1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtaagtaccatttcttcctttaaatgataagaactagcagcaactgtaaagtatcaagtggaaagtaaccattgcatctctaaatcgataagtatccacatatacttcttataacaaatctatgtaatatgtatgatgcagGAATATCGGAAGAATGTAGGACTAAGGAACATCATATTTTCAATTCAGAAAGAAGAGAGAAGCTGGTGGACACGACTGCTGAAATCGGAAGAGAAACCTG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT3G03773.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAGGCGAGCGCTTTGAATTCAGCTTGGAGTTATATGGGAAGATTATGACA GAATATCGGAAGAATGTAGGACTAAGGAACATCATATTTTCAATTCAAAAAEST: gi|116376158|gb|EG418750.1|EG418750
genomic: AAGGCGAGCGCTTTGAATTCAGCTTGGAGTTATATGGGAAGATTATGACAgtaagtacca ... tatgatgcagGAATATCGGAAGAATGTAGGACTAAGGAACATCATATTTTCAATTCAGAAA
EST: AAGGCGAGCGCTTTGAATTCAGCTTGGAGTTATATGGGAAGATTATGACA GAATATCGGAAGAATGTAGGACTAAGGAAEST: gi|116378931|gb|EG421523.1|EG421523
genomic: AAGGCGAGCGCTTTGAATTCAGCTTGGAGTTATATGGGAAGATTATGACAgtaagtacca ... tatgatgcagGAATATCGGAAGAATGTAGGACTAAGGAA
EST: AAGGCGAGCGCTTTGAATTCAGCTTGGAGTTATATGGGAAGATTATGACA GAATATCGGAAGAATGTAGGACTAAGGAACATCATATTTTCAATTCAGAAAEST: gi|116378929|gb|EG421521.1|EG421521
genomic: AAGGCGAGCGCTTTGAATTCAGCTTGGAGTTATATGGGAAGATTATGACAgtaagtacca ... tatgatgcagGAATATCGGAAGAATGTAGGACTAAGGAACATCATATTTTCAATTCAGAAA
EST: AAGGCGAGCGCTTTGAATTCAGCTTGGAGTTATATGGGAAGATTATGACA GAATATCGGAAGAATGTAGGACTAAGGAACATCATATTTTCAATTCAGAAAEST: gi|116376153|gb|EG418745.1|EG418745
genomic: AAGGCGAGCGCTTTGAATTCAGCTTGGAGTTATATGGGAAGATTATGACAgtaagtacca ... tatgatgcagGAATATCGGAAGAATGTAGGACTAAGGAACATCATATTTTCAATTCAGAAA
EST: AAGGCGAGCGCTTTGAATTCAGCTTGGAGTTATATGGGAAGATTATGACA GAATATCGGAAGAATGTAGGACTAAGGAACATCATATTTTCAATTCAGAAAEST: gi|116376154|gb|EG418746.1|EG418746
genomic: AAGGCGAGCGCTTTGAATTCAGCTTGGAGTTATATGGGAAGATTATGACAgtaagtacca ... tatgatgcagGAATATCGGAAGAATGTAGGACTAAGGAACATCATATTTTCAATTCAGAAA
EST: AAGGCGAGCGCTTTGAATTCAGCTTGGAGTTATATGGGAAGATTATGACA GAATATCGGAAGAATGTAGGACTAAGGAEST: gi|116376157|gb|EG418749.1|EG418749
genomic: AAGGCGAGCGCTTTGAATTCAGCTTGGAGTTATATGGGAAGATTATGACAgtaagtacca ... tatgatgcagGAATATCGGAAGAATGTAGGACTAAGGA
EST: AAGGCGAGCGCTTTGAATTCAGCTTGGAGTTATATGGGAAGATTATGACA GAATATCGGAAGAATGTAGGACTAAGGAACATCATATTTTCAATTCAGAAAEST: gi|116376168|gb|EG418760.1|EG418760
genomic: AAGGCGAGCGCTTTGAATTCAGCTTGGAGTTATATGGGAAGATTATGACAgtaagtacca ... tatgatgcagGAATATCGGAAGAATGTAGGACTAAGGAACATCATATTTTCAATTCAGAAA
EST: AAGGCGAGCGCTTTGAATTCAGCTTGGAGTTATATGGGAAGATTATGACA GAATATCGGAAGAATGTAGGACTAAGGAACATCAEST: gi|116376159|gb|EG418751.1|EG418751
genomic: AAGGCGAGCGCTTTGAATTCAGCTTGGAGTTATATGGGAAGATTATGACAgtaagtacca ... tatgatgcagGAATATCGGAAGAATGTAGGACTAAGGAACATCA
EST: AAGGCGAGCGCTTTGAATTCAGCTTGGAGTTATATGGGAAGATTATGACA GAATATCGGAAGAATGTAGGACTAAGGAACATCATATTTTCAATTCAGAAAEST: gi|164158290|gb|ES038447.1|ES038447
genomic: AAGGCGAGCGCTTTGAATTCAGCTTGGAGTTATATGGGAAGATTATGACAgtaagtacca ... tatgatgcagGAATATCGGAAGAATGTAGGACTAAGGAACATCATATTTTCAATTCAGAAA
EST: CGCTTTGAATTCAGCTTGGAGTTATATGGGAAGATTATGACA GAATATCGGAAGAATGTAGGACTAAGGAACATCATATTTTCAATTCAGAAAEST: gi|116376167|gb|EG418759.1|EG418759
genomic: CGCTTTGAATTCAGCTTGGAGTTATATGGGAAGATTATGACAgtaagtacca ... tatgatgcagGAATATCGGAAGAATGTAGGACTAAGGAACATCATATTTTCAATTCAGAAA
EST: AAGGCGAGCGCTTTGAATTCAGCTTGGAGTTATATGGGAAGATTATGACA GAATATCGGAAGAATGTAGGACTAAGGAACATCATATTTTCAATTCAGAAAEST: gi|116378927|gb|EG421519.1|EG421519
genomic: AAGGCGAGCGCTTTGAATTCAGCTTGGAGTTATATGGGAAGATTATGACAgtaagtacca ... tatgatgcagGAATATCGGAAGAATGTAGGACTAAGGAACATCATATTTTCAATTCAGAAA
EST: AAGGCGAGCGCTTTGAATTCAGCTTGGAGTTATATGGGAAGATTATGACA GAATATCGGAAGAATGTAGGACTAAGGAACATCATATTTTCAATTCAGAAAEST: gi|164155244|gb|ES105580.1|ES105580
genomic: AAGGCGAGCGCTTTGAATTCAGCTTGGAGTTATATGGGAAGATTATGACAgtaagtacca ... tatgatgcagGAATATCGGAAGAATGTAGGACTAAGGAACATCATATTTTCAATTCAGAAA
EST: AAGGCGAGCGCTTTGAATTCAGCTTGGAGTTATATGGGAAGATTATGACA GAATATCGGAAGAATGTAGGACTAAGEST: gi|116378926|gb|EG421518.1|EG421518
genomic: AAGGCGAGCGCTTTGAATTCAGCTTGGAGTTATATGGGAAGATTATGACAgtaagtacca ... tatgatgcagGAATATCGGAAGAATGTAGGACTAAG
EST: AAGGCGAGCGCTTTGAATTCAGCTTGGAGTTATATGGGAAGATTATGACA GAATATCGGAAGAATGTAGGACTAAGGAACATCATATTTTCAATTCAGAAAEST: gi|164194570|gb|ES171659.1|ES171659
genomic: AAGGCGAGCGCTTTGAATTCAGCTTGGAGTTATATGGGAAGATTATGACAgtaagtacca ... tatgatgcagGAATATCGGAAGAATGTAGGACTAAGGAACATCATATTTTCAATTCAGAAA
EST: AAGGCGAGCGCTTTGAATTCAGCTTGGAGTTATATGGGAAGATTATGACA GAATATTCGGAAGAATGTAGGACTAAGEST: gi|116376170|gb|EG418762.1|EG418762
genomic: AAGGCGAGCGCTTTGAATTCAGCTTGGAGTTATATGGGAAGATTATGACAgtaagtacca ... tatgatgcagGAATAT-CGGAAGAATGTAGGACTAAG
EST: AAGGCGAGCGCTTTGAATTCAGCTTGGAGTTATATGGGAAGATTATGACA GAATATCGGAAGAATGTAGGACTAAGGAACEST: gi|116376169|gb|EG418761.1|EG418761
genomic: AAGGCGAGCGCTTTGAATTCAGCTTGGAGTTATATGGGAAGATTATGACAgtaagtacca ... tatgatgcagGAATATCGGAAGAATGTAGGACTAAGGAAC
EST: AAGGCGAGCGCTTTGAATTCAGCTTGGAGTTATATGGGAAGATTATGACA GAATATCGGAAGAATGTAGGACTAAGGAACATCATATTTTCAATTCAGAAA
genomic: AAGGCGAGCGCTTTGAATTCAGCTTGGAGTTATATGGGAAGATTATGACAgtaagtacca ... tatgatgcagGAATATCGGAAGAATGTAGGACTAAGGAACATCATATTTTCAATTCAGAAA
gataagtatccacatatacttcttataacaaatctatgtaatatgtatgatgcagGAATATCGGAAGAATGTAGGACTAAGGAACATCATATTTTCAATTCAGAAAGAAGAGAGAAGCTGGTGGACACGACTGCTGAAATCGGAAGAGAAACCTG
ttataac putative branch site (score: 2)
ttataacaaatctatg TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagtaccatttcttcctttaaatgataagaactagcagcaactgtaaagtatcaagtggaaagtaaccattgcatctctaaatcgataagtatccacatatacttcttataacaaatctatgtaatatgtatgatgcagGAATATCGGAAGAATGTAGGACTAAGGAACATCATATTTTCAATTCAGAAAGAAGAGAGAAGCTGGTGGACACGACTGCTGAAATCGGAAGAGAAACCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA