1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtatttcaaaattggtttggctccattaagttttgttttggttgtaattgtttggtataacatttgtgctacctggaatacaaaagttcaaaatacggttctggtacggtttgagaaattttgtttggatttgtttatatgtaatgtgactcttaaactaaatttttttgttggttgttattttgaagGTGGTGGCTTGTAGTTTCGTGTACGGAGCAAGTGCAAAGTCTAATAATAACAATAACAAGACCATCAAACAAGAAATAAAACCTAAGCAAGAGCCGACCA
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G63470.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATGTTATCGGCGGTGGAATTGGAATGCTTATCGCAGCCAGCCTCGTTCAG GTGGTGGCTTGTAGTTTCGTGTACGGAGCAAGTGCAAAGTCTAATAATAACEST: gi|116476710|gb|EG519302.1|EG519302
genomic: ATGTTATCGGCGGTGGAATTGGAATGCTTATCGCAGCCAGCCTCGTTCAGgtatttcaaa ... tattttgaagGTGGTGGCTTGTAGTTTCGTGTACGGAGCAAGTGCAAAGTCTAATAATAAC
EST: ATGTTATCGGCGGTGGAATTGGAATGCTTATCGCAGCCAGCCTCGTTCAG GTGGTGGCTTGTAGTTTCGTGTACGGAGCAAGTGCAAAGTCTAATAATAACEST: gi|116477094|gb|EG519686.1|EG519686
genomic: ATGTTATCGGCGGTGGAATTGGAATGCTTATCGCAGCCAGCCTCGTTCAGgtatttcaaa ... tattttgaagGTGGTGGCTTGTAGTTTCGTGTACGGAGCAAGTGCAAAGTCTAATAATAAC
EST: ATGTTATCGGCGGTGGAATTGGAATGCTCATCGCAGCCAGCCTCGTTCAG GTGGTGGCTTGTAGTTTCGTGTACGGAGCAAGTGCAAAGTCTAATAATAAC
genomic: ATGTTATCGGCGGTGGAATTGGAATGCTTATCGCAGCCAGCCTCGTTCAGgtatttcaaa ... tattttgaagGTGGTGGCTTGTAGTTTCGTGTACGGAGCAAGTGCAAAGTCTAATAATAAC
tttatatgtaatgtgactcttaaactaaatttttttgttggttgttattttgaagGTGGTGGCTTGTAGTTTCGTGTACGGAGCAAGTGCAAAGTCTAATAATAACAATAACAAGACCATCAAACAAGAAATAAAACCTAAGCAAGAGCCGACCA
aactaaa putative branch site (score: 2)
ttatttt putative PPT
tcttaaactaaatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatttcaaaattggtttggctccattaagttttgttttggttgtaattgtttggtataacatttgtgctacctggaatacaaaagttcaaaatacggttctggtacggtttgagaaattttgtttggatttgtttatatgtaatgtgactcttaaactaaatttttttgttggttgttattttgaagGTGGTGGCTTGTAGTTTCGTGTACGGAGCAAGTGCAAAGTCTAATAATAACAATAACAAGACCATCAAACAAGAAATAAAACCTAAGCAAGAGCCGACCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA