1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
GAGGATCGAGCCATGCCTCAGCTTCTTgtaagtctttctcgtaatcctgtatctttatacaacaatttttggatttgagctagtgagaacttgtgttgtgtgttccag
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G12520.3 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GAGGATCGAGCCATGCCTCAGCTTCTT ACTGAGTTTATGGTGGATATGACATGEST: gi|124792753|gb|EH882432.1|EH882432
genomic: GAGGATCGAGCCATGCCTCAGCTTCTTgtaagtcttt ... tgtgttccagACTGAGTTTATGGTGGATATGACATG
EST: CCATGCCTCAGCTTCTT ACTGAGTTTATGGTGGATATGACATGTGAGGGTTGTGTTAATGCTGTGAAGEST: gi|124812810|gb|EH897676.1|EH897676
genomic: CCATGCCTCAGCTTCTTgtaagtcttt ... tgtgttccagACTGAGTTTATGGTGGATATGACATGTGAGGGTTGTGTTAATGCTGTGAAG
EST: TCAGGAGGATCGAGCCATGCCTCAGCTTCTT ACTGAGTTTATGGTGGATATGACATGTGAGGGTTGTGTTAATGCTGTGAAGEST: gi|125206919|gb|EL221873.1|EL221873
genomic: TCAGGAGGATCGAGCCATGCCTCAGCTTCTTgtaagtcttt ... tgtgttccagACTGAGTTTATGGTGGATATGACATGTGAGGGTTGTGTTAATGCTGTGAAG
EST: GAGGATCGAGCCATGCCTCAGCTTCTT ACTGAGTTTATGGTGGAEST: gi|124711089|gb|EH802491.1|EH802491
genomic: GAGGATCGAGCCATGCCTCAGCTTCTTgtaagtcttt ... tgtgttccagACTGAGTTTATGGTGGA
EST: GAGGATCGAGCCATGCCTCAGCTTCTT ACTGAGTTTATGGTGGATATGACATG
genomic: GAGGATCGAGCCATGCCTCAGCTTCTTgtaagtcttt ... tgtgttccagACTGAGTTTATGGTGGATATGACATG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GAGGATCGAGCCATGCCTCAGCTTCTTgtaagtctttctcgtaatcctgtatctttatacaacaatttttggatttgagctagtgagaacttgtgttgtgtgttccag
- - - - - - - - TCAGCT