1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...tatggaaatgaagttgtagttatgtgtagcacttggagcataatgcataggtttgattatatggcttgaaattgatttataacctgtttattggttgcagCAAAAATGGCAAGACTGAAGCAAGCTAAGGAAGAGGCAGAGAAAGAGATTGCCGAATACAAAGCTCAAACAGAGCAAGACTTCCAGAGGAAACTTGAGGA
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT3G01390.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCAATGCTGCAAGGACCG CAAAAATGGCAAGACTGAAGCAAGCTAAGGAAGAGGCAGAGAAAGAGATTGEST: gi|125315464|gb|EL329549.1|EL329549
genomic: TCAATGCTGCAAGGACCGgtaattttaa ... ttggttgcagCAAAAATGGCAAGACTGAAGCAAGCTAAGGAAGAGGCAGAGAAAGAGATTG
EST: CACATTGTCAATGCTGCAAGGACCG CAAAAATGGCAAGACTGAAGCAAGCTAAGGAAGAGGCAGEST: gi|124963054|gb|EL037416.1|EL037416
genomic: CACATTGTCAATGCTGCAAGGACCGgtaattttaa ... ttggttgcagCAAAAATGGCAAGACTGAAGCAAGCTAAGGAAGAGGCAG
EST: AAGCTCAACACATTGTCAATGCTGCAAGGACCG CAAAAATGGCAAGACTGAAGCAAGCTAAGGAAGAAGGCAGAGAAAGAGATT
genomic: AAGCTCAACACATTGTCAATGCTGCAAGGACCGgtaattttaa ... ttggttgcagCAAAAATGGCAAGACTGAAGCAAGCTAAGGAAGA-GGCAGAGAAAGAGATT
cataggtttgattatatggcttgaaattgatttataacctgtttattggttgcagCAAAAATGGCAAGACTGAAGCAAGCTAAGGAAGAGGCAGAGAAAGAGATTGCCGAATACAAAGCTCAAACAGAGCAAGACTTCCAGAGGAAACTTGAGGA
ttataac putative branch site (score: 2)
ttgaaattgatttata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tatggaaatgaagttgtagttatgtgtagcacttggagcataatgcataggtttgattatatggcttgaaattgatttataacctgtttattggttgcagCAAAAATGGCAAGACTGAAGCAAGCTAAGGAAGAGGCAGAGAAAGAGATTGCCGAATACAAAGCTCAAACAGAGCAAGACTTCCAGAGGAAACTTGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA