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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aaacttatagtcttgatatggaaaacattgaaaatgtgggaaattcccctagcattatcacagttataaacctgctttctaaaatttctgtttattctagGGTTGGTCATCGCTCTCTGGTTTTGGTTGTATTCATTGGTGGTGTCACATTTGCTGAGATTGCTGCCCTTCGCTTCCTTAGTGCACAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G003734_T01
intron # 21
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G003734_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 21
lower sequence: LOC_Os04g14654.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 21
aaacttatagtcttgatatggaaaacattgaaaatgtggga-----aattcccc-tagcattatcacagttataaacctgctttc--taaaatttctgtttattctagGGTTGGTCATCGCTCTCTGGTTTTGGTTGTATTCATTGGTGGTGTCACATTTGCTGAGATTGCTGCCCTTCGCTTCCTTAGTGCACAG
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-------ttgcatttacatggaaaatactgttcttgtcaaattcctaatacttcgtagcat-gtttcttctcttcatctgtttttattctaacgtgtgtttgttctagGGTTGGACATCGTTCTCTGGTTTTGGTTGTCTTTATTGGTGGGGTTACTTTTGCAGAGATTGCTGCTCTTCGATTCCTTAGTTCTCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67020761|gb|CO449510.1|CO449510
EST:     TCATCACCGGAGGTACATCCAGGTTTAGGGGCTCAACAGAGTATTGACAG                         GGTTGGTCATCGCTCTCTGGTTTTGGTTGTATTCATTGGTGGTGTCACATT
genomic: TCATCACCGGAGGTACATCCAGGTTTAGGGGCTCAACAGAGTATTGACAGgtaaattcat ... tttattctagGGTTGGTCATCGCTCTCTGGTTTTGGTTGTATTCATTGGTGGTGTCACATT
EST: gi|60358866|gb|DN225839.1|DN225839
EST:     TCATCACCGGAGGTACATCCAGGTTTAGGGGCTCAACAGAGTATTGACAG                         GGTTGGTCATCGCTCTCTGGTTTTGGTTGTATTCATTGGTGGTGTCACATT
genomic: TCATCACCGGAGGTACATCCAGGTTTAGGGGCTCAACAGAGTATTGACAGgtaaattcat ... tttattctagGGTTGGTCATCGCTCTCTGGTTTTGGTTGTATTCATTGGTGGTGTCACATT
EST: gi|32933189|gb|CF038001.1|CF038001
EST:     ACATCCAGGTTTAGGGGCTCAACAGAGTATTGACAG                         GGTTGGTCATCGCTCTCTGGTTTTGGTTGTATTCATTGGTGGTGTCACATT
genomic: ACATCCAGGTTTAGGGGCTCAACAGAGTATTGACAGgtaaattcat ... tttattctagGGTTGGTCATCGCTCTCTGGTTTTGGTTGTATTCATTGGTGGTGTCACATT
EST: gi|211528665|gb|FL445659.1|FL445659
EST:     TCATCACCGGAGGTACATCCAGGTTTAGGGGCTCAACAGAGTATTGACAG                         GGTTGGTCATCGCTCTCTGGTTTTGGTTGTATTCATTGGTGGTGTCACATT
genomic: TCATCACCGGAGGTACATCCAGGTTTAGGGGCTCAACAGAGTATTGACAGgtaaattcat ... tttattctagGGTTGGTCATCGCTCTCTGGTTTTGGTTGTATTCATTGGTGGTGTCACATT
EST: gi|37399448|gb|CF637052.1|CF637052
EST:     TCATCACCGGAGGTACATCCAGGTTTAGGGGCTCAACAGAGTATTGACAG                         GGTTGGTCATCGCTCTCTGGTTTTGGTTGTATTCATTGGTGGTGTCACATT
genomic: TCATCACCGGAGGTACATCCAGGTTTAGGGGCTCAACAGAGTATTGACAGgtaaattcat ... tttattctagGGTTGGTCATCGCTCTCTGGTTTTGGTTGTATTCATTGGTGGTGTCACATT
EST: gi|161589782|gb|EY963529.1|EY963529
EST:     CGGAGGTACATCCAGGTTTAGGGGCTCAACAGAGTATTGACAG                         GGTTGGTCATCGCTCTCTTGGTTTTGGTTGTATTCATTGGTGGTGTC
genomic: CGGAGGTACATCCAGGTTTAGGGGCTCAACAGAGTATTGACAGgtaaattcat ... tttattctagGGTTGGTCATCGCTCTCT-GGTTTTGGTTGTATTCATTGGTGGTGTC
EST: gi|60347475|gb|DN214448.1|DN214448
EST:     TCATCACCGGAGGTACATCCAGGTTTAGGGGCTCAACAGAGTATTGACAG                         GGTTGGTCATCGCTCTCTGGTTTTGGTTGTATTCATTGGTGGTGTCACATT
genomic: TCATCACCGGAGGTACATCCAGGTTTAGGGGCTCAACAGAGTATTGACAGgtaaattcat ... tttattctagGGTTGGTCATCGCTCTCTGGTTTTGGTTGTATTCATTGGTGGTGTCACATT
EST: gi|60353462|gb|DN220435.1|DN220435
EST:     TCATCACCGGAGGTACATCCAGGTTTAGGGGCTCAACAGAGTATTGACAG                         GGTTGGTCATCGCTCTCTGGTTTTGGTTGTATTCATTGGTGGTGTCACATT
genomic: TCATCACCGGAGGTACATCCAGGTTTAGGGGCTCAACAGAGTATTGACAGgtaaattcat ... tttattctagGGTTGGTCATCGCTCTCTGGTTTTGGTTGTATTCATTGGTGGTGTCACATT
EST: gi|32928012|gb|CF032824.1|CF032824
EST:     ACATCCAGGTTTAGGGGCTCAACAGAGTATTGACAG                         GGTTGGTCATCGCTCTCTGGTTTTGGTTGTATTCATTGGTGGTGTCACATT
genomic: ACATCCAGGTTTAGGGGCTCAACAGAGTATTGACAGgtaaattcat ... tttattctagGGTTGGTCATCGCTCTCTGGTTTTGGTTGTATTCATTGGTGGTGTCACATT
EST: gi|71440283|gb|DR821333.1|DR821333
EST:     TCATCACCGGAGGTACATCCAGGTTTAGGGGCTCAACAGAGTATTGACAG                         GGTTGGTCATCGCTCTCTGGTTTTGGTTGTATTCATTGGTGGTGTCACATT
genomic: TCATCACCGGAGGTACATCCAGGTTTAGGGGCTCAACAGAGTATTGACAGgtaaattcat ... tttattctagGGTTGGTCATCGCTCTCTGGTTTTGGTTGTATTCATTGGTGGTGTCACATT
EST: gi|74241259|gb|DT649173.1|DT649173
EST:     TCATCACCGGAGGTACATCCAGGTTTAGGGGCTCAACAGAGTATTGACAG                         GGTTGGTCATCGCTCTCTGGTTTTGGTTGTATTCATTGGTGGTGTCACATT
genomic: TCATCACCGGAGGTACATCCAGGTTTAGGGGCTCAACAGAGTATTGACAGgtaaattcat ... tttattctagGGTTGGTCATCGCTCTCTGGTTTTGGTTGTATTCATTGGTGGTGTCACATT
EST: gi|76292770|gb|DV032338.1|DV032338
EST:     TCATCACCGGAGGTACATCCAGGTTTAGGGGCTCAACAGAGTATTGACAG                         GGTTGGTCATCGCTCTCTGGTTTTGGTTGTATTCATTGGTGGTGTCACATT
genomic: TCATCACCGGAGGTACATCCAGGTTTAGGGGCTCAACAGAGTATTGACAGgtaaattcat ... tttattctagGGTTGGTCATCGCTCTCTGGTTTTGGTTGTATTCATTGGTGGTGTCACATT
EST: gi|60401370|gb|DN234177.1|DN234177
EST:     TCATCACCGGAGGTACATCCAGGTTTAGGGGCTCAACAGAGTATTGACAG                         GGTTGGTCATCGCTCTCTGGTTTTGGTTGTATTCATTGGTGGTGTCACATT
genomic: TCATCACCGGAGGTACATCCAGGTTTAGGGGCTCAACAGAGTATTGACAGgtaaattcat ... tttattctagGGTTGGTCATCGCTCTCTGGTTTTGGTTGTATTCATTGGTGGTGTCACATT
EST: gi|32942613|gb|CF047432.1|CF047432
EST:     TCATCACCGGAGGTACATCCAGGTTTAGGGGCTCAACAGAGTATTGACAG                         GGTTGGTCATCGCTCTCTGGTTTTGGTTGTATTCATTGGTGGTGTCACATT
genomic: TCATCACCGGAGGTACATCCAGGTTTAGGGGCTCAACAGAGTATTGACAGgtaaattcat ... tttattctagGGTTGGTCATCGCTCTCTGGTTTTGGTTGTATTCATTGGTGGTGTCACATT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 40 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 116

GGTGGTTTGACAATTAATTCATCACCGGAGGTACATCCAGGTTTAGGGGCTCAACAGAGTATTGACAGgtaaattcat ... tttattctagGGTTGGTCATCGCTCTCTGGTTTTGGTTGTATTCATTGGTGGTGTCACATTTGCTGAGATTGCTGCCCTTCGCTTCCTTAGTGCACAG


Block sizes: 40 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 69

GGTGGTTTGACAATTAATTCATCACCGGAGGTACATCCAGGTTTAGGGGCTCAACAGAGTATTGACAGgtaaattcat ... tttattctagGGTTGGTCATCGCTCTCTGGTTTTGGTTGTATTCATTGGTGGTGTCACATTTGCTGAGATTGCTGCCCTTCGCTTCCTTAGTGCACAG


Block sizes: 40 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 45

GGTGGTTTGACAATTAATTCATCACCGGAGGTACATCCAGGTTTAGGGGCTCAACAGAGTATTGACAGgtaaattcat ... tttattctagGGTTGGTCATCGCTCTCTGGTTTTGGTTGTATTCATTGGTGGTGTCACATTTGCTGAGATTGCTGCCCTTCGCTTCCTTAGTGCACAG


Block sizes: 40 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 55

GGTGGTTTGACAATTAATTCATCACCGGAGGTACATCCAGGTTTAGGGGCTCAACAGAGTATTGACAGgtaaattcat ... tttattctagGGTTGGTCATCGCTCTCTGGTTTTGGTTGTATTCATTGGTGGTGTCACATTTGCTGAGATTGCTGCCCTTCGCTTCCTTAGTGCACAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cccctagcattatcacagttataaacctgctttctaaaatttctgtttattctagGGTTGGTCATCGCTCTCTGGTTTTGGTTGTATTCATTGGTGGTGTCACATTTGCTGAGATTGCTGCCCTTCGCTTCCTTAGTGCACAG
                               ttctaaa  putative branch site (score: 55)
                                       tttctgtttattct  CT-rich tract
                              tttctaaaatttctgt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aaacttatagtcttgatatggaaaacattgaaaatgtgggaaattcccctagcattatcacagttataaacctgctttctaaaatttctgtttattctagGGTTGGTCATCGCTCTCTGGTTTTGGTTGTATTCATTGGTGGTGTCACATTTGCTGAGATTGCTGCCCTTCGCTTCCTTAGTGCACAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - -ggaaaaca