1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
GCTGTTGTTATGCGGGATAGCGATGGAAAATCCAGGTGTTTTGGATTTGTCAATTTTGAAAATGCAGATGCTGCTGCTCAGGCTGTTCAAGAGTTGAATGgcaagatattcaatgataaggaactgtatgttggaagagcacagaagaagtctgaaagagagatggagttgaaggagaaatttgaaaagaatgttcaaga...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G102829_T03 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CAATTTTGAAAATGCAGATGCTGCTGCTCAGGCTGTTCAAGAGTTGAATG ATGGCGTCGTCTCCAGCTGAACGTTAATGTTTCTGATGTTTCGGAAGTGCTEST: gi|12972846|gb|BG268185.1|BG268185
genomic: CAATTTTGAAAATGCAGATGCTGCTGCTCAGGCTGTTCAAGAGTTGAATGgcaagatatt ... tcattgaatgATGGCGTCGTCTCCAGCTGAACGTTAATGTTTCTGATGTTTCGGAAGTGCT
EST: CAATTTTGAAAATGCAGATGCTGCTGCTCAGGCTGTTCAAGAGTTGAATG ATGGCGTCGTCTCCAGCTGAACGTTAATGTTTCTGATGTTTCGGAAGTGCT
genomic: CAATTTTGAAAATGCAGATGCTGCTGCTCAGGCTGTTCAAGAGTTGAATGgcaagatatt ... tcattgaatgATGGCGTCGTCTCCAGCTGAACGTTAATGTTTCTGATGTTTCGGAAGTGCT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCTGTTGTTATGCGGGATAGCGATGGAAAATCCAGGTGTTTTGGATTTGTCAATTTTGAAAATGCAGATGCTGCTGCTCAGGCTGTTCAAGAGTTGAATGgcaagatattcaatgataaggaactgtatgttggaagagcacagaagaagtctgaaagagagatggagttgaaggagaaatttgaaaagaatgttcaaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - agaagaag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaagagag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaggagaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaaaagaa