Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgctgttccaccctttccgcgggggcataaagttattcatctgtccacaaatttcctatgctctgtaggagtaagagccctttgtatgtttagatgatcggagtttgtgctaacattttgcctttctgcggccagGGCATTGTGCGGCTGTGAGGATGCTGCTGTCCAAGGGTGTCGATGTGGATCCACACGGCTGTCGTGGGACGCCGCTGCACTTGGCCTGCTCCAATGACCG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G155314_T02
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|94476824|gb|EB705782.1|EB705782
EST:     GATGCCGGACTCCATGGGCTCCACTCCACTGCATGATGCGGCAGAGGAAG                         GGCATTGTGCGGCTGTGAGGATGCTGCTGTCCAAGGGTGTCGATGTGGATC
genomic: GATGCCGGACTCCATGGGCTCCACTCCACTGCATGATGCGGCAGAGGAAGgtgctgttcc ... ctgcggccagGGCATTGTGCGGCTGTGAGGATGCTGCTGTCCAAGGGTGTCGATGTGGATC
EST: gi|78083174|gb|DV511567.1|DV511567
EST:     GATGCCGGACTCCATGGGCTCCACTCCACTGCATGATGCGGCAGAGGAAG                         GGCATTGTGCGGCTGTGAGGATGCTGCTGTCCAAGGGTGTCGATGTGGATC
genomic: GATGCCGGACTCCATGGGCTCCACTCCACTGCATGATGCGGCAGAGGAAGgtgctgttcc ... ctgcggccagGGCATTGTGCGGCTGTGAGGATGCTGCTGTCCAAGGGTGTCGATGTGGATC
EST: gi|74245146|gb|DT653060.1|DT653060
EST:     GATGCCGGACTCCATGGGCTCCACTCCACTGCATGATGCGGCAGAGGAAG                         GGCATTGTGCGGCTGTGAGGATGCTGCTGTCCAAGGGTGTCGATGTGGATC
genomic: GATGCCGGACTCCATGGGCTCCACTCCACTGCATGATGCGGCAGAGGAAGgtgctgttcc ... ctgcggccagGGCATTGTGCGGCTGTGAGGATGCTGCTGTCCAAGGGTGTCGATGTGGATC
EST: gi|211123343|gb|FL425266.1|FL425266
EST:     GATGCCGGACTCCATGGGCTCCACTCCACTGCATGATGCGGCAGAGGAAG                         GGCATTGTGCGGCTGTGAGGATGCTGCTGTCCAAGGGTGTCGATGTGGATC
genomic: GATGCCGGACTCCATGGGCTCCACTCCACTGCATGATGCGGCAGAGGAAGgtgctgttcc ... ctgcggccagGGCATTGTGCGGCTGTGAGGATGCTGCTGTCCAAGGGTGTCGATGTGGATC
EST: gi|91873915|gb|EB403872.1|EB403872
EST:     GATGCCGGACTCCATGGGCTCCACTCCACTGCATGATGCGGCAGAGGAAG                         GGCATTGTGCGGCTGTGAGGATGCTGCTGTCCAAGGGTGTCGATGTGGATC
genomic: GATGCCGGACTCCATGGGCTCCACTCCACTGCATGATGCGGCAGAGGAAGgtgctgttcc ... ctgcggccagGGCATTGTGCGGCTGTGAGGATGCTGCTGTCCAAGGGTGTCGATGTGGATC
EST: gi|71772874|gb|DR970797.1|DR970797
EST:     GATGCCGGACTCCATGGGCTCCACTCCACTGCATGATGCGGCAGAGGAAG                         GGCATTGTGCGGCTGTGAGGATGCTGCTGTCCAAGGGTGTCGATGTGGATC
genomic: GATGCCGGACTCCATGGGCTCCACTCCACTGCATGATGCGGCAGAGGAAGgtgctgttcc ... ctgcggccagGGCATTGTGCGGCTGTGAGGATGCTGCTGTCCAAGGGTGTCGATGTGGATC
EST: gi|5499093|gb|AI854960.1|AI854960
EST:     GATGCCGGACTCCATGGGCTCCACTCCACTGCATGATGCGGCAGAGGAAG                         GGCATTGCGCGGCTGTGAGGATGCTGCTGTCCAAGGGTGTCGATGTGGATC
genomic: GATGCCGGACTCCATGGGCTCCACTCCACTGCATGATGCGGCAGAGGAAGgtgctgttcc ... ctgcggccagGGCATTGTGCGGCTGTGAGGATGCTGCTGTCCAAGGGTGTCGATGTGGATC
EST: gi|78118021|gb|DV536408.1|DV536408
EST:     GATGCCGGACTCCATGGGCTCCACTCCACTGCATGATGCGGCAGAGGAAG                         GGCATTGTGCGGCTGTGAGGATGCTGCTGTCCAAGGGTGTCGATGTGGATC
genomic: GATGCCGGACTCCATGGGCTCCACTCCACTGCATGATGCGGCAGAGGAAGgtgctgttcc ... ctgcggccagGGCATTGTGCGGCTGTGAGGATGCTGCTGTCCAAGGGTGTCGATGTGGATC
EST: gi|91048309|gb|EB158727.1|EB158727
EST:     GATGCCGGACTCCATGGGCTCCACTCCACTGCATGATGCGGCAGAGGAAG                         GGCATTGTGCGGCTGTGAGGATGCTGCTGTCCAAGGGTGTCGATGTGGATC
genomic: GATGCCGGACTCCATGGGCTCCACTCCACTGCATGATGCGGCAGAGGAAGgtgctgttcc ... ctgcggccagGGCATTGTGCGGCTGTGAGGATGCTGCTGTCCAAGGGTGTCGATGTGGATC
EST: gi|76012307|gb|DT939477.1|DT939477
EST:     GATGCCGGACTCCATGGGCTCCACTCCACTGCATGATGCGGCAGAGGAAG                         GGCATTGTGCGGCTGTGAGGATGCTGCTGTCCAAGGGTGTCGATGTGGATC
genomic: GATGCCGGACTCCATGGGCTCCACTCCACTGCATGATGCGGCAGAGGAAGgtgctgttcc ... ctgcggccagGGCATTGTGCGGCTGTGAGGATGCTGCTGTCCAAGGGTGTCGATGTGGATC
EST: gi|78107760|gb|DV526178.1|DV526178
EST:     GATGCCGGACTCCATGGGCTCCACTCCACTGCATGATGCGGCAGAGGAAG                         GGCATTGTGCGGCTGTGAGGATGCTGCTGTCCAAGGGTGTCGATGTGGATC
genomic: GATGCCGGACTCCATGGGCTCCACTCCACTGCATGATGCGGCAGAGGAAGgtgctgttcc ... ctgcggccagGGCATTGTGCGGCTGTGAGGATGCTGCTGTCCAAGGGTGTCGATGTGGATC
EST: gi|74242116|gb|DT650030.1|DT650030
EST:     GATGCCGGACTCCATGGGCTCCACTCCACTGCATGATGCGGCAGAGGAAG                         GGCATTGTGCGGCTGTGAGGATGCTGCTGTCCAAGGGTGTCGATGTGGATC
genomic: GATGCCGGACTCCATGGGCTCCACTCCACTGCATGATGCGGCAGAGGAAGgtgctgttcc ... ctgcggccagGGCATTGTGCGGCTGTGAGGATGCTGCTGTCCAAGGGTGTCGATGTGGATC
EST: gi|93283808|gb|EB676072.1|EB676072
EST:     GATGCCGGACTCCATGGGCTCCACTCCACTGCATGATGCGGCAGAGGAAG                         GGCATTGTGCGGCTGTGAGGATGCTGCTGTCCAAGGGTGTCGATGTGGATC
genomic: GATGCCGGACTCCATGGGCTCCACTCCACTGCATGATGCGGCAGAGGAAGgtgctgttcc ... ctgcggccagGGCATTGTGCGGCTGTGAGGATGCTGCTGTCCAAGGGTGTCGATGTGGATC
EST: gi|67031456|gb|CO460205.1|CO460205
EST:     GATGCCGGACTCCATGGGCTCCACTCCACTGCATGATGCGGCAGAGGAAG                         GGCATTGTGCGGCTGTGAGGATGCTGCTGTCCAAGGGTGTCGATGTGGATC
genomic: GATGCCGGACTCCATGGGCTCCACTCCACTGCATGATGCGGCAGAGGAAGgtgctgttcc ... ctgcggccagGGCATTGTGCGGCTGTGAGGATGCTGCTGTCCAAGGGTGTCGATGTGGATC
EST: gi|91870178|gb|EB400743.1|EB400743
EST:     GATGCCGGACTCCATGGGCTCCACTCCACTGCATGATGCGGCAGAGGAAG                         GGCATTGTGCGGCTGTGAGGATGCTGCTGTCCAAGGGTGTCGATGTGGATC
genomic: GATGCCGGACTCCATGGGCTCCACTCCACTGCATGATGCGGCAGAGGAAGgtgctgttcc ... ctgcggccagGGCATTGTGCGGCTGTGAGGATGCTGCTGTCCAAGGGTGTCGATGTGGATC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 3 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 52

