1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
TGCCCAGAAAAGTTGCCAAATTATGAACAGAAAATCAAAAGCTTCTTTGAAGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaactaattttttgctttactttgattttcttgccaccttgcctaccattttaagttgctaaatatatcatgtttgtctttag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G28860.2 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCAEST: gi|13477757|gb|BG507506.1|BG507506
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCAEST: gi|298179497|gb|HO027968.1|HO027968
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCAEST: gi|298196159|gb|HO044550.1|HO044550
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGACGTG GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCAEST: gi|193565451|gb|FK527244.1|FK527244
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG GCTATTTTGATGEST: gi|193608303|gb|FK555284.1|FK555284
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATG
EST: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTEST: gi|298189869|gb|HO038272.1|HO038272
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGT
EST: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCAEST: gi|13252127|gb|BG363030.1|BG363030
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCAEST: gi|193572267|gb|FK530012.1|FK530012
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG GCTATTTTGATGEST: gi|298184335|gb|HO029548.1|HO029548
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATG
EST: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCAEST: gi|298170432|gb|HO019056.1|HO019056
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCAEST: gi|209706869|gb|BW683209.1|BW683209
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCAEST: gi|19053712|gb|BM732379.1|BM732379
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCAEST: gi|193566133|gb|FK524608.1|FK524608
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG GCTATTTTGATGEST: gi|298182107|gb|HO026282.1|HO026282
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATG
EST: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCAEST: gi|298184623|gb|HO029836.1|HO029836
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG GCTATTTTGAGGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCAEST: gi|298189141|gb|HO037544.1|HO037544
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCAEST: gi|209706331|gb|BW680691.1|BW680691
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG GCTATNTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCAEST: gi|6719759|gb|AW307406.1|AW307406
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCAEST: gi|213601717|gb|DB972425.1|DB972425
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG GCTATNTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCAEST: gi|7233975|gb|AW569317.1|AW569317
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCAEST: gi|254326218|gb|GR840810.1|GR840810
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG GCTATTTTGATGTTAGGGATCGEST: gi|298181742|gb|HO025917.1|HO025917
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCG
EST: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCAEST: gi|21479899|gb|BQ576582.1|BQ576582
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCAEST: gi|193415232|gb|FK380122.1|FK380122
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCAEST: gi|208073336|gb|GD870711.1|GD870711
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCAEST: gi|7925120|gb|AW831146.1|AW831146
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCAEST: gi|208308684|gb|GE106312.1|GE106312
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCAEST: gi|15813927|gb|BI786202.1|BI786202
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCAEST: gi|10238192|gb|BE807080.1|BE807080
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCAEST: gi|208031960|gb|GD829900.1|GD829900
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCAEST: gi|193570260|gb|FK525331.1|FK525331
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG GCTATTTTGATGEST: gi|193701216|gb|FK638661.1|FK638661
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATG
EST: GAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAAGTG GCTATTTTGATGEST: gi|208168596|gb|GD968698.1|GD968698
genomic: GAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAA-GTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATG
EST: AGAGCATCTTCACACTGATGAAGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCAEST: gi|298175141|gb|HO014944.1|HO014944
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCAEST: gi|8827270|gb|BE211000.1|BE211000
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGCCCAGAAAAGTTGCCAAATTATGAACAGAAAATCAAAAGCTTCTTTGAAGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaactaattttttgctttactttgattttcttgccaccttgcctaccattttaagttgctaaatatatcatgtttgtctttag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG