1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...tataaaatttacataagtctaagtctagggtctccagctaattgttatttttttaacgatgttgactaaagcaataacgacgttgacttgtgttaaacagGGGATGATGAACAATTGCTGGTTCAGGATTAGGACCAACGTGTGCAAGCCTCATAGAGGAGAGATAGGGATAGTTTTCGAACACCCGACCAGACCCGGAA
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G77760.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
tatttttttaacgatgttgactaaagcaataacgacgttgacttgtgttaaacagGGGATGATGAACAATTGCTGGTTCAGGATTAGGACCAACGTGTGCAAGCCTCATAGAGGAGAGATAGGGATAGTTTTCGAACACCCGACCAGACCCGGAA
ttttaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tataaaatttacataagtctaagtctagggtctccagctaattgttatttttttaacgatgttgactaaagcaataacgacgttgacttgtgttaaacagGGGATGATGAACAATTGCTGGTTCAGGATTAGGACCAACGTGTGCAAGCCTCATAGAGGAGAGATAGGGATAGTTTTCGAACACCCGACCAGACCCGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
-ataaaat
- - - - - acataag
- - - - - - - - - ctaagtc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gactaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caataac