Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CGATGTGGATCCACACGGCTGTCGTGGGACGCCGCTGCACTTGGCCTGCTCCAATGACCGGGATCAGGTTGTTAGGATCCTGCTGGAACATGGCGCAGATgtaagttcttattagtttcactctttctgagtcacaccatcatttatgaatcgaactggcatccatggcccatgggccagggggaacattgtttcatttg...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G155314_T02
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|94476824|gb|EB705782.1|EB705782
EST:     CCAATGACCGGGATCAGGTTGTTAGGATCCTGCTGGAACATGGCGCAGAT                         CCCAACAAAGTTGTCGGTCATGTCCTCCCACCACTCATGATGGCATACTGT
genomic: CCAATGACCGGGATCAGGTTGTTAGGATCCTGCTGGAACATGGCGCAGATgtaagttctt ... tactctacagCCCAACAAAGTTGTCGGTCATGTCCTCCCACCACTCATGATGGCATACTGT
EST: gi|74245146|gb|DT653060.1|DT653060
EST:     CCAATGACCGGGATCAGGTTGTTAGGATCCTGCTGGAACATGGCGCAGAT                         CCCAACAAAGTTGTCGGTCATGTCCTCCCACCACTCATGATGGCATACTGT
genomic: CCAATGACCGGGATCAGGTTGTTAGGATCCTGCTGGAACATGGCGCAGATgtaagttctt ... tactctacagCCCAACAAAGTTGTCGGTCATGTCCTCCCACCACTCATGATGGCATACTGT
EST: gi|211123343|gb|FL425266.1|FL425266
EST:     CCAATGACCGGGATCAGGNTGTTAGGATCCTGCTGGAACATGGCGCAGAT                         CCCAACAA-GTTGTCGGTCATGTCCTCCCAC-ACTCATGATGGCATACTGT
genomic: CCAATGACCGGGATCAGGTTGTTAGGATCCTGCTGGAACATGGCGCAGATgtaagttctt ... tactctacagCCCAACAAAGTTGTCGGTCATGTCCTCCCACCACTCATGATGGCATACTGT
EST: gi|91873915|gb|EB403872.1|EB403872
EST:     CCAATGACCGGGATCAGGTTGTTAGGATCCTGCTGGAACATGGCGCAGAT                         CCCAACAAAGTTGTCGGTCATGTCCTCCCACCACTCATGATGGCATACTGT
genomic: CCAATGACCGGGATCAGGTTGTTAGGATCCTGCTGGAACATGGCGCAGATgtaagttctt ... tactctacagCCCAACAAAGTTGTCGGTCATGTCCTCCCACCACTCATGATGGCATACTGT
EST: gi|71772874|gb|DR970797.1|DR970797
EST:     CCAATGACCGGGATCAGGTTGTTAGGATCCTGCTGGAACATGGCGCAGAT                         CCCAACAAAGTTGTCGGTCATGTCCTCCCACCACTCATGATGGCATACTGT
genomic: CCAATGACCGGGATCAGGTTGTTAGGATCCTGCTGGAACATGGCGCAGATgtaagttctt ... tactctacagCCCAACAAAGTTGTCGGTCATGTCCTCCCACCACTCATGATGGCATACTGT
EST: gi|5499093|gb|AI854960.1|AI854960
EST:     CCAATGACCGGGATCAGGTTGTTAGGATCCTGCTGGAACATGGCGCAGAT                         CCCAACAAGGTTGTCGGTCATGTCCTCCCACCACTCATGATGGCATACTGT
genomic: CCAATGACCGGGATCAGGTTGTTAGGATCCTGCTGGAACATGGCGCAGATgtaagttctt ... tactctacagCCCAACAAAGTTGTCGGTCATGTCCTCCCACCACTCATGATGGCATACTGT
EST: gi|78118021|gb|DV536408.1|DV536408
EST:     CCAATGACCGGGATCAGGTTGTTAGGATCCTGCTGGAACATGGCGCAGAT                         CCCAACAAAGTTGTCGGTCATGTCCTCCCACCACTCATGATGGCATACTGT
genomic: CCAATGACCGGGATCAGGTTGTTAGGATCCTGCTGGAACATGGCGCAGATgtaagttctt ... tactctacagCCCAACAAAGTTGTCGGTCATGTCCTCCCACCACTCATGATGGCATACTGT
EST: gi|91048309|gb|EB158727.1|EB158727
EST:     CCAATGACCGGGATCAGGTTGTTAGGATCCTGCTGGAACATGGCACAGAT                         CCCAACAAAGTTGTCGGTCATGTCCTCCCACCACTCATGATGGCATACTGT
genomic: CCAATGACCGGGATCAGGTTGTTAGGATCCTGCTGGAACATGGCGCAGATgtaagttctt ... tactctacagCCCAACAAAGTTGTCGGTCATGTCCTCCCACCACTCATGATGGCATACTGT
EST: gi|76012307|gb|DT939477.1|DT939477
EST:     CCAATGACCGGGATCAGGTTGTTAGGATCCTGCTGGAACATGGCGCAGAT                         CCCAACAAAGTTGTCGGTCATGTCCTCCCACCACTCATGATGGCATACTGT
genomic: CCAATGACCGGGATCAGGTTGTTAGGATCCTGCTGGAACATGGCGCAGATgtaagttctt ... tactctacagCCCAACAAAGTTGTCGGTCATGTCCTCCCACCACTCATGATGGCATACTGT
EST: gi|78107760|gb|DV526178.1|DV526178
EST:     CCAATGACCGGGATCAGGTTGTTAGGATCCTGCTGGAACATGGCGCAGAT                         CCCAACAAAGTTGTCGGTCATGTCCTCCCACCACTCATGATGGCATACTGT
genomic: CCAATGACCGGGATCAGGTTGTTAGGATCCTGCTGGAACATGGCGCAGATgtaagttctt ... tactctacagCCCAACAAAGTTGTCGGTCATGTCCTCCCACCACTCATGATGGCATACTGT
EST: gi|74242116|gb|DT650030.1|DT650030
EST:     CCAATGACCGGGATCAGGTTGTTAGGATCCTGCTGGAACATGGCGCAGAT                         CCCAACAAAGTTGTCGGTCATGTCCTCCCACCACTCATGATGGCATACTGT
genomic: CCAATGACCGGGATCAGGTTGTTAGGATCCTGCTGGAACATGGCGCAGATgtaagttctt ... tactctacagCCCAACAAAGTTGTCGGTCATGTCCTCCCACCACTCATGATGGCATACTGT
EST: gi|93283808|gb|EB676072.1|EB676072
EST:     CCAATGACCGGGATCAGGTTGTTAGGATCCTGCTGGAACATGGCGCAGAT                         CCCAACAAAGTTGTCGGTCATGTCCTCCCACCACTCATGATGGCATACTGT
genomic: CCAATGACCGGGATCAGGTTGTTAGGATCCTGCTGGAACATGGCGCAGATgtaagttctt ... tactctacagCCCAACAAAGTTGTCGGTCATGTCCTCCCACCACTCATGATGGCATACTGT
EST: gi|67031456|gb|CO460205.1|CO460205
EST:     CCAATGACCGGGATCAGGTTGTTAGGATCCTGCTGGAACATGGCGCAGAT                         CCCAACAAAGTTGTCGGTCATGTCCTCCCACCACTCATGATGGCATACTGT
genomic: CCAATGACCGGGATCAGGTTGTTAGGATCCTGCTGGAACATGGCGCAGATgtaagttctt ... tactctacagCCCAACAAAGTTGTCGGTCATGTCCTCCCACCACTCATGATGGCATACTGT
EST: gi|91870178|gb|EB400743.1|EB400743
EST:     CCAATGACCGGGATCAGGTTGTTAGGATCCTGCTGGAACATGGCGCAGAT                         CCCAACAAAGTTGTCGGTCATGTCCTCCCACCACTCATGATGGCATACTGT
genomic: CCAATGACCGGGATCAGGTTGTTAGGATCCTGCTGGAACATGGCGCAGATgtaagttctt ... tactctacagCCCAACAAAGTTGTCGGTCATGTCCTCCCACCACTCATGATGGCATACTGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 46 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 96

CGATGTGGATCCACACGGCTGTCGTGGGACGCCGCTGCACTTGGCCTGCTCCAATGACCGGGATCAGGTTGTTAGGATCCTGCTGGAACATGGCGCAGATgtaagttctt ... tactctacagCCCAACAAAGTTGTCGGTCATGTCCTCCCACCACTCATGATGGCATACTGTGGCGGTTCTTTGAGATGCATGAAGCTACTGATTGAG


Block sizes: 33 (upstream exon), 44 (downstream exon)
Score: 9

CGATGTGGATCCACACGGCTGTCGTGGGACGCCGCTGCACTTGGCCTGCTCCAATGACCGGGATCAGGTTGTTAGGATCCTGCTGGAACATGGCGCAGATgtaagttctt ... tactctacagCCCAACAAAGTTGTCGGTCATGTCCTCCCACCACTCATGATGGCATACTGTGGCGGTTCTTTGAGATGCATGAAGCTACTGATTGAG


Block sizes: 39 (upstream exon), 44 (downstream exon)
Score: 4

CGATGTGGATCCACACGGCTGTCGTGGGACGCCGCTGCACTTGGCCTGCTCCAATGACCGGGATCAGGTTGTTAGGATCCTGCTGGAACATGGCGCAGATgtaagttctt ... tactctacagCCCAACAAAGTTGTCGGTCATGTCCTCCCACCACTCATGATGGCATACTGTGGCGGTTCTTTGAGATGCATGAAGCTACTGATTGAG


Block sizes: 47 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 23

CGATGTGGATCCACACGGCTGTCGTGGGACGCCGCTGCACTTGGCCTGCTCCAATGACCGGGATCAGGTTGTTAGGATCCTGCTGGAACATGGCGCAGATgtaagttctt ... tactctacagCCCAACAAAGTTGTCGGTCATGTCCTCCCACCACTCATGATGGCATACTGTGGCGGTTCTTTGAGATGCATGAAGCTACTGATTGAG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CGATGTGGATCCACACGGCTGTCGTGGGACGCCGCTGCACTTGGCCTGCTCCAATGACCGGGATCAGGTTGTTAGGATCCTGCTGGAACATGGCGCAGATgtaagttcttattagtttcactctttctgagtcacaccatcatttatgaatcgaactggcatccatggcccatgggccagggggaacattgtttcatttg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT