGCCTCCGCAGGAATTGGAATCCTCAACGACACTGGAATTCAATTCgtaagcatat ... gtttttgcagGTAAACATAATTAGAATTTCTAAACAGATGGAATACTTCGAACAGTACCAG
EST: gi|86020704|gb|DR316450.1|DR316450
EST:     ATTTTGCCTCCGCAG-AATTGGAATCCTCAACGACACTGGAATTCAATTC                         GTAAACATA-TTAGAATTTCTAAACAGATGGAATACTTCGAACA
genomic: ATTTTGCCTCCGCAGGAATTGGAATCCTCAACGACACTGGAATTCAATTCgtaagcatat ... gtttttgcagGTAAACATAATTAGAATTTCTAAACAGATGGAATACTTCGAACA
EST: gi|86020676|gb|DR316422.1|DR316422
EST:     ATTTTGCCTCCGCAG-AATTGGAATCCTCAACGACACTGGAATTCAATTC                         GTAAACATAATTAGAATTTCTAAACAGATGGAATACTTCGAACAGTACCAG
genomic: ATTTTGCCTCCGCAGGAATTGGAATCCTCAACGACACTGGAATTCAATTCgtaagcatat ... gtttttgcagGTAAACATAATTAGAATTTCTAAACAGATGGAATACTTCGAACAGTACCAG
EST: gi|47832310|gb|CK121994.1|CK121994
EST:     ATTTTGCCTCCGCAGGAATTGGAATCCTCAACGACACTGGAATTCAATTC                         GTAAACATAATTAGAATTTCTAAACAGATGGAATACTTCGAACAGTACCAG
genomic: ATTTTGCCTCCGCAGGAATTGGAATCCTCAACGACACTGGAATTCAATTCgtaagcatat ... gtttttgcagGTAAACATAATTAGAATTTCTAAACAGATGGAATACTTCGAACAGTACCAG
EST: gi|86020693|gb|DR316439.1|DR316439
EST:     ATTTTGCCTCCGCA-GAATTGGAATCCTCAACGACACTGGAATTCAATTC                         GTAAACATAATTAGAATTTCTAAACAGATGGAATACTTCGAACAGTACCAG
genomic: ATTTTGCCTCCGCAGGAATTGGAATCCTCAACGACACTGGAATTCAATTCgtaagcatat ... gtttttgcagGTAAACATAATTAGAATTTCTAAACAGATGGAATACTTCGAACAGTACCAG
EST: gi|124703957|gb|EH795359.1|EH795359
EST:     CACTGGAATTCAATTC                         GTAAACATAATTAGAATTTCTAAACAGATGGAATACTTCGAACAGTACCAG
genomic: CACTGGAATTCAATTCgtaagcatat ... gtttttgcagGTAAACATAATTAGAATTTCTAAACAGATGGAATACTTCGAACAGTACCAG
EST: gi|125294953|gb|EL309038.1|EL309038
EST:     ATTTTGCCTCCGCAGGAATTGGAATCCTCAACGACACTGGAATTCAATTC                         GTAAACATAATTAGAA
genomic: ATTTTGCCTCCGCAGGAATTGGAATCCTCAACGACACTGGAATTCAATTCgtaagcatat ... gtttttgcagGTAAACATAATTAGAA
EST: gi|86020672|gb|DR316418.1|DR316418
EST:     ATTTTGCCTCCGCAG-AATTGGAATCCTCAACGACACTGGAATTCAATTC                         GTAAACATAATTAGAATTTCTAAACAGATGGAATACTT
genomic: ATTTTGCCTCCGCAGGAATTGGAATCCTCAACGACACTGGAATTCAATTCgtaagcatat ... gtttttgcagGTAAACATAATTAGAATTTCTAAACAGATGGAATACTT
EST: gi|86020682|gb|DR316428.1|DR316428
EST:     TTTGCCTCCGCAG-AATTTGGAATCCTCAACGACACTGGAATTCAATTTC                         GTAAACATAATTAGAATTTCTAAACAGATGGAATACTTCGAACAGTAC
genomic: TTTGCCTCCGCAGGAATT-GGAATCCTCAACGACACTGGAATTCAATT-Cgtaagcatat ... gtttttgcagGTAAACATAATTAGAATTTCTAAACAGATGGAATACTTCGAACAGTAC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCCGTACCTTAGCCCGCATCTCACCGGAGAAAATCTTCTAGTCGGTGCTAATTTTGCCTCCGCAGGAATTGGAATCCTCAACGACACTGGAATTCAATTCgtaagcatatccaatcaattttaaaattcttgcattaaatacgcattcaagtgttgctgatattaatgcacgacacgacaagacgtgtttaccctctcca

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - accctctc