Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   
10  
 5'  3'   
11  
 5'  3'   
12  
 5'  3'   
13  
 5'  3'   
14  
 5'  3'   
15  
 5'  3'   
16  
 5'  3'   
17  
 5'  3'   
18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaaataccgggatttctcgggtatctatagctttaatgagtcagttgtctcaaaagatgttcttttgattatgcagGGAGAATTAGTGAGATTGTTTGCTAATGATCAAAACAAGATTAGATGTG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G03560.1
intron # 13
splice site 3'
intron type U2


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatctatagctttaatgagtcagttgtctcaaaagatgttcttttgattatgcagGGAGAATTAGTGAGATTGTTTGCTAATGATCAAAACAAGATTAGATGTG
                                         ttttgat  putative branch site (score: 4)
 ttcttttg  CT-rich tract
 ttttgattat  TA-rich tract