Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgatttgtacctgttctctatgcttgcgactttcgatctctcatctgtattttcttctcatgcgttgattttgttgtttactctcggttatggagatagctgatgtacgttgtgttttttgttgtagAGCTTATGGGAGTGCTAAGGAAGACAATCCTCTTTGTGATGTTCCTGGATACGAATCTGCCCGCATGAAGCTGTTGAGGCATGTCTCATTCGTCGATTGC

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S207_94V6.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100363156|gb|BY984385.1|BY984385
EST:     AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAA                         AGCTTATGGCAGTGCTAAGGAAGACAATCCTCTTAGTGATGTTCCTGGATA
genomic: AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAAgtatgatttg ... tttgttgtagAGCTTATGGGAGTGCTAAGGAAGACAATCCTCTTTGTGATGTTCCTGGATA
EST: gi|18367900|gb|BJ199983.1|BJ199983
EST:     AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAA                         AGCTTATGGGAGTGCTAAGGAAGACAATCCTCTTTGTGATGTTCCTGGATA
genomic: AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAAgtatgatttg ... tttgttgtagAGCTTATGGGAGTGCTAAGGAAGACAATCCTCTTTGTGATGTTCCTGGATA
EST: gi|18358005|gb|BJ190064.1|BJ190064
EST:     AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAA                         AGCTTATGGGAG
genomic: AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAAgtatgatttg ... tttgttgtagAGCTTATGGGAG
EST: gi|208390337|gb|DC929285.1|DC929285
EST:     AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAA                         AGCTTATGGGAGTGCTAAGGAAGACAATCCTCTTTGTGATGTTCCTGGATA
genomic: AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAAgtatgatttg ... tttgttgtagAGCTTATGGGAGTGCTAAGGAAGACAATCCTCTTTGTGATGTTCCTGGATA
EST: gi|100364249|gb|BY984518.1|BY984518
EST:     AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAA                         AGCTTATGGGAGTACTAAGGAAGACAATCCTCTTTGTGATGTTCCTGGATA
genomic: AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAAgtatgatttg ... tttgttgtagAGCTTATGGGAGTGCTAAGGAAGACAATCCTCTTTGTGATGTTCCTGGATA
EST: gi|162195753|gb|FC371144.1|FC371144
EST:     AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAA                         AGCTTATGGGAGTGCTAAGGAAGACAATCCTCTTTGTGATGTTCCTGGATA
genomic: AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAAgtatgatttg ... tttgttgtagAGCTTATGGGAGTGCTAAGGAAGACAATCCTCTTTGTGATGTTCCTGGATA
EST: gi|208367353|gb|DC939869.1|DC939869
EST:     AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAA                         AGCTTATGGGAGTGCTAAGGAAGACAATCCTCTTTGTGATGTTCCTGGATA
genomic: AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAAgtatgatttg ... tttgttgtagAGCTTATGGGAGTGCTAAGGAAGACAATCCTCTTTGTGATGTTCCTGGATA
EST: gi|18328485|gb|BJ160490.1|BJ160490
EST:     AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAA                         AGCTTATGGGAGTGCTAAGGAAGACAATCCTCTTTGTGATGTTCCTGGATA
genomic: AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAAgtatgatttg ... tttgttgtagAGCTTATGGGAGTGCTAAGGAAGACAATCCTCTTTGTGATGTTCCTGGATA
EST: gi|100361446|gb|BY984092.1|BY984092
EST:     AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAA                         AGCTTATGGGAGTGCTAAGGAAGACAATCCTCTTTGTGATGTTCCTGGATA
genomic: AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAAgtatgatttg ... tttgttgtagAGCTTATGGGAGTGCTAAGGAAGACAATCCTCTTTGTGATGTTCCTGGATA
EST: gi|18360577|gb|BJ192640.1|BJ192640
EST:     AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAA                         AGCTTATGGGAGTGC
genomic: AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAAgtatgatttg ... tttgttgtagAGCTTATGGGAGTGC
EST: gi|100421143|gb|BY976096.1|BY976096
EST:     AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAA                         AGCTTATGGGAGTGCTAAGGAAGACAATCCTCTTTGTGATGTTCCTGGATA
genomic: AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAAgtatgatttg ... tttgttgtagAGCTTATGGGAGTGCTAAGGAAGACAATCCTCTTTGTGATGTTCCTGGATA
EST: gi|18330481|gb|BJ162487.1|BJ162487
EST:     AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAA                         AGCTTATGGGAGTGCTAAGGAAGACAATCCTCTTTGTGATGTTCCTGGATA
genomic: AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAAgtatgatttg ... tttgttgtagAGCTTATGGGAGTGCTAAGGAAGACAATCCTCTTTGTGATGTTCCTGGATA
EST: gi|18346238|gb|BJ178281.1|BJ178281
EST:     AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAA                         AGCTTATGGGAGTGCTAAGGAAGACAATCCTCTTTGTGATGTTCCTGGATA
genomic: AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAAgtatgatttg ... tttgttgtagAGCTTATGGGAGTGCTAAGGAAGACAATCCTCTTTGTGATGTTCCTGGATA
EST: gi|18358858|gb|BJ190917.1|BJ190917
EST:     AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAA                         AGCTTATGGGAGTGCTAAGGAAGACAATCCTCTTTGTGATGTTCCTGGATA
genomic: AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAAgtatgatttg ... tttgttgtagAGCTTATGGGAGTGCTAAGGAAGACAATCCTCTTTGTGATGTTCCTGGATA
EST: gi|18326535|gb|BJ158534.1|BJ158534
EST:     AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAA                         AGCTTATGGGAGTGCTAATGAAGACAATCCTCTTTGTGATGTTCCTGGATA
genomic: AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAAgtatgatttg ... tttgttgtagAGCTTATGGGAGTGCTAAGGAAGACAATCCTCTTTGTGATGTTCCTGGATA
EST: gi|18364125|gb|BJ196198.1|BJ196198
EST:     AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAA                         AGCTTATGGGAGTGCTAAGGAAGACAATCCTCTTTGTGATGTTCCTGGATA
genomic: AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAAgtatgatttg ... tttgttgtagAGCTTATGGGAGTGCTAAGGAAGACAATCCTCTTTGTGATGTTCCTGGATA
EST: gi|18350306|gb|BJ182357.1|BJ182357
EST:     AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAA                         AGCTTATGGGAGTGCTAA
genomic: AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAAgtatgatttg ... tttgttgtagAGCTTATGGGAGTGCTAA
EST: gi|67717529|gb|BJ967788.1|BJ967788
EST:     AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAA                         AGCTTATGGGAGTGCCAAGGAAGACAATCCTCTTTGTGATGTTCCTGGATA
genomic: AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAAgtatgatttg ... tttgttgtagAGCTTATGGGAGTGCTAAGGAAGACAATCCTCTTTGTGATGTTCCTGGATA
EST: gi|18357875|gb|BJ189934.1|BJ189934
EST:     AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAA                         AGCTTATGGGAGTGCTAAGGAAGACAATCCTCTTTGTGATGTTCCTGGATA
genomic: AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAAgtatgatttg ... tttgttgtagAGCTTATGGGAGTGCTAAGGAAGACAATCCTCTTTGTGATGTTCCTGGATA
EST: gi|67702081|gb|BJ962314.1|BJ962314
EST:     AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAA                         AGCTTATGGGAGTGCTAAGGAAGACAATCCTCTTTGTGATGTTCCTGGATA
genomic: AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAAgtatgatttg ... tttgttgtagAGCTTATGGGAGTGCTAAGGAAGACAATCCTCTTTGTGATGTTCCTGGATA
EST: gi|208391361|gb|DC941811.1|DC941811
EST:     AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAA                         AGCTTATGGGAGTGCTAAGGAAGACAATCCTCTTTGTGATGTTCCTGGATA
genomic: AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAAgtatgatttg ... tttgttgtagAGCTTATGGGAGTGCTAAGGAAGACAATCCTCTTTGTGATGTTCCTGGATA
EST: gi|162262330|gb|FC437657.1|FC437657
EST:     AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAA                         AGCTTATGGGAGTGCTAAGGAAGACAATCCTCTTTGTGATGTTCCTGGATA
genomic: AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAAgtatgatttg ... tttgttgtagAGCTTATGGGAGTGCTAAGGAAGACAATCCTCTTTGTGATGTTCCTGGATA
EST: gi|18361296|gb|BJ193362.1|BJ193362
EST:     AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAA                         AGCTTATGGGAGTGCT
genomic: AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAAgtatgatttg ... tttgttgtagAGCTTATGGGAGTGCT
EST: gi|67703591|gb|BJ963824.1|BJ963824
EST:     AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAA                         AGCTTATGGGAGTGCTAAGGAAGACAATCCTCTTTGT
genomic: AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAAgtatgatttg ... tttgttgtagAGCTTATGGGAGTGCTAAGGAAGACAATCCTCTTTGT
EST: gi|100448476|gb|CJ972775.1|CJ972775
EST:     AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAA                         AGCTTATGGGAGTGCTAAGGAAGACAATCCTCTTTGTGATGTTCCTGGATA
genomic: AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAAgtatgatttg ... tttgttgtagAGCTTATGGGAGTGCTAAGGAAGACAATCCTCTTTGTGATGTTCCTGGATA
EST: gi|100365464|gb|BY966609.1|BY966609
EST:     AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAA                         AGCTTATGGGAGTGCTAAGGAAGACAATCCTCTTTGTGATGTTCCTGGATA
genomic: AAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAAgtatgatttg ... tttgttgtagAGCTTATGGGAGTGCTAAGGAAGACAATCCTCTTTGTGATGTTCCTGGATA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 25 (downstream exon)
Score: 12

AGAACGAGTTGGAGAGGAATATCACCATTAAGCTGGGTTATGCCAACGCCAAAATCTACAAGTGTGAAGATGAGCGCTGTCCTCGACCCATGAGCTATAAgtatgatttg ... tttgttgtagAGCTTATGGGAGTGCTAAGGAAGACAATCCTCTTTGTGATGTTCCTGGATACGAATCTGCCCGCATGAAGCTGTTGAGGCATGTCTCATTCGTCGATTGC




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttgtttactctcggttatggagatagctgatgtacgttgtgttttttgttgtagAGCTTATGGGAGTGCTAAGGAAGACAATCCTCTTTGTGATGTTCCTGGATACGAATCTGCCCGCATGAAGCTGTTGAGGCATGTCTCATTCGTCGATTGC
                         agctgat  putative branch site (score: 12)
 ttttttgtt  putative PPT
 ttttttgtt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgatttgtacctgttctctatgcttgcgactttcgatctctcatctgtattttcttctcatgcgttgattttgttgtttactctcggttatggagatagctgatgtacgttgtgttttttgttgtagAGCTTATGGGAGTGCTAAGGAAGACAATCCTCTTTGTGATGTTCCTGGATACGAATCTGCCCGCATGAAGCTGTTGAGGCATGTCTCATTCGTCGATTGC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT