1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
AAGAACCCCAAAGGAGCAGCAGAATTTGCCTGGAACATAATGGATTTCAAGGAAGATCAGGATGTACGGATCAAAGTTGGCTACGAAATGTTTGATAAGgtatctctctcgtacctggaagtgtgttgactcttccaaaatttgctcttttaatctctaagttcacaaagcagagtgtttgttgaaaccaaagttcttt...
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G76405.2 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AGGAAGATCAGGATGTACGGATCAAAGTTGGCTACGAAATGTTTGATAAG GTCCCTTATATGCAGATTAGAGAAAACAATTGGEST: gi|86072406|gb|DR368163.1|DR368163
genomic: AGGAAGATCAGGATGTACGGATCAAAGTTGGCTACGAAATGTTTGATAAGgtatctctct ... ttcctttcagGTCCCTTATATGCAGATTAGAGAAAACAATTGG
EST: AGGAAGATCAGGATGTACGGATCAAAGTTGGCTACGAAATGTTTGATAAG GTCCCTTATATGCAGATTAEST: gi|86072405|gb|DR368162.1|DR368162
genomic: AGGAAGATCAGGATGTACGGATCAAAGTTGGCTACGAAATGTTTGATAAGgtatctctct ... ttcctttcagGTCCCTTATATGCAGATTA
EST: AGGAAGATCAGGATGTACGGATCAAAGTTGGCTACGAAATGTTTGATAAG GTCCCTTATATGCAGATTAGAGAAAACAATTGG
genomic: AGGAAGATCAGGATGTACGGATCAAAGTTGGCTACGAAATGTTTGATAAGgtatctctct ... ttcctttcagGTCCCTTATATGCAGATTAGAGAAAACAATTGG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AAGAACCCCAAAGGAGCAGCAGAATTTGCCTGGAACATAATGGATTTCAAGGAAGATCAGGATGTACGGATCAAAGTTGGCTACGAAATGTTTGATAAGgtatctctctcgtacctggaagtgtgttgactcttccaaaatttgctcttttaatctctaagttcacaaagcagagtgtttgttgaaaccaaagttcttt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tctctcgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctcttcca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctctttta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaagcaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaaaccaa