1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
TCCTGAAAGGCGTAGCAATGAGAGGTCCCCATCTCCTGGTAGCCCTGCTCCTCTGCGCAAAGTTGATGCTGCTTCTCGAAGTCAATCTCCTTATGCTGCGgtgggttacaaaaacactgtgtttcagatgtgtatcactaatgaaacttgatgtctgaattgtccttgtttacattttgtttgcag
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT5G64200.1 |
intron # | 7 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CTCTGCGCAAAGTTGATGCTGCTTCTCGAAGTCAATCTCCTTATGCTGCG GAATGACTGCAGCNACTTGTGAAAGTGATACGGTGTATGATGAAAAACACGEST: gi|116476724|gb|EG519316.1|EG519316
genomic: CTCTGCGCAAAGTTGATGCTGCTTCTCGAAGTCAATCTCCTTATGCTGCGgtgggttaca ... ttgtttgcagGAATGACTGCAGCCACTTGTGAAAGTGATACGGTGTATGATGAAAAACACG
EST: CTCTGCGCAAAGTTGATGCTGCTTCTCGAAGTCAATCTCCTTATGCTGCG GAATGACTGCAGCCACTTGTGAAAGTGATACGGTGTATGATGAAAAACACGEST: gi|125063486|gb|EL131448.1|EL131448
genomic: CTCTGCGCAAAGTTGATGCTGCTTCTCGAAGTCAATCTCCTTATGCTGCGgtgggttaca ... ttgtttgcagGAATGACTGCAGCCACTTGTGAAAGTGATACGGTGTATGATGAAAAACACG
EST: CTTATGCTGCG GAATGACTGCAGCCACTTGTGAAAGTGATACGGTGTATGATGAAAAACACGEST: gi|116476723|gb|EG519315.1|EG519315
genomic: CTTATGCTGCGgtgggttaca ... ttgtttgcagGAATGACTGCAGCCACTTGTGAAAGTGATACGGTGTATGATGAAAAACACG
EST: CTCTGCGCAAAGTTGATGCTGCTTCTCGAAGTCAATCTCCTTATGCTGCG GAATGACTGCAGCCACTTGTGAAAGTGATACGGTGTATGATGAAAAACACGEST: gi|125026425|gb|EL098694.1|EL098694
genomic: CTCTGCGCAAAGTTGATGCTGCTTCTCGAAGTCAATCTCCTTATGCTGCGgtgggttaca ... ttgtttgcagGAATGACTGCAGCCACTTGTGAAAGTGATACGGTGTATGATGAAAAACACG
EST: AAAGTTGATGCTGCTTCTCGAAGTCAATCTCCTTATGCTGCG GAATGACTGCAGCCACTTGTGAAAGTGATACGGTGTATGATGAAAAACACG
genomic: AAAGTTGATGCTGCTTCTCGAAGTCAATCTCCTTATGCTGCGgtgggttaca ... ttgtttgcagGAATGACTGCAGCCACTTGTGAAAGTGATACGGTGTATGATGAAAAACACG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TCCTGAAAGGCGTAGCAATGAGAGGTCCCCATCTCCTGGTAGCCCTGCTCCTCTGCGCAAAGTTGATGCTGCTTCTCGAAGTCAATCTCCTTATGCTGCGgtgggttacaaaaacactgtgtttcagatgtgtatcactaatgaaacttgatgtctgaattgtccttgtttacattttgtttgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC