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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGTCTTGTACGCGGAAAAAAAGAGTTTCCTGTAAGAGCTGATAAGCGTGTAACCTTTAATATTAAAGGGCGGTGTGATATTGATCAGGACTTAAATCAGgttcgatgtttttttcttggtctcgggaactttctttgaagttatgtttcttccttgtgtattatccctaacggaactgtcatcattttgtgctaacag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G76405.2
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86072417|gb|DR368174.1|DR368174
EST:     TAACCTTTAATATTAAAGGGCGGTGTGATATTGATCAGGACTTAAATCAG                         AAGAACCCCAAAGGAGCAGCAGAATTTGCCTGGAACATAATGGATTTCAAG
genomic: TAACCTTTAATATTAAAGGGCGGTGTGATATTGATCAGGACTTAAATCAGgttcgatgtt ... gtgctaacagAAGAACCCCAAAGGAGCAGCAGAATTTGCCTGGAACATAATGGATTTCAAG
EST: gi|86072415|gb|DR368172.1|DR368172
EST:     TAACCTTTAATATTAAAGGGCGGTGTGATATTGATCAGGACTTAAATCAG                         AAGAACCCCAAAGGAGCAGCAGAATTTGCCTGGAACATAATGGATTTCAAG
genomic: TAACCTTTAATATTAAAGGGCGGTGTGATATTGATCAGGACTTAAATCAGgttcgatgtt ... gtgctaacagAAGAACCCCAAAGGAGCAGCAGAATTTGCCTGGAACATAATGGATTTCAAG
EST: gi|86072411|gb|DR368168.1|DR368168
EST:     TAACCTTTAATATTAAAGGGCGGTGTGATATTGATCAGGACTTAAATCAG                         AAGAACCCCAAAGGAGCAGCAGAATTTGCCTGGAACATAATGGATTTCAA
genomic: TAACCTTTAATATTAAAGGGCGGTGTGATATTGATCAGGACTTAAATCAGgttcgatgtt ... gtgctaacagAAGAACCCCAAAGGAGCAGCAGAATTTGCCTGGAACATAATGGATTTCAA
EST: gi|86072404|gb|DR368161.1|DR368161
EST:     TAACCTTTAATATTAAAGGGCGGTGTGATATTGATCAGGACTTAAATCAG                         AAGAACCCCAAAGGAGCAGCAGAATTTGCCTGGAACATAATGGATTTCAAG
genomic: TAACCTTTAATATTAAAGGGCGGTGTGATATTGATCAGGACTTAAATCAGgttcgatgtt ... gtgctaacagAAGAACCCCAAAGGAGCAGCAGAATTTGCCTGGAACATAATGGATTTCAAG
EST: gi|164123044|gb|EL987094.1|EL987094
EST:     GGACTTAAATCAG                         AAGAACCCCAAAAGAGCAGCAGAATTTGCCTGGAACATAATGGATTTCAAG
genomic: GGACTTAAATCAGgttcgatgtt ... gtgctaacagAAGAACCCCAAAGGAGCAGCAGAATTTGCCTGGAACATAATGGATTTCAAG
EST: gi|86072406|gb|DR368163.1|DR368163
EST:     TAACCTTTAATATTAAAGGGCGGTGTGATATTGATCAGGACTTAAATCAG                         AAGAACCCCAAAGGAGCAGCAGAATTTGCCTGGAACATAATGGATTTCAAG
genomic: TAACCTTTAATATTAAAGGGCGGTGTGATATTGATCAGGACTTAAATCAGgttcgatgtt ... gtgctaacagAAGAACCCCAAAGGAGCAGCAGAATTTGCCTGGAACATAATGGATTTCAAG
EST: gi|86072405|gb|DR368162.1|DR368162
EST:     TAACCTTTAATATTAAAGGGCGGTGTGATATTGATCAGGACTTAAATCAG                         AAGAACCCCAAAGGAGCAGCAGAATTTGCCTGGAACATAATGGATTTCAAG
genomic: TAACCTTTAATATTAAAGGGCGGTGTGATATTGATCAGGACTTAAATCAGgttcgatgtt ... gtgctaacagAAGAACCCCAAAGGAGCAGCAGAATTTGCCTGGAACATAATGGATTTCAAG