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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TACCTCTTTGCTGGTGTTGTTGACGGAAGGAACATCTGGGCCAATGACCTCGCTGCCTCTCTCATCACCTTGCAGTCACTTGAGGGTGTTGTTGGTAAAGgtattatattcttccagaatctcttatgtggattactcaattagaagtgtttaatttgttatctttctctaactcgttggttttgttatttgtgaattggtgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G03780.3
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116471169|gb|EG513761.1|EG513761
EST:     CGCTGCCTCTCTCATCACCTTGCAGTCACTTGAGGGTGTTGTTGGTAAAG                         ACAAGCTTGTGGTCTCAACCTCTTGCTCTCTTCTCCACACTGCCGTTGACC
genomic: CGCTGCCTCTCTCATCACCTTGCAGTCACTTGAGGGTGTTGTTGGTAAAGgtattatatt ... attggtgcagACAAGCTTGTGGTCTCAACCTCTTGCTCTCTTCTCCACACTGCCGTTGACC
EST: gi|86057390|gb|DR353147.1|DR353147
EST:     CGCTGCCTCTCTCATCACCTTGCAGTCACTTGAGGGTGTTGTTGGTAAAG                         ACAAGCTTGTGGTCTCAACCTCTTGCTCTCTTCTTCACACTGCCGTTGACC
genomic: CGCTGCCTCTCTCATCACCTTGCAGTCACTTGAGGGTGTTGTTGGTAAAGgtattatatt ... attggtgcagACAAGCTTGTGGTCTCAACCTCTTGCTCTCTTCTCCACACTGCCGTTGACC
EST: gi|124957144|gb|EL032008.1|EL032008
EST:     CATCACCTTGCAGTCACTTGAGGGTGTTGTTGGTAAAG                         ACAAGCTTGTGGTCTCAACCTCTTGCTCTCTTCTCCACACTGCCGTTGACC
genomic: CATCACCTTGCAGTCACTTGAGGGTGTTGTTGGTAAAGgtattatatt ... attggtgcagACAAGCTTGTGGTCTCAACCTCTTGCTCTCTTCTCCACACTGCCGTTGACC
EST: gi|125271270|gb|EL285355.1|EL285355
EST:     CGCTGCCTCTCTCATCACCTTGCAGTCACTTGAGGGTGTTGTTGGTAAAG                         ACAAGCTTGTGGTCTCAACCTCT
genomic: CGCTGCCTCTCTCATCACCTTGCAGTCACTTGAGGGTGTTGTTGGTAAAGgtattatatt ... attggtgcagACAAGCTTGTGGTCTCAACCTCT