Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAGGAATTCATTTTGATGGGAACATTGTACATACTGATAACCAGATGAGACGTGCTCGTTGTTGGTTTCCTTGTATTGATGATGAGTACCATCGTTGCAGgtattcagttttgttaagaagtaacactgtattcatctcctgtcttttgagatcaaagtgggtatcacaacctgtttaacttttttttttaataactttgtggtgggtgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G73960.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G73960.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv17s0000g04200.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
CAGGAATTCATTTTGATGGGAACATTGTACATACTGATAACCAGATGAGACGTGCTCGTTGTTGGTTTCCTTGTATTGATGATGAGTACCATCGTTGCAGgtattca--gttttgttaagaagtaacactgtattcatctcctgtcttttgagatcaaagtgggtatcacaacctgtttaacttttttttttaataactttgtggtgggtgcag
|||| ||||||||||| |  ||  |  |||| |||||||||||||| || ||||| || |||||||| |||||||| ||||||   |  ||  ||||| |||| | |  ||||  ||| |   |||   | | |  |  || |  ||||    ||         ||| | | |   | | | ||| | |  || | | |   |  |   | |||
CAGGGATTCATTTTGAGGATAATGTGCTACACACTGATAACCAGATTAGGCGTGCACGCTGTTGGTTCCCTTGTATGGATGATACTTCACAGTGTTGCTGgtactaactgtttgattatgccctaatgatttgt--acttcgtaactttgaccatt--------tatgatatctactatgaatttatgt--tagttattacattctccatacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125037420|gb|EL109689.1|EL109689
EST:     CGTGCTCGTTGTTGGTTTCCTTGTATTGATGATGAGTACCATCGTTGCAG                         TTTCGATTTGG
genomic: CGTGCTCGTTGTTGGTTTCCTTGTATTGATGATGAGTACCATCGTTGCAGgtattcagtt ... gtgggtgcagTTTCGATTTGG