Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCGTATTTTCAGACACAATCCGAACCTGCGTATTGTGGTTTGGCTAGTCTCTCAGTGGTGTTGAATGCTCTTTCTATCGATCCTGGACGTAAATGGAAAGgtatgcaagattgaagcaaattatgtccacactaaataaatgatggttttttataaaaagttttcctctcttccaatag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G44070.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT5G44070.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv07s0005g03760.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 1
TCGTATTTTCAGACACAATCCGAACCTGCGTATTGTGGTTTGGCTAGTCTCTCAGTGGTGTTGAATGCTCTTTCTATCGATCCTGGACGTAAATGGAAAGgta---tgcaa--------gattgaagcaaat---tatgtcca------cactaaataaatgatggttttttataaaaagttttcctctcttccaatag-
|| || |||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||  || ||  |||| |||||||| ||| | || ||||| ||| | |||||||||||||   |  ||        | | ||||   ||   | | || |         |   | ||        | |||  |   ||| ||   || |  ||    
TCCTACTTTCAGACACAATCAGAGCCTGCATATTGTGGATTGGCTACCCTTTCCATGGTCTTGAATGCCCTTGCCATTGATCCAGGAAGAAAATGGAAAGgtaacttctaattacatttgttagaagtggatgcttgtttctagttgtttcttctgttaagacaaaactcttaagattcgttgtctcttccttgaactca
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86051282|gb|DR347037.1|DR347037
EST:     CTCAGTGGTGTTGAATGCTCTTTCTATCGATCCTGGACGTAAATGGAAAG                         GGCCTTGGAGGTGGTTTGATGAATCAATGATGGATTGCTGCGAACCTCTGG
genomic: CTCAGTGGTGTTGAATGCTCTTTCTATCGATCCTGGACGTAAATGGAAAGgtatgcaaga ... cttccaatagGGCCTTGGAGGTGGTTTGATGAATCAATGTTGGATTGCTGCGAACCTCTGG
EST: gi|125029059|gb|EL101328.1|EL101328
EST:     CTCAGTGGTGTTGAATGCTCTTTCTATCGATCCTGGACGTAAATGGAAAG                         GGCCTTGGAGGTGGTTTGATGAATCAATGT
genomic: CTCAGTGGTGTTGAATGCTCTTTCTATCGATCCTGGACGTAAATGGAAAGgtatgcaaga ... cttccaatagGGCCTTGGAGGTGGTTTGATGAATCAATGT
EST: gi|86051284|gb|DR347039.1|DR347039
EST:     CTCAGTGGTGTTGAATGCTCTTTCTATCGATCCTGGACGTAAATGGAAAG                         GGCCTTGGAGGTGGTTTGATGAATCAATGTTGGATTGCTGCGAACCTCTGG
genomic: CTCAGTGGTGTTGAATGCTCTTTCTATCGATCCTGGACGTAAATGGAAAGgtatgcaaga ... cttccaatagGGCCTTGGAGGTGGTTTGATGAATCAATGTTGGATTGCTGCGAACCTCTGG
EST: gi|86051290|gb|DR347045.1|DR347045
EST:     CTCAGTGGTGTTGAATGCTCTTTCTATCGATCCTGGACGTAAATGGAAAG                         GGCCTTGGAGGTGGTTTGATGAATCAATGTTGGATTGCTGCGAACCTCTGG
genomic: CTCAGTGGTGTTGAATGCTCTTTCTATCGATCCTGGACGTAAATGGAAAGgtatgcaaga ... cttccaatagGGCCTTGGAGGTGGTTTGATGAATCAATGTTGGATTGCTGCGAACCTCTGG
EST: gi|86051294|gb|DR347049.1|DR347049
EST:     CTCAGTGGTGTTGAATGCTCTTTCTATCGATCCTGGACGTAAATGGAAAG                         GGCCTTGGAGGTGGTTTGATGAATCAATGTTGGATTGCTGCGAACCTCTGG
genomic: CTCAGTGGTGTTGAATGCTCTTTCTATCGATCCTGGACGTAAATGGAAAGgtatgcaaga ... cttccaatagGGCCTTGGAGGTGGTTTGATGAATCAATGTTGGATTGCTGCGAACCTCTGG