GGCAGCGAGAGCGTCTTGGGCTACCTTCTCGACCACGGTGGCGACCCTGTGATGCCGGACTCCATGGGCTCCACTCCACTGCATGATGCGGCAGAGGAAGgtgctgttcc ... ctgcggccagGGCATTGTGCGGCTGTGAGGATGCTGCTGTCCAAGGGTGTCGATGTGGATCCACACGGCTGTCGTGGGACGCCGCTGCACTTGGCCTGCTCCAATGACCG


Block sizes: 11 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 2

GGCAGCGAGAGCGTCTTGGGCTACCTTCTCGACCACGGTGGCGACCCTGTGATGCCGGACTCCATGGGCTCCACTCCACTGCATGATGCGGCAGAGGAAGgtgctgttcc ... ctgcggccagGGCATTGTGCGGCTGTGAGGATGCTGCTGTCCAAGGGTGTCGATGTGGATCCACACGGCTGTCGTGGGACGCCGCTGCACTTGGCCTGCTCCAATGACCG


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 21

GGCAGCGAGAGCGTCTTGGGCTACCTTCTCGACCACGGTGGCGACCCTGTGATGCCGGACTCCATGGGCTCCACTCCACTGCATGATGCGGCAGAGGAAGgtgctgttcc ... ctgcggccagGGCATTGTGCGGCTGTGAGGATGCTGCTGTCCAAGGGTGTCGATGTGGATCCACACGGCTGTCGTGGGACGCCGCTGCACTTGGCCTGCTCCAATGACCG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttgtatgtttagatgatcggagtttgtgctaacattttgcctttctgcggccagGGCATTGTGCGGCTGTGAGGATGCTGCTGTCCAAGGGTGTCGATGTGGATCCACACGGCTGTCGTGGGACGCCGCTGCACTTGGCCTGCTCCAATGACCG
                           tgctaac  putative branch site (score: 21)
                                 cattttgcctttct  CT-rich tract
                              taacatttt  TA-rich tract