1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
gtacatttcaaaatctctctatatgcaagtccttatgcatcatgaagctttttgacataagaggaaattgtttaatatgcagATGGTGAAACCATTTTTAGAGCCAAAGACCAGCAACAAGGTGAAATTTGTCTACTCAGATGATAACCTCAGCAACAAGCTTCTGGAGGATCTTTTCGATA
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G22180.3 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATTGTATACAACCCGCCTAAGATTTTTGAGTCGTTTTATAAG ATGGTGAAACCATTTTTAGAGCCAAAGACCAGCAACAAGGTGAAATTTGTCEST: gi|86083115|gb|DR378874.1|DR378874
genomic: ATTGTATACAACCCGCCTAAGATTTTTGAGTCGTTTTATAAGgtacatttca ... taatatgcagATGGTGAAACCATTTTTAGAGCCAAAGACCAGCAACAAGGTGAAATTTGTC
EST: GCTTGGCCATTGTATACAACCCGCCTAAGATTTTTGAGTCGTTTTATAAG ATGGTGAAACCATTTTTAGAGCCAAAGACCAGCAACAAGGTGAAATTTGTC
genomic: GCTTGGCCATTGTATACAACCCGCCTAAGATTTTTGAGTCGTTTTATAAGgtacatttca ... taatatgcagATGGTGAAACCATTTTTAGAGCCAAAGACCAGCAACAAGGTGAAATTTGTC
agtccttatgcatcatgaagctttttgacataagaggaaattgtttaatatgcagATGGTGAAACCATTTTTAGAGCCAAAGACCAGCAACAAGGTGAAATTTGTCTACTCAGATGATAACCTCAGCAACAAGCTTCTGGAGGATCTTTTCGATA
aaattgtttaatat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtacatttcaaaatctctctatatgcaagtccttatgcatcatgaagctttttgacataagaggaaattgtttaatatgcagATGGTGAAACCATTTTTAGAGCCAAAGACCAGCAACAAGGTGAAATTTGTCTACTCAGATGATAACCTCAGCAACAAGCTTCTGGAGGATCTTTTCGATA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT