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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaattgcttgttgtttgtattattaaaatccttcactagtgatggtgccgcatgctgtgcagaatatgctcttttcatgacagatattagttagtcattgtgatgatttgtattctttggtttttttcagATGGTAGCTGCATGTTCAAGTATAACACGGGCATATTGTCCATTGTTGCTTTTCATTGATCCAAAGCACCAATACTTTTCTGTTACTTTTCTACGTATAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G00830.5
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31312555|gb|CD397758.1|CD397758
EST:     TATGATTACACGATGGACTTTGATCTTGGTAGCTCCAGCAATTGACTAAG                         ATGGTAGCTGCATGTTCAAGTATAACACGGGCATATTGTCCATTGTTGCTT
genomic: TATGATTACACGATGGACTTTGATCTTGGTAGCTCCAGCAATTGACTAAGgtaattgctt ... tttttttcagATGGTAGCTGCATGTTCAAGTATAACACGGGCATATTGTCCATTGTTGCTT
EST: gi|192330861|gb|FK021620.1|FK021620
EST:     TATGATTACACGATGGACTTTGATCTTGGTAGCTCCAGCAATTGACTAAG                         ATGGTAGCTGCATGTTCAAGTATAACACGGGCATATTGTCCATTGTTGCTT
genomic: TATGATTACACGATGGACTTTGATCTTGGTAGCTCCAGCAATTGACTAAGgtaattgctt ... tttttttcagATGGTAGCTGCATGTTCAAGTATAACACGGGCATATTGTCCATTGTTGCTT
EST: gi|208129494|gb|GD928906.1|GD928906
EST:     TATGATTACACGATGGACTTTGATCTTGGTAGCTCCAGCAATTGACTGAG                         ATGGTAGCTGCATGTTCAAGTATAACACGGGCATATTGTCCATTGTTGCTT
genomic: TATGATTACACGATGGACTTTGATCTTGGTAGCTCCAGCAATTGACTAAGgtaattgctt ... tttttttcagATGGTAGCTGCATGTTCAAGTATAACACGGGCATATTGTCCATTGTTGCTT
EST: gi|31476506|gb|CD418534.1|CD418534
EST:     TATGATTACCCGATGGACTTTGATCTTGGTAGCTCCAGCAATTGACTAAG                         ATGGTAGCTGCATGTTCAAGTATAACACGGGCATATTGTCCATTGTTGCTT
genomic: TATGATTACACGATGGACTTTGATCTTGGTAGCTCCAGCAATTGACTAAGgtaattgctt ... tttttttcagATGGTAGCTGCATGTTCAAGTATAACACGGGCATATTGTCCATTGTTGCTT
EST: gi|9820599|gb|BE556109.1|BE556109
EST:     TATGATTACACGATGGACTTTGATCTTGGTAGCTCCAGCAATTGACTAAG                         ATGGTAGCTGCATGTTCAAGTATAACACGGGCATATTGTCCATTGTTGCTT
genomic: TATGATTACACGATGGACTTTGATCTTGGTAGCTCCAGCAATTGACTAAGgtaattgctt ... tttttttcagATGGTAGCTGCATGTTCAAGTATAACACGGGCATATTGTCCATTGTTGCTT
EST: gi|209718978|gb|BW674818.1|BW674818
EST:     TATGATTACACGATGGACTTTGATCTTGGTAGCTCCAGCAATTGACTAAG                         ATGGTAGCTGCATGTTCAAGTATAACACGGGCATATTGTCCATTGTTGCTT
genomic: TATGATTACACGATGGACTTTGATCTTGGTAGCTCCAGCAATTGACTAAGgtaattgctt ... tttttttcagATGGTAGCTGCATGTTCAAGTATAACACGGGCATATTGTCCATTGTTGCTT
EST: gi|21887729|gb|BQ740942.1|BQ740942
EST:     TATGATTACACGATGGACTTTGATCTTGGTAGCTCCAGCAATTGACTAAG                         ATGGTAGCTGCATGTTCAAGTATAACACGGGCATATTGTCCATTGTTGCTT
genomic: TATGATTACACGATGGACTTTGATCTTGGTAGCTCCAGCAATTGACTAAGgtaattgctt ... tttttttcagATGGTAGCTGCATGTTCAAGTATAACACGGGCATATTGTCCATTGTTGCTT
EST: gi|31468734|gb|CD410762.1|CD410762
EST:     TATGATTACACGATGGACTTTGATCTTGGTAGCTCCAGCAATTGACTAAG                         ATGGTAGCTGCATGTTCAAGTATAACACGGGCATATTGTCCATTGTTGCTT
genomic: TATGATTACACGATGGACTTTGATCTTGGTAGCTCCAGCAATTGACTAAGgtaattgctt ... tttttttcagATGGTAGCTGCATGTTCAAGTATAACACGGGCATATTGTCCATTGTTGCTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

catgacagatattagttagtcattgtgatgatttgtattctttggtttttttcagATGGTAGCTGCATGTTCAAGTATAACACGGGCATATTGTCCATTGTTGCTTTTCATTGATCCAAAGCACCAATACTTTTCTGTTACTTTTCTACGTATAA
                                     ttctttggtttttttc  CT-rich tract
        atattagtta  TA-rich tract