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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtattgtagccagcctcaaccagtctttttgctgttacattttcttgggctcatctaatgttattttcctattttgttttcagGTTATTTCTTCCTTGACTGCTTCTCTGAGGTTTGATGGTGCCTTAAATGTTGATGTCACTGAGTTCCAAACCAACTTGGTCCCATACCCAAGAATCCACT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G04820.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116478145|gb|EG520737.1|EG520737
EST:     GAGAGACCAACCTACACCAACCTCAACCGCCTCGTCTCTCAG                         GTTATTTCTTCCTTGACTGCTTCTCTGAGGTTTGATGGTGCCTTAAATGTT
genomic: GAGAGACCAACCTACACCAACCTCAACCGCCTCGTCTCTCAGgtattgtagc ... ttgttttcagGTTATTTCTTCCTTGACTGCTTCTCTGAGGTTTGATGGTGCCTTAAATGTT
EST: gi|124707305|gb|EH798707.1|EH798707
EST:     CATTGAGAGACCAACCTACACCAACCTCAACCGCCTCGTCTCTCAG                         GTTATTTCTTCCTTGACTGCTTCTCTGAGGTTTGATGGTGCCTTAAATGTT
genomic: CATTGAGAGACCAACCTACACCAACCTCAACCGCCTCGTCTCTCAGgtattgtagc ... ttgttttcagGTTATTTCTTCCTTGACTGCTTCTCTGAGGTTTGATGGTGCCTTAAATGTT
EST: gi|125197247|gb|EL212201.1|EL212201
EST:     ACCAACCTACACCAACCTCAACCGCCTCGTCTCTCAG                         GTTATTTCTTCCTTGACTGCTTCTCTGAGGTTTGATGGTGCCTTAAATGTT
genomic: ACCAACCTACACCAACCTCAACCGCCTCGTCTCTCAGgtattgtagc ... ttgttttcagGTTATTTCTTCCTTGACTGCTTCTCTGAGGTTTGATGGTGCCTTAAATGTT
EST: gi|47829239|gb|CK118923.1|CK118923
EST:     TAAGCATTGAGAGACCAACCTACACCAACCTCAACCGCCTCGTCTCTCAG                         GTTATTTCTTCCTTGACTGCTTCTCTGAGGTTTGATGGTGCCTTAAATGTT
genomic: TAAGCATTGAGAGACCAACCTACACCAACCTCAACCGCCTCGTCTCTCAGgtattgtagc ... ttgttttcagGTTATTTCTTCCTTGACTGCTTCTCTGAGGTTTGATGGTGCCTTAAATGTT
EST: gi|164180453|gb|ES091047.1|ES091047
EST:     TAAGCATTGAGAGACCAACCTACACCAACCTCAACCGCCTCGTCTCTCAG                         GTTATTTCTTCCTTGACTGCTTCTCTGAGGTTTGATGGTGCCTTAAATG
genomic: TAAGCATTGAGAGACCAACCTACACCAACCTCAACCGCCTCGTCTCTCAGgtattgtagc ... ttgttttcagGTTATTTCTTCCTTGACTGCTTCTCTGAGGTTTGATGGTGCCTTAAATG
EST: gi|164144525|gb|ES126964.1|ES126964
EST:     TTGAGAGACCAACCTACACCAACCTCAACCGCCTCGTCTCTCAG                         GTTATTTCTTCCTTGACTGCTTCTCTGAGGTTTGATGGTGCCTTAAATGTT
genomic: TTGAGAGACCAACCTACACCAACCTCAACCGCCTCGTCTCTCAGgtattgtagc ... ttgttttcagGTTATTTCTTCCTTGACTGCTTCTCTGAGGTTTGATGGTGCCTTAAATGTT
EST: gi|124722689|gb|EH814091.1|EH814091
EST:     CACCAACCTCAACCGCCTCGTCTCTCAG                         GTTATTTCTTCCTTGACTGCTTCTCTGAGGTTTGATGGTGCCTTAAATGTT
genomic: CACCAACCTCAACCGCCTCGTCTCTCAGgtattgtagc ... ttgttttcagGTTATTTCTTCCTTGACTGCTTCTCTGAGGTTTGATGGTGCCTTAAATGTT
EST: gi|124996357|gb|EL068626.1|EL068626
EST:     TAAGCATTGAGAGACCAACCTACACCAACCTCAACCGCCTCGTCTCTCAG                         GTTATTTCTTCCTTGACTGCTTCTCTGAGGTTTG
genomic: TAAGCATTGAGAGACCAACCTACACCAACCTCAACCGCCTCGTCTCTCAGgtattgtagc ... ttgttttcagGTTATTTCTTCCTTGACTGCTTCTCTGAGGTTTG
EST: gi|164145354|gb|ES028248.1|ES028248
EST:     CACCAACCTCAACCGCCTCGTCTTCTCAG                         GTTATTTCTTCCTTGACTGCTTCTCTGAGGTTTGATGGTGCCTTAAATGT
genomic: CACCAACCTCAACCGCCTCGTC-TCTCAGgtattgtagc ... ttgttttcagGTTATTTCTTCCTTGACTGCTTCTCTGAGGTTTGATGGTGCCTTAAATGT
EST: gi|86080821|gb|DR376578.1|DR376578
EST:     TAAGCATTGAGAGACCAACCTACACCAACYTCAACCGCCTCGTCTCTCAG                         GTTATTTCTTCCTTGACTGCTTCTCTGAGGTTTGATGGTGCCTTAAATGTT
genomic: TAAGCATTGAGAGACCAACCTACACCAACCTCAACCGCCTCGTCTCTCAGgtattgtagc ... ttgttttcagGTTATTTCTTCCTTGACTGCTTCTCTGAGGTTTGATGGTGCCTTAAATGTT
EST: gi|164187154|gb|ES136968.1|ES136968
EST:     CAACCGCCTCGTCTCTTCAG                         GTTATTTCTTCCTTGACTGCTTCTCTGAGGTTTGATGGTGCCTTAAATGT
genomic: CAACCGCCTCGTCTC-TCAGgtattgtagc ... ttgttttcagGTTATTTCTTCCTTGACTGCTTCTCTGAGGTTTGATGGTGCCTTAAATGT
EST: gi|125303532|gb|EL317617.1|EL317617
EST:     TAAGCATTGAGAGACCAACCTACACCAACCTCAACCGCCTCGTCTCTCAG                         GTTATTTCTTCCTTGACTGCTTCTCTGAGGTTTGATGGTGCCTTAAATGTT
genomic: TAAGCATTGAGAGACCAACCTACACCAACCTCAACCGCCTCGTCTCTCAGgtattgtagc ... ttgttttcagGTTATTTCTTCCTTGACTGCTTCTCTGAGGTTTGATGGTGCCTTAAATGTT
EST: gi|163996129|gb|ES011427.1|ES011427
EST:     TAAGCATTGAGAGACCAACCTACACCAACCTCAACCGCCTCGTCTCTCAG                         GTTATTTCTTCCTTGACTGCTTCTCTGAGGTTTGATGGTGCCTTAAATG
genomic: TAAGCATTGAGAGACCAACCTACACCAACCTCAACCGCCTCGTCTCTCAGgtattgtagc ... ttgttttcagGTTATTTCTTCCTTGACTGCTTCTCTGAGGTTTGATGGTGCCTTAAATG
EST: gi|124707091|gb|EH798493.1|EH798493
EST:     TAAGCATTGAGAGACCAACCTACACCAACCTCAACCGCCTCGTCTCTCAG                         GTTATTTCTTCCTTGACTGCTTCTCTGAGGTTTGATGGT
genomic: TAAGCATTGAGAGACCAACCTACACCAACCTCAACCGCCTCGTCTCTCAGgtattgtagc ... ttgttttcagGTTATTTCTTCCTTGACTGCTTCTCTGAGGTTTGATGGT
EST: gi|125221538|gb|EL235623.1|EL235623
EST:     CCTCGTCTCTCAG                         GTTATTTCTTCCTTGACTGCTTCTCTGAGGTTTGATGGTGCCTTAAATGTT
genomic: CCTCGTCTCTCAGgtattgtagc ... ttgttttcagGTTATTTCTTCCTTGACTGCTTCTCTGAGGTTTGATGGTGCCTTAAATGTT
EST: gi|125075372|gb|EL138964.1|EL138964
EST:     CCTCAACCGCCTCGTCTCTCAG                         GTTATTTCTTCCTTGACTGCTTCTCTGAGGTTTGATGGTGCCTTAAATGTT
genomic: CCTCAACCGCCTCGTCTCTCAGgtattgtagc ... ttgttttcagGTTATTTCTTCCTTGACTGCTTCTCTGAGGTTTGATGGTGCCTTAAATGTT
EST: gi|124796445|gb|EH886124.1|EH886124
EST:     ACCTACACCAACCTCAACCGCCTCGTCTCTCAG                         GTTATTTCTTCCTTGACTGCTTCTCTGAGGTTTGATGGTGCCTCAAATGTT
genomic: ACCTACACCAACCTCAACCGCCTCGTCTCTCAGgtattgtagc ... ttgttttcagGTTATTTCTTCCTTGACTGCTTCTCTGAGGTTTGATGGTGCCTTAAATGTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgctgttacattttcttgggctcatctaatgttattttcctattttgttttcagGTTATTTCTTCCTTGACTGCTTCTCTGAGGTTTGATGGTGCCTTAAATGTTGATGTCACTGAGTTCCAAACCAACTTGGTCCCATACCCAAGAATCCACT
                        atctaat  putative branch site (score: 3)
                                ttattttcctattttg  CT-rich tract
                        atctaatgttatttt  TA-rich tract