1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtattgaaacataatttatactttataactatgctcatcagtcattctctgtctctttctttttttgtttccgtttgggtataacaatagcctcatggttttttctattaatactccagCTTGGTGAATGAATCCCTTAAGTTCTTGACGAAGTACCTAGCAACTTTCTCCAATGAGGATGCTCAGGTCCTGGATGAAGCCAAGGAGGAGGCTGTGCGT
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT3G02200.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAGAGGGAACTCTTTCTTGCCATTGCTAATGTGCTGAAAGAAAACAAAAG CTTGGTGAATGAATCCCTTAAGTTCTTGACGAAGTACCTAGCAACTTTCTCEST: gi|86045196|gb|DR340951.1|DR340951
genomic: CAGAGGGAACTCTTTCTTGCCATTGCTAATGTGCTGAAAGAAAACAAAAGgtattgaaac ... aatactccagCTTGGTGAATGAATCCCTTAAGTTCTTGACGAAGTACCTAGCAACTTTCTC
EST: CAGAGGGAACTCTTTCTTGCCATTGCTAATGTGCTGAAAGAAAACAAAAG CTTGGTGAATGAAATCCCTTAEST: gi|86045213|gb|DR340968.1|DR340968
genomic: CAGAGGGAACTCTTTCTTGCCATTGCTAATGTGCTGAAAGAAAACAAAAGgtattgaaac ... aatactccagCTTGGTGAATGAA-TCCCTTA
EST: CAGAGGGAACTCTTTCTTGCCATTGCTAATGTGCTGAAAGAAAACAAAAG CTTGGTGAATGAATCCCTTAAGTTCTTGACGAAGTACCTAGCAACTTTCTCEST: gi|164182669|gb|ES055244.1|ES055244
genomic: CAGAGGGAACTCTTTCTTGCCATTGCTAATGTGCTGAAAGAAAACAAAAGgtattgaaac ... aatactccagCTTGGTGAATGAATCCCTTAAGTTCTTGACGAAGTACCTAGCAACTTTCTC
EST: CAGAGGGAACTCTTTCTTGCCATTGCTAATGTGCTGAAAGAAAACAAAAG CTTGGTGAATGAATCCCTTAAGTTCTTGACGAAGTACCTAGC
genomic: CAGAGGGAACTCTTTCTTGCCATTGCTAATGTGCTGAAAGAAAACAAAAGgtattgaaac ... aatactccagCTTGGTGAATGAATCCCTTAAGTTCTTGACGAAGTACCTAGC
ttgtttccgtttgggtataacaatagcctcatggttttttctattaatactccagCTTGGTGAATGAATCCCTTAAGTTCTTGACGAAGTACCTAGCAACTTTCTCCAATGAGGATGCTCAGGTCCTGGATGAAGCCAAGGAGGAGGCTGTGCGT
tattaat putative branch site (score: 2)
ttttttctattaatac TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtattgaaacataatttatactttataactatgctcatcagtcattctctgtctctttctttttttgtttccgtttgggtataacaatagcctcatggttttttctattaatactccagCTTGGTGAATGAATCCCTTAAGTTCTTGACGAAGTACCTAGCAACTTTCTCCAATGAGGATGCTCAGGTCCTGGATGAAGCCAAGGAGGAGGCTGTGCGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG