Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CACGAAAATGAGAGAGTGCATTTCGATCCACATTGGTCAGGCTGGTATCCAGGTCGGAAATGCTTGCTGGGAGCTGTACTGTCTTGAACATGGCATTCAGgttcgtatctagatctgtgcttcttctatatttttcgtaattttataattcagatctgagataatttggccatgcattgaccttgttctccggatttctg...

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G04820.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|164219191|gb|ES026155.1|ES026155
EST:     GGTCGGAAATGCTTGCTGGGAGCTGTACTGTCTTGAACATGGCATTCAG                         CCTGATGGCCAGATGCCGAGTGACAAGACTGTTGGTGGAGGT
genomic: GGTCGGAAATGCTTGCTGGGAGCTGTACTGTCTTGAACATGGCATTCAGgttcgtatct ... aatgttacagCCTGATGGCCAGATGCCGAGTGACAAGACTGTTGGTGGAGGT
EST: gi|86058390|gb|DR354147.1|DR354147
EST:     AGGTCGGAAATGCTTGCTGGGAGCTGTACTGTCTTGAACATGGCATTCAG                         CCTGATGGCCAGATGCCGAGTGACAAGACTGTTGGTGGAGGTGACGATGCT
genomic: AGGTCGGAAATGCTTGCTGGGAGCTGTACTGTCTTGAACATGGCATTCAGgttcgtatct ... aatgttacagCCTGATGGCCAGATGCCGAGTGACAAGACTGTTGGTGGAGGTGACGATGCT
EST: gi|125018075|gb|EL090344.1|EL090344
EST:     CTGGGAGCTGTACTGTCTTGAACATGGCATTCAG                         CCTGATGGCCAGATGCCGAGTGACAAGACTGTTGGTGGAGGTGACGATGCT
genomic: CTGGGAGCTGTACTGTCTTGAACATGGCATTCAGgttcgtatct ... aatgttacagCCTGATGGCCAGATGCCGAGTGACAAGACTGTTGGTGGAGGTGACGATGCT
EST: gi|164162387|gb|ES022785.1|ES022785
EST:     AGGTCGGAAATGCTTGCTGGGAGCTGTACTGTCTTGAACATGGCATTCAG                         CCTGATGGCCAGATGCCGAGTGACAAGACTGTTGG
genomic: AGGTCGGAAATGCTTGCTGGGAGCTGTACTGTCTTGAACATGGCATTCAGgttcgtatct ... aatgttacagCCTGATGGCCAGATGCCGAGTGACAAGACTGTTGG
EST: gi|125270159|gb|EL284244.1|EL284244
EST:     AGGTCGGAAATGCTTGCTGGGAGCTGTACTGTCTTGAACATGGCATTCAG                         CCTGATGGCCAGATGC
genomic: AGGTCGGAAATGCTTGCTGGGAGCTGTACTGTCTTGAACATGGCATTCAGgttcgtatct ... aatgttacagCCTGATGGCCAGATGC
EST: gi|116396802|gb|EG439394.1|EG439394
EST:     AGGTCGGAAATGCTTGCTGGGAGCTGTACTGGCTTGAACATGGCATTCAG                         CCTGTTGGCCAGATGCCGAGTGACAAGACTGTTGGTGGAGGTGACGATGCT
genomic: AGGTCGGAAATGCTTGCTGGGAGCTGTACTGTCTTGAACATGGCATTCAGgttcgtatct ... aatgttacagCCTGATGGCCAGATGCCGAGTGACAAGACTGTTGGTGGAGGTGACGATGCT
EST: gi|125204114|gb|EL219068.1|EL219068
EST:     TCGGAAATGCTTGCTGGGAGCTGTACTGTCTTGAACATGGCATTCAG                         CCTGATGGCCAGATGCCGAGTGACAAGACTGTTGGTGG
genomic: TCGGAAATGCTTGCTGGGAGCTGTACTGTCTTGAACATGGCATTCAGgttcgtatct ... aatgttacagCCTGATGGCCAGATGCCGAGTGACAAGACTGTTGGTGG
EST: gi|125303434|gb|EL317519.1|EL317519
EST:     TCGGAAATGCTTGCTGGGAGCTGTACTGTCTTGAACATGGTCATTCAG                         CCTGATGGCCAGATGCCGAGTGACAAG
genomic: TCGGAAATGCTTGCTGGGAGCTGTACTGTCTTGAACATGG-CATTCAGgttcgtatct ... aatgttacagCCTGATGGCCAGATGCCGAGTGACAAG
EST: gi|124902510|gb|EH976590.1|EH976590
EST:     TCGGAAATGCTTGCTGGGAGCTGTACTGTCTTGAACATGGCATTCAG                         CCTGATGGCCAGNTGCCGAGTGACAAGACTGTTGGTGG
genomic: TCGGAAATGCTTGCTGGGAGCTGTACTGTCTTGAACATGGCATTCAGgttcgtatct ... aatgttacagCCTGATGGCCAGATGCCGAGTGACAAGACTGTTGGTGG
EST: gi|124868572|gb|EH953009.1|EH953009
EST:     CTGTCTTGAACATGGCATTCAG                         CCTGATGGCCAGATGCCGAGTGACAAGACTGTTGGTGGAGGTGACGATGCT
genomic: CTGTCTTGAACATGGCATTCAGgttcgtatct ... aatgttacagCCTGATGGCCAGATGCCGAGTGACAAGACTGTTGGTGGAGGTGACGATGCT
EST: gi|86058389|gb|DR354146.1|DR354146
EST:     AGGTCGGAAATGCTTGCTGGGAGCTGTACTGTCTTGAACATGGCATTCAG                         CCTGATGGCCAGATGCCGAGTGACAAGACTGTTGGTGGAGGTGACGATGCT
genomic: AGGTCGGAAATGCTTGCTGGGAGCTGTACTGTCTTGAACATGGCATTCAGgttcgtatct ... aatgttacagCCTGATGGCCAGATGCCGAGTGACAAGACTGTTGGTGGAGGTGACGATGCT
EST: gi|124837994|gb|EH922433.1|EH922433
EST:     TCTTGAACATGGCATTCAG                         CCTGATGGCCAGATGCCGAGTGACAAGACTGTTGGTGGAGGTGACGATGCT
genomic: TCTTGAACATGGCATTCAGgttcgtatct ... aatgttacagCCTGATGGCCAGATGCCGAGTGACAAGACTGTTGGTGGAGGTGACGATGCT
EST: gi|116473431|gb|EG516023.1|EG516023
EST:     AGGTCGGAAATGCTTGCTGGGAGCTGTACTGTCTTGAACATGGCATTCAG                         CCTGATGGCCAGATGCCGAGTGACAAGACTGTTGGTGGAGGTGACGATGCT
genomic: AGGTCGGAAATGCTTGCTGGGAGCTGTACTGTCTTGAACATGGCATTCAGgttcgtatct ... aatgttacagCCTGATGGCCAGATGCCGAGTGACAAGACTGTTGGTGGAGGTGACGATGCT
EST: gi|124857799|gb|EH942236.1|EH942236
EST:     AATGCTTGCTGGGAGCTGTACTGTCTTGAACATGGCATTCAG                         CCTGATGGCCAGATGCCGAGTGACAAGACTGTTGGTGGA
genomic: AATGCTTGCTGGGAGCTGTACTGTCTTGAACATGGCATTCAGgttcgtatct ... aatgttacagCCTGATGGCCAGATGCCGAGTGACAAGACTGTTGGTGGA
EST: gi|164216660|gb|ES089612.1|ES089612
EST:     GAACATGGCATTCAG                         CCTGATGGCCAGATGCCGAGTGACAAGACTGTTGGTGGAGGTGACGATGCT
genomic: GAACATGGCATTCAGgttcgtatct ... aatgttacagCCTGATGGCCAGATGCCGAGTGACAAGACTGTTGGTGGAGGTGACGATGCT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CACGAAAATGAGAGAGTGCATTTCGATCCACATTGGTCAGGCTGGTATCCAGGTCGGAAATGCTTGCTGGGAGCTGTACTGTCTTGAACATGGCATTCAGgttcgtatctagatctgtgcttcttctatatttttcgtaattttataattcagatctgagataatttggccatgcattgaccttgttctccggatttctg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcttcttc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccttgttc