Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtctgtatttacttcttgtgatttttagattctccctctaatctattcatgttcacgaattgctaatattttgcggtcttgattttcttgcagGGTCTGCGCATGTATGCAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G63830.2
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125256993|gb|EL271078.1|EL271078
EST:     CTCTTGCTGTGCTGATATGGTCTACTGCAC                         GGTCTGCGCATGTATGCAG
genomic: CTCTTGCTGTGCTGATATGGTCTACTGCACgtctgtattt ... tttcttgcagGGTCTGCGCATGTATGCAG
EST: gi|125185229|gb|EL200183.1|EL200183
EST:     TTCTCAGATACTCTCTTGCTGTGCTGATATGGTCTACTGCAC                         GGTCTGCGCATGTATGCAG
genomic: TTCTCAGATACTCTCTTGCTGTGCTGATATGGTCTACTGCACgtctgtattt ... tttcttgcagGGTCTGCGCATGTATGCAG
EST: gi|164227380|gb|EL976397.1|EL976397
EST:     TCCGAGGCTTCTCAGATACTCTCTTGCTGTGCTGATATGGTCTACTGCAC                         GGTCTGCGCATGTATGCAGACACA
genomic: TCCGAGGCTTCTCAGATACTCTCTTGCTGTGCTGATATGGTCTACTGCACgtctgtattt ... tttcttgcagGGTCTGCGCATGTATGCAGACACA
EST: gi|164133434|gb|ES055671.1|ES055671
EST:     GATACTCTCTTGCTGTGCTGATATGGTCTACTGCAC                         GGTCTGCGCATGTATGCAG
genomic: GATACTCTCTTGCTGTGCTGATATGGTCTACTGCACgtctgtattt ... tttcttgcagGGTCTGCGCATGTATGCAG
EST: gi|116478578|gb|EG521170.1|EG521170
EST:     GCTGTGCTGATATGGTCTACTGCAC                         GGTCTGCGCATGTATGCAG
genomic: GCTGTGCTGATATGGTCTACTGCACgtctgtattt ... tttcttgcagGGTCTGCGCATGTATGCAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taatctattcatgttcacgaattgctaatattttgcggtcttgattttcttgcagGGTCTGCGCATGTATGCAG
                                            ttttcttgc  CT-rich tract
                   aattgctaatatttt  TA-rich tract