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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgaaaacacactgtggtttatatatattattacatgtatgcctacactgtggtggatatggaaatagcgtttgcgttttgaaacgttttaaattgaaaacgcagGTGGCGGCGAGTTTTGCGGCTGAGGGAGCGGGAATGGGAGAGTTGAAGCAGTGGAATGAATTGTATGGAGAAGGAGGATCGAGGAAGAAAGAACAACTCA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G64110.1
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G64110.3 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 15
lower sequence: LOC_Os01g12660.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 14
------------------gtgaaaacaca-ctgtggtttatatatattattacatgtatgcctacactgtggtgga----tatggaaatagcgtttgcgttttgaaacgttttaaa---ttgaaaacgcagGTGGCGGCGAGTTTTGCGGCTGAGGGAGCGGGAATGGGAGAGTTGAAGCAGTGGAATGAATTGTATGGAGAAGGAGGATCGAGGAAGAAAGAACAACTCA
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upper sequence: AT1G64110.3 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 15
lower sequence: GLYMA11G02270.1 (Glycine max), 3'ss of exon 11
-----------------------------------------------------------------gtgaaaacacactgtggtt-tatatatattattacat-gtatgcctacactgtggtg--gatatggaaatagcgtt--tgcgttttgaaacgttttaaattgaaaacgcagGTGGCGGCGAGTTTTGCGGCTGAGGGAGCGGGAATGGGAGAGTTGAAGCAGTGGAATGAATTGTATGGAGAAGGAGGATCGAGGAAGAAAGAACAACTCA
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gtaagactgctctattaccactaggattctcttgtttttttaaatcaacatttggatttaccattatataccttgagtttggtcgcatgtgcctggttttgttgcttatttgaagtaatctagtgacatgatgataagattgcttcatttgatttgaccatcttcttggaacacagGTTGCTGCAAGCTACGCAGCTGAGGGGGCTGGAATGAGTGAGTTAAAGCAGTGGAATGAATTGTATGGGGAAGGAGGTTCAAGGAAGCAAGAACAGTTAT

upper sequence: AT1G64110.3 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 15
lower sequence: GLYMA01G43230.1 (Glycine max), 3'ss of exon 15
gtgaaaacacactgtggtttatatatat-tattacatgtatgcctacac-tgtggtggatatggaaatagcgtt-tgcgttttgaaacgttttaaattgaaaacgcagGTGGCGGCGAGTTTTGCGGCTGAGGGAGCGGGAATGGGAGAGTTGAAGCAGTGGAATGAATTGTATGGAGAAGGAGGATCGAGGAAGAAAGAACAACTCA
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gtaagactgctctattactagtagatttaccttgaatttcgtcgcatatgccttgtatgaattaatctagtgacatacatgatgataatattgcttcttggaacgcagGTTGCCGCAAGCTACGCAGCTGAGGGGGCAGGAATGAATGAGTTAAAGCAGTGGAATGAATTGTATGGGGAAGGCGGTTCAAGGAAGCAACAACAGTTAT

upper sequence: AT1G64110.3 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 15
lower sequence: Vv02s0025g00650.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 15
gtgaaaacacactgtggtttatatatattattacatgtatgcctacactgtggtggatatggaaatagcgtttgcgttttgaaacgttttaaattgaaaacgcagGTGGCGGCGAGTTTTGCGGCTGAGGGAGCGGGAATGGGAGAGTTGAAGCAGTGGAATGAATTGTATGGAGAAGGAGGATCGAGGAAGAAAGAACAACTCA
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gtaaaaacccatctccctccttccttgtggtggctatggtgatgaaggtgtatt--actctgtaatatt-tgtggattctgaactggtat---ttga---tgcagGTTGCGGCAAGCTTTGCTGCAGAGGGATCGATAATGAGTGAGCTGAAGCAGTGGAACGACTCGTATGGGGAAGGAGGTTCGAGGAAGAAGCAGCAATTAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tggtggatatggaaatagcgtttgcgttttgaaacgttttaaattgaaaacgcagGTGGCGGCGAGTTTTGCGGCTGAGGGAGCGGGAATGGGAGAGTTGAAGCAGTGGAATGAATTGTATGGAGAAGGAGGATCGAGGAAGAAAGAACAACTCA
                                    ttttaaattgaaaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gtgaaaacacactgtggtttatatatattattacatgtatgcctacactgtggtggatatggaaatagcgtttgcgttttgaaacgttttaaattgaaaacgcagGTGGCGGCGAGTTTTGCGGCTGAGGGAGCGGGAATGGGAGAGTTGAAGCAGTGGAATGAATTGTATGGAGAAGGAGGATCGAGGAAGAAAGAACAACTCA

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