1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gttagtttgtctccttatgacccattaaattcaattatgaaaatgttggttcatggaatctttaacattgcagACTTAATAAAGGAGCATGATGTGGTGCTGAAGGGTCCATTTAACTACCCAGCTCGTGATGAAGCTGGTATACCCCGAGAATG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g11590.2 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCTAAAAGTATGCCAAATGATGGGTCGTGTCCCAGATGCAACTTTTAGAG ACTTAATAAAGGAGCATGATGTGGTGCTGAAGGGTCCATTTAACTACCCAGEST: gi|86493851|gb|CI136484.1|CI136484
genomic: CCTAAAAGTATGCCAAATGATGGGTCGTGTCCCAGATGCAACTTTTAGAGgttagtttgt ... aacattgcagACTTAATAAAGGAGCATGATGTGGTGCTGAAGGGTCCATTTAACTACCCAG
EST: CCTAAAAGTATGCCAAATGATGGGTCGTGTCCCAGATGCAACTTTTAGAG ACTTAATAAAGGAGCATGATGTGGTGCTGAAGGGTCCATTTAACTACCCAGEST: gi|86504299|gb|CI146932.1|CI146932
genomic: CCTAAAAGTATGCCAAATGATGGGTCGTGTCCCAGATGCAACTTTTAGAGgttagtttgt ... aacattgcagACTTAATAAAGGAGCATGATGTGGTGCTGAAGGGTCCATTTAACTACCCAG
EST: CCTAAAAGTATGCCAAATGATGGGTCGTGTCCCAGATGCAACTTTTAGAG ACTTAATAAAGGAGCATGATGTGGTGCTGAAGGGTCCATTTAACTACCCAGEST: gi|29663498|gb|CB659773.1|CB659773
genomic: CCTAAAAGTATGCCAAATGATGGGTCGTGTCCCAGATGCAACTTTTAGAGgttagtttgt ... aacattgcagACTTAATAAAGGAGCATGATGTGGTGCTGAAGGGTCCATTTAACTACCCAG
EST: CCTAAAAGTATGCCAAATGATGGGTCGTGTCCCAGATGCAACTTTTAGAG ACTTAATAAAGGAGCATGATGTGGTGCTGAAGGGTCCATTTAACTACCCAGEST: gi|29663497|gb|CB659772.1|CB659772
genomic: CCTAAAAGTATGCCAAATGATGGGTCGTGTCCCAGATGCAACTTTTAGAGgttagtttgt ... aacattgcagACTTAATAAAGGAGCATGATGTGGTGCTGAAGGGTCCATTTAACTACCCAG
EST: AAGTATGCCAAATGATGGGTCGTGTCCCAGATGCAACTTTTAGAG ACTTAATAAAGGAGCATGATGTGGTGCTGAAGGGTCCATTTAACTACCCAG
genomic: AAGTATGCCAAATGATGGGTCGTGTCCCAGATGCAACTTTTAGAGgttagtttgt ... aacattgcagACTTAATAAAGGAGCATGATGTGGTGCTGAAGGGTCCATTTAACTACCCAG
gacccattaaattcaattatgaaaatgttggttcatggaatctttaacattgcagACTTAATAAAGGAGCATGATGTGGTGCTGAAGGGTCCATTTAACTACCCAGCTCGTGATGAAGCTGGTATACCCCGAGAATG
ctttaac putative branch site (score: 19)
attaaattcaattatg TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttagtttgtctccttatgacccattaaattcaattatgaaaatgttggttcatggaatctttaacattgcagACTTAATAAAGGAGCATGATGTGGTGCTGAAGGGTCCATTTAACTACCCAGCTCGTGATGAAGCTGGTATACCCCGAGAATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG