1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
GTTTTTTTATGCCTCTAGTGCTTGTATCTACCCTGAATTCAAACAGTTGGAAACTAATGTTAGCTTGAAGGAGTCTGATGCATGGCCAGCTGAGgtttgttggtgatcttttcaattgttcaatttatgttggttcttgattttcacattgggattgggattaatgtgtttaattttgtgactgtttttag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G36740.2 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AGTTGGAAACTAATGTTAGCTTGAAGGAGTCTGATGCATGGCCAGCTGAG CCACAAGATGCATATGGGCTAGAGAAGCTTGCAACAGAGGAATTATGCAAGEST: gi|15287908|gb|BI471799.1|BI471799
genomic: AGTTGGAAACTAATGTTAGCTTGAAGGAGTCTGATGCATGGCCAGCTGAGgtttgttggt ... ctgtttttagCCACAAGATGCATATGGGCTAGAGAAGCTTGCAACAGAGGAATTATGCAAG
EST: AGTTGGAAACTAATGTTAGCTTGAAGGAGTCTGATGCATGGCCAGCTGAG CCACAAGATGCATATGGGCTAGAGAAGEST: gi|192302093|gb|FG995227.1|FG995227
genomic: AGTTGGAAACTAATGTTAGCTTGAAGGAGTCTGATGCATGGCCAGCTGAGgtttgttggt ... ctgtttttagCCACAAGATGCATATGGGCTAGAGAAG
EST: AGTTGGAAACTAATGTTAGCTTGAAGGAGTCTGATGCATGGCCAGCTGAG CCACAAGATGCATATGGGCTAGAGAAGCTTGCAACAGAGGAATTATGCAAGEST: gi|208297285|gb|GE089294.1|GE089294
genomic: AGTTGGAAACTAATGTTAGCTTGAAGGAGTCTGATGCATGGCCAGCTGAGgtttgttggt ... ctgtttttagCCACAAGATGCATATGGGCTAGAGAAGCTTGCAACAGAGGAATTATGCAAG
EST: TTGAAGGAGTCTGATGCATGGCCAGCTGAG CCACAAGATGCATATGGGCTAGAGAAGCTTGCAACAGAGGAATTATGCAAG
genomic: TTGAAGGAGTCTGATGCATGGCCAGCTGAGgtttgttggt ... ctgtttttagCCACAAGATGCATATGGGCTAGAGAAGCTTGCAACAGAGGAATTATGCAAG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTTTTTTTATGCCTCTAGTGCTTGTATCTACCCTGAATTCAAACAGTTGGAAACTAATGTTAGCTTGAAGGAGTCTGATGCATGGCCAGCTGAGgtttgttggtgatcttttcaattgttcaatttatgttggttcttgattttcacattgggattgggattaatgtgtttaattttgtgactgtttttag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA