Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtcagttagtgctcctttccttctgtttcatactactatttcatatacattttcttctttcttctgtcaaagcacttcatgtcaacaccattaattatcccctccttaccttgcagGTGAAAGCCTTCTTTATCCGAGACGGAGATACTGTTGCTGGTGGTGTCAGTTTATTTGCTAAGATCCTTGCTGCTCTTATGACAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g74640.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58655848|gb|CK044528.1|CK044528
EST:     TTCACCGCCAGTGCGTCTATGGCGGACTCCGCATCGCCTTGTATGAGCCT                         GTGAAAGCCTTCTTTATCCGAGACGGAGATACTGTTGCTGGTGGTGTCAGT
genomic: TTCACCGCCAGTGCGTCTATGGCGGACTCCGCATCGCCTTGTATGAGCCTgtcagttagt ... taccttgcagGTGAAAGCCTTCTTTATCCGAGACGGAGATACTGTTGCTGGTGGTGTCAGT
EST: gi|88692659|gb|CI736234.1|CI736234
EST:     TTCACCGCCAGTGCGTCTATGGCGGACTCCGCATCGCCTTGTATGAGCCT                         GTGAAAGCCTTCTTTATCCGAGACGGAGATACTGTTG
genomic: TTCACCGCCAGTGCGTCTATGGCGGACTCCGCATCGCCTTGTATGAGCCTgtcagttagt ... taccttgcagGTGAAAGCCTTCTTTATCCGAGACGGAGATACTGTTG
EST: gi|88305150|gb|CI652088.1|CI652088
EST:     TTCACCGCCAGTGCGTCTATGGCGGACTCCGCATCGCCTTGTATGAGCCT                         GTGAAAGCCTTCTTTATCCGAGACGGAGATACTGTTGCTGGTGGTGTCAGT
genomic: TTCACCGCCAGTGCGTCTATGGCGGACTCCGCATCGCCTTGTATGAGCCTgtcagttagt ... taccttgcagGTGAAAGCCTTCTTTATCCGAGACGGAGATACTGTTGCTGGTGGTGTCAGT
EST: gi|88352327|gb|CI615581.1|CI615581
EST:     TTCACCGCCAGTGCGTCTATGGCGGACTCCGCATCGCCTTGTATGAGCCT                         GTGAAAGCCTTCTTTATCCGAGACGGAGATACTGTTGCTGGTGGTGTCAGT
genomic: TTCACCGCCAGTGCGTCTATGGCGGACTCCGCATCGCCTTGTATGAGCCTgtcagttagt ... taccttgcagGTGAAAGCCTTCTTTATCCGAGACGGAGATACTGTTGCTGGTGGTGTCAGT
EST: gi|88375556|gb|CI681339.1|CI681339
EST:     TTCACCGCCAGTGCGTCTATGGCGGACTCCGCATCGCCTTGTATGAGCCT                         GTGAAAGCCTTCTTTATCCGAGACGGAGATACTGTTGCTGGTGGTGTCAGT
genomic: TTCACCGCCAGTGCGTCTATGGCGGACTCCGCATCGCCTTGTATGAGCCTgtcagttagt ... taccttgcagGTGAAAGCCTTCTTTATCCGAGACGGAGATACTGTTGCTGGTGGTGTCAGT
EST: gi|88730203|gb|CI753818.1|CI753818
EST:     TTCACCGCCAGTGCGTCTATGGCGGACTCCGCATCGCCTTGTATGAGCCT                         GTGAAAGCCTTCTTTATCCGAGACGGAGAT
genomic: TTCACCGCCAGTGCGTCTATGGCGGACTCCGCATCGCCTTGTATGAGCCTgtcagttagt ... taccttgcagGTGAAAGCCTTCTTTATCCGAGACGGAGAT
EST: gi|88335568|gb|CI642792.1|CI642792
EST:     TTCACCGCCAGTGCGTCTATGGCGGACTCCGCATCGCCTTGTATGAGCCT                         GTGAAAGCCTTCTTTATCCGAGACGGAGATACTGTTGCTGGTGGTGTCAGT
genomic: TTCACCGCCAGTGCGTCTATGGCGGACTCCGCATCGCCTTGTATGAGCCTgtcagttagt ... taccttgcagGTGAAAGCCTTCTTTATCCGAGACGGAGATACTGTTGCTGGTGGTGTCAGT
EST: gi|88442656|gb|CI693657.1|CI693657
EST:     TTCACCGCCAGTGCGTCTATGGCGGACTCCGCATCGCCTTGTATGAGCCT                         GTGAAAGCCTTCTTTATCCCAGACGGAGATACCGTCGCTGGTGGTGTCAGT
genomic: TTCACCGCCAGTGCGTCTATGGCGGACTCCGCATCGCCTTGTATGAGCCTgtcagttagt ... taccttgcagGTGAAAGCCTTCTTTATCCGAGACGGAGATACTGTTGCTGGTGGTGTCAGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttctgtcaaagcacttcatgtcaacaccattaattatcccctccttaccttgcagGTGAAAGCCTTCTTTATCCGAGACGGAGATACTGTTGCTGGTGGTGTCAGTTTATTTGCTAAGATCCTTGCTGCTCTTATGACAG
                                         tccttac  putative branch site (score: 2)
                                 ttatcccctccttacc  CT-rich tract
                            attaattat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtcagttagtgctcctttccttctgtttcatactactatttcatatacattttcttctttcttctgtcaaagcacttcatgtcaacaccattaattatcccctccttaccttgcagGTGAAAGCCTTCTTTATCCGAGACGGAGATACTGTTGCTGGTGGTGTCAGTTTATTTGCTAAGATCCTTGCTGCTCTTATGACAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT