Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacatttatcaaactcaaccccaaaacttgtaatagagaaacttcacgacaatcttgaaacatgagtttttgttgttgatagTGAATATGGTTGCGGCATATGGAGAGTTGATGTAGGAATGTCCAGTGGTGTTCTTGACTCTAGACCAGAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G07010.3
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86085928|gb|DR381687.1|DR381687
EST:     GCCAAAGCGATGGTGGTCGGGCATACTCCCCAGTTATCAGGGGTTAACTG                         TGAATATGGTTGCGGCATATGGAGAGTTGATGTAGGAATGTCCAGTGGTGT
genomic: GCCAAAGCGATGGTGGTCGGGCATACTCCCCAGTTATCAGGGGTTAACTGgtacatttat ... ttgttgatagTGAATATGGTTGCGGCATATGGAGAGTTGATGTAGGAATGTCCAGTGGTGT
EST: gi|116461227|gb|EG503819.1|EG503819
EST:     GCCAAAGCGATGGTGGTCGGGCATACTCCCCAGTTATCAGGGGTTAACTG                         TGAATATGGTTGCGGCATATGGAGAGTTGATGTAGGAATGTCCAGTGGTGT
genomic: GCCAAAGCGATGGTGGTCGGGCATACTCCCCAGTTATCAGGGGTTAACTGgtacatttat ... ttgttgatagTGAATATGGTTGCGGCATATGGAGAGTTGATGTAGGAATGTCCAGTGGTGT
EST: gi|116396060|gb|EG438652.1|EG438652
EST:     GTCAAAGCGATGGTGGTCGGGCATACTCCCCAGTTATCAGGGGTTAACTG                         TGAATATGGTTGCGGCATATGGAGAGTTGATGTAGGAATGTCCAGTGGTGT
genomic: GCCAAAGCGATGGTGGTCGGGCATACTCCCCAGTTATCAGGGGTTAACTGgtacatttat ... ttgttgatagTGAATATGGTTGCGGCATATGGAGAGTTGATGTAGGAATGTCCAGTGGTGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgtaatagagaaacttcacgacaatcttgaaacatgagtttttgttgttgatagTGAATATGGTTGCGGCATATGGAGAGTTGATGTAGGAATGTCCAGTGGTGTTCTTGACTCTAGACCAGAG
                                       tttttgtt  CT-rich tract
                                       tttttgtt  TA-rich tract