Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCCAACAAAGTTGTCGGTCATGTCCTCCCACCACTCATGATGGCATACTGTGGCGGTTCTTTGAGATGCATGAAGCTACTGATTGAGgtctatttatttcttgacttaacttgatgtgctcataccaactcaattaccctgtttctatttaatatgctgtcatgatcacaagtgacaattctctag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G155314_T02
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|94476824|gb|EB705782.1|EB705782
EST:     TGATGGCATACTGTGGCGGTTCTTTGAGATGCATGAAGCTACTGATTGAG                         GCTGGTGCGGATGTGAACTTGATTGCTCCTTCTGGAGTAATTTTGGCTCAG
genomic: TGATGGCATACTGTGGCGGTTCTTTGAGATGCATGAAGCTACTGATTGAGgtctatttat ... aattctctagGCTGGTGCGGATGTGAACTTGATTGCTCCTTCTGGAGTAATTTTGGCTCAG
EST: gi|74245146|gb|DT653060.1|DT653060
EST:     TGATGGCATACTGTGGCGGTTCTTTGAGATGCATGAAGCTACTGATTGAG                         GCTGGTGCGGATGTGAACTTGATTGCTCCTTCTGGAGTAATTTTGGCTCAG
genomic: TGATGGCATACTGTGGCGGTTCTTTGAGATGCATGAAGCTACTGATTGAGgtctatttat ... aattctctagGCTGGTGCGGATGTGAACTTGATTGCTCCTTCTGGAGTAATTTTGGCTCAG
EST: gi|211123343|gb|FL425266.1|FL425266
EST:     GATGGCATACTGTGGGCG-TTCTTTGAGATGCATGAAGCTACTGAATGAG                         GCTG-TGCGGATGTGAAACTGGAT-GCTCCTTC-GGAG-AATTTTGGCTCA
genomic: GATGGCATACTGTGG-CGGTTCTTTGAGATGCATGAAGCTACTGATTGAGgtctatttat ... aattctctagGCTGGTGCGGATGTGAA-CTTGATTGCTCCTTCTGGAGTAATTTTGGCTCA
EST: gi|91873915|gb|EB403872.1|EB403872
EST:     TGATGGCATACTGTGGCGGTTCTTTGAGATGCATGAAGCTACTGATTGAG                         GCTGGTGCGGATGTGAACTTGATTGCTCCTTCTGGAGTAATTTTGGCTCAG
genomic: TGATGGCATACTGTGGCGGTTCTTTGAGATGCATGAAGCTACTGATTGAGgtctatttat ... aattctctagGCTGGTGCGGATGTGAACTTGATTGCTCCTTCTGGAGTAATTTTGGCTCAG
EST: gi|71772874|gb|DR970797.1|DR970797
EST:     TGATGGCATACTGTGGCGGTTCTTTGAGATGCATGAAGCTACTGATTGAG                         GCTGGTGCGGATGTGAACTTGATTGCTCCTTCTGGAGTAATTTTGGCTCAG
genomic: TGATGGCATACTGTGGCGGTTCTTTGAGATGCATGAAGCTACTGATTGAGgtctatttat ... aattctctagGCTGGTGCGGATGTGAACTTGATTGCTCCTTCTGGAGTAATTTTGGCTCAG
EST: gi|78118021|gb|DV536408.1|DV536408
EST:     TGATGGCATACTGTGGCGGTTCTTTGAGATGCATGAAGCTACTGATTGAG                         GCTGGTGCGGATGTGAACTTGATTGCTCCTTCTGGAGTAATTTTGGCTCAG
genomic: TGATGGCATACTGTGGCGGTTCTTTGAGATGCATGAAGCTACTGATTGAGgtctatttat ... aattctctagGCTGGTGCGGATGTGAACTTGATTGCTCCTTCTGGAGTAATTTTGGCTCAG
EST: gi|91048309|gb|EB158727.1|EB158727
EST:     TGATGGCATACTGTGGCGGTTCTTTGAGATGCATGAAGCTACTGATTGAG                         GCTGGTGCGGATGTGAACTTGATTGCTCCTTCTGGAGTAATTTTGGCTCAN
genomic: TGATGGCATACTGTGGCGGTTCTTTGAGATGCATGAAGCTACTGATTGAGgtctatttat ... aattctctagGCTGGTGCGGATGTGAACTTGATTGCTCCTTCTGGAGTAATTTTGGCTCAG
EST: gi|76012307|gb|DT939477.1|DT939477
EST:     TGATGGCATACTGTGGCGGTTCTTTGAGATGCATGAAGCTACTGATTGAG                         GCTGGTGCGGATGTGAACTTGATTGCTCCTTCTGGAGTAATTTTGGCTCAG
genomic: TGATGGCATACTGTGGCGGTTCTTTGAGATGCATGAAGCTACTGATTGAGgtctatttat ... aattctctagGCTGGTGCGGATGTGAACTTGATTGCTCCTTCTGGAGTAATTTTGGCTCAG
EST: gi|78107760|gb|DV526178.1|DV526178
EST:     TGATGGCATACTGTGGCGGTTCTTTGAGATGCATGAAGCTACTGATTGAG                         GCTGGTGCGGATGTGAACTTGATTGCTCCTTCTGGAGTAATTTTGGCTCAG
genomic: TGATGGCATACTGTGGCGGTTCTTTGAGATGCATGAAGCTACTGATTGAGgtctatttat ... aattctctagGCTGGTGCGGATGTGAACTTGATTGCTCCTTCTGGAGTAATTTTGGCTCAG
EST: gi|74242116|gb|DT650030.1|DT650030
EST:     TGATGGCATACTGTGGCGGTTCTTTGAGATGCATGAAGCTACTGATTGAG                         GCTGGTGCGGATGTGAACTTGATTGCTCCTTCTGGAGTAATTTTGGCTCAG
genomic: TGATGGCATACTGTGGCGGTTCTTTGAGATGCATGAAGCTACTGATTGAGgtctatttat ... aattctctagGCTGGTGCGGATGTGAACTTGATTGCTCCTTCTGGAGTAATTTTGGCTCAG
EST: gi|93283808|gb|EB676072.1|EB676072
EST:     TGATGGCATACTGTGGCGGTTCTTTGAGATGCATGAAGCTACTGATTGAG                         GCTGGTGCGGATGTGAACTTGATTGCTCCTTCTGGAGTAATTTTGGCTCAN
genomic: TGATGGCATACTGTGGCGGTTCTTTGAGATGCATGAAGCTACTGATTGAGgtctatttat ... aattctctagGCTGGTGCGGATGTGAACTTGATTGCTCCTTCTGGAGTAATTTTGGCTCAG
EST: gi|67031456|gb|CO460205.1|CO460205
EST:     TGATGGCATACTGTGGCGGTTCTTTGAGATGCATGAAGCTACTGATTGAG                         GCTGGTGCGGATGTGAACTTGATTGCTCCTTCTGGAGTA-TTTTGGCTCAG
genomic: TGATGGCATACTGTGGCGGTTCTTTGAGATGCATGAAGCTACTGATTGAGgtctatttat ... aattctctagGCTGGTGCGGATGTGAACTTGATTGCTCCTTCTGGAGTAATTTTGGCTCAG
EST: gi|91870178|gb|EB400743.1|EB400743
EST:     TGATGGCATACTGTGGCGGTTCTTTGAGATGCATGAAGCTACTGATTGAG                         GCTGGTGCGGATGTGAACTTGATTGCTCCCTCTGGAGTAATTTTGG
genomic: TGATGGCATACTGTGGCGGTTCTTTGAGATGCATGAAGCTACTGATTGAGgtctatttat ... aattctctagGCTGGTGCGGATGTGAACTTGATTGCTCCTTCTGGAGTAATTTTGG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 2 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 44 (downstream exon)
Score: 53

CCCAACAAAGTTGTCGGTCATGTCCTCCCACCACTCATGATGGCATACTGTGGCGGTTCTTTGAGATGCATGAAGCTACTGATTGAGgtctatttat ... aattctctagGCTGGTGCGGATGTGAACTTGATTGCTCCTTCTGGAGTAATTTTGGCTCAGGCAGTTTGTGATGGGTCAACTGAGATTGTCAAGTTTTTGCTAGAGGTTG


Block sizes: 45 (upstream exon), 17 (downstream exon)
Score: 6

CCCAACAAAGTTGTCGGTCATGTCCTCCCACCACTCATGATGGCATACTGTGGCGGTTCTTTGAGATGCATGAAGCTACTGATTGAGgtctatttat ... aattctctagGCTGGTGCGGATGTGAACTTGATTGCTCCTTCTGGAGTAATTTTGGCTCAGGCAGTTTGTGATGGGTCAACTGAGATTGTCAAGTTTTTGCTAGAGGTTG




<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CCCAACAAAGTTGTCGGTCATGTCCTCCCACCACTCATGATGGCATACTGTGGCGGTTCTTTGAGATGCATGAAGCTACTGATTGAGgtctatttatttcttgacttaacttgatgtgctcataccaactcaattaccctgtttctatttaatatgctgtcatgatcacaagtgacaattctctag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